SnapGene
SnapGeneラーニング
製品トライアル版SnapGene Viewer

【サンプル】ステップ・バイ・ステップガイド目次

SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドの目次です。「SnapGene基本操作」の内容はSnapGeneラーニングページにて紹介しています。SnapGene基本操作の「アガロースゲル電気泳動像をシミュレーション」と「In-Fusion®クローニング」は、SnapGeneラーニングページではそれぞれ独立したページで紹介されていますが、ステップ・バイ・ステップガイドでは1つのページに含まれています。

  

SnapGeneステップ・バイ・ステップガイド

SnapGeneの配列編集機能

  1. 【準備】プラスミドの配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. 水平マップの表示
  3. フィーチャー機能の利用
  4. コンパクトフォーマットの利用
  5. スプリットモードの利用
  6. フィーチャータブ:ソート機能
  7. 制限酵素タブ:制限酵素認識部位の詳細を見る
  8. プライマータブ:プライマーの追加
  9. 拡大・縮小機能の利用

SnapGeneのフィーチャー機能

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. フィーチャーを追加する
    1. CDS領域の追加
    2. CDS領域の分割
    3. 切断部位の追加
  3. フィーチャーを自動アノテーション機能に追加
  4. フィーチャーの一括編集

SnapGeneの翻訳機能

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. SnapGeneの翻訳機能
  3. ORF以外の翻訳
  4. CDSの翻訳
  5. アミノ酸配列の番号変更

プライマーの作成とPCRのシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. SnapGeneでプライマー作成
  3. PCRをシミュレーション

ミュータジェネシスのシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. ミュータジェネシス用のプライマー作成
  3. ミュータジェネシスのシミュレーション

配列のアライメント機能

  1. 【準備】配列を入手する
    1. ファイルの読み込みと保存
  2. DNA配列のアライメント
    1. シークエンスタブで確認
  3. シークエンス結果の確認
    1. 複数の配列を比較する
    2. 確認済みの記録
    3. 参照配列と入れ替える

アガロースゲル電気泳動のシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. 制限酵素処理後のゲル上のバンドを予測
  3. PCR後のゲル上のバンドを予測
  4. 泳動時間をシミュレーション

Vecotor NTIフォーマットのファイルをSnapGeneで開く

  1. 背景
  2. Vecotor NTIフォーマットのファイルの読み込み
    1. データベースの使い方

 


クローニング チュートリアル

制限酵素処理による挿入クローニングをシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. 制限酵素処理による挿入クローニング
  3. シミュレーションの簡易版

Gateway Cloningをシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルの読み込み
  2. Gateway Cloning をシミュレーション
    1. BP クローニング反応のシミュレーション
    2. LR クローニング反応のシミュレーション
  3. BP反応とLR反応を同時にシミュレーション

Gibson Assemblyをシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. Gibson Assemblyをシミュレーション

In-Fusion Cloningをシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. In-Fusion Cloningをシミュレーション

TA/GCクローニングをシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. TA クローニングをシミュレーション
  3. GCクローニングをシミュレーション

Special Feature : SnapGene + addgene

addgeneのプロトコルビデオで紹介されているSnapGeneでシミュレーションする方法の解説しています。

オリゴオーバーラップクローニングをシミュレーション

  1. 【準備】DNA配列を入手する
    1. ファイルを読み込む
  2. オリゴオーバーラップクローニングをシミュレーション

Sequence Analysis of a Plasmidに準じた内容で、シークエンス解析の結果の見方をご紹介しています。

SnapGeneでシークエンス解析結果を確認する

  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. シークエンス結果のアライメント
  3. 波形データの見方
  4. 解析結果の自動トリミング
  5. 解析完了の記録