SnapGeneラーニング
SnapGene のインターフェイスやプラスミドマップ作成方法、SnapGeneのステップ・バイ・ステップガイド*から「SnapGene 基本操作」「カスタムフィーチャータイプ」を抜粋し紹介しています。
プラスミドマップ
製品版だけではなく、開発元が無償で提供している SnapGene Viewer でもプラスミドマップを「作成・閲覧・共有することが可能です。SnapGene Viewer と製品版の違いは SnapGene Viewer 機能比較 をご参照下さい。
プラスミドデータの取得とマップの表示
ダウンロードしたデータファイルを SnapGene で開き、プラスミドマップを表示する方法を学びます。
GSL Biotech社のウェブサイトで提供されているプラスミドファイル、NCBIから .gbファイルをダウンロードする方法の2つを紹介しています。
スタートアップガイド
SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドの「スタートアップガイド」より一部抜粋して紹介しています。
SnapGene基本操作
実際のデータを用いて、データの読み込みからツールバーの機能、塩基配列を確認や編集までSnapGeneの基本的な使い方を学びます。
チュートリアルで使用するプラスミドの配列データは、GSL Biotech社のウェブサイトよりダウンロードできるようになっています。ぜひ、実際のデータを使用しチュートリアルの手順通りに操作してみて下さい。
NCBI BLAST検索
チュートリアルでは、SnapGene から NCBIデータベースにアクセスし、BLAST検索を行う方法を学びます。
また、検索結果のデータを SnapGene にインポートするを紹介しています。
サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ
SnapGene の 「コンティグをアセンブル (Assemble Contigs)」ツール*を使用して、サンガーシークエンスデータのアセンブリを実行する方法を紹介しています。
* CAP3 を使用したツールです。CAP3は、小規模なアセンブリを行うためのサードパーティプログラムです。
コドン使用頻度の表示
SnapGene は CDS の同義コドン使用頻度を算出し、結果を表として出力することが可能です。
チュートリアルでは、 CDS におけるコドンの使用頻度（同義コドン内で各コドンが使用されている割合）を表示する方法を紹介しています。
RNA二次構造予測図
SnapGene6.1から、ViennaRNA で計算された最適な構造予測図が表示され、一本鎖RNA配列がどのように折り畳まれるかを視覚化できるようになりました。SnapGeneでは、3000塩基までのssRNA配列の二次構造予測図を表示することができます。
チュートリアルでは、RNA二次構造予測図の表示方法を紹介します。
アガロースゲル電気泳動像
制限酵素処理したプラスミドをアガロースゲル電気泳動した場合に、どのようなバンドが出現するかをシュミレーションすることができます。
チュートリアルではアガロースゲル電気泳動像のシミュレーションを行う方法を紹介しています。
Vecotor NTIフォーマットのファイルをSnapGeneで開く
Vector NTIはバイオインフォマティクスソフトウェアパッケージでしたが、2019 年末に販売が終わり、そのサポートも2020年末に終了しました。SnapGeneでは、Vector NTI で 作成されたファイルを読み込むことができるので、プラスミドマップやペプチド情報などをそのまま利用することができます。
チュートリアルでは、Vecotor NTI フォーマットのファイルを SnapGene で開く方法を紹介します。
クローニングシミュレーション チュートリアル
SnapGeneステップ・バイ・ステップガイドの「クローニングチュートリアル」より一部抜粋して紹介しています。
制限酵素処理による挿入クローニング
SnapGeneは、制限酵素処理による挿入クローニングのシミュレーションに最適なインターフェースを提供します。使用する制限酵素の選択からクローニング後のイメージまで、SnapGeneのシミュレーションは数秒で終わります。もしプロトコールに設計上の欠陥がある場合、そのエラーを発見して修正することも可能です。
このチュートリアルでは、一般的なクローニング法（制限酵素処理による挿入クローニング）をシミュレーションする方法をご紹介します。
In-Fusion®クローニング
チュートリアルではpCDNA3.にLuciferase遺伝子をクローニングするというシミュレーションを通して、In-Fusion®クローニングのシミュレーションを紹介します。
チュートリアルで使用するデータは、GSL Biotech社のウェブサイトよりダウンロードできるようになっています。ぜひ、実際のデータを使用しチュートリアルの手順通りに操作してみて下さい。
Gibson Assembly®
このチュートリアルでは、Gibson Assembly®（制限酵素を使わずにプラスミドを構築する方法の1つ）をシミュレーションする方法をご紹介します。
Gibson Assembly®は、制限酵素を使わずに目的断片をプラスミドにクローニングする方法です。DNAをPCRで増幅し、その末端にオーバーラップする領域を作ります。少々複雑ですが、SnapGeneを使えば、この方法を可視化することができます。
アライメント機能
ペアワイズアライメント
SnapGene ペアワイズアライメントツールは、Parasailを使って2つのDNAやRNAの配列を比較します。
Smith-Watermanアルゴリズムを用いたローカル（局所）アライメント、Needlman-Wunschアルゴリズムを用いたグローバル（大域）アライメント、セミグローバルアライメントの3つのアライメント方法を利用することが可能です。
チュートリアルでは、SnapGeneを使ってDNA/RNA配列のペアワイズアライメントを行う方法を紹介します。
マルチプルアライメント（多重配列整列）
SnapGene マルチプルアライメントツールは、Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE、T-Coffee のサードパーティプログラムを利用して、3つ以上のDNAやRNAの配列を比較します。
チュートリアルでは、SnapGeneを使ってDNA/RNA配列のマルチプルアライメントを行う方法を紹介します。
CRISPR: PAMサイトの検索とgRNAの設計
CRISPR-Cas9システムは、細菌においてウイルスなど遺伝的要素の侵入物を特異的に排除するよう進化した獲得免疫機構です。この機構を利用して、二本鎖DNAを切断してゲノム配列の任意の場所を削除・置換・挿入することができるようになりました。
大きな配列からgRNAの候補を検索し、それらをスコア化するにはオンラインのgRNAデザインツールを使用する必要があります。しかし、比較的小さな配列でゲノムターゲットが限定されている場合は、SnapGeneを使用してgRNAを設計することができます。
チュートリアルでは、SnapGeneでPAMサイトの検索とgRNAの設計を行う方法をご紹介します。
Resources
www.snapgene.snapgene.com/resources
SnapGeneの操作方法やSnapGeneクローニングツールに関するラーニングビデオをGSL Biotech社のウェブサイトよりご覧頂けます。SnapGeneのウェブサイトから色々なプラスミドの配列データを入手することができます。GSL Biotech社のウェブサイトもぜひご活用ください。
Resources
リソース
SnapGeneのインターフェイスやツールバーの機能紹介、基本的な操作方法、SnapGeneクローニングツールに関するチュートリアルビデオをご覧いただけます。
Coronavirus Resources
新型コロナウィルス感染症(COVID-19）関連リソース
SARS、MERS、COVID-19などの一般的なコロナウイルスのゲノム、およびSARS-CoV-2ゲノムのプライマーとプローブをダウンロード頂けます。
Plasmid Maps and Sequences
プラスミドマップとシーケンス
様々なプラスミドの配列データファイルを用意しています。これらのファイルはSnapGene Veiwerでも開くことができます。
User Guides
各種ガイド
オンラインによるユーザーガイド、FAQ、サーバーガイドを提供しています。各種ガイドは全て英語のみでの提供となります。
SnapGene Viewer
GSL Biotech社が提供しているSnapGene Veiwerで、GSL Biotech社のウェブサイトで提供しているプラスミドの配列データファイルの利用およびプラスミドマップの作成が可能です。SnapGene Viewerには機能制限がありますが、期間の制限なく無償でご利用頂けます。SnapGene（製品版)とSnapGene Veiwerの機能の相違は機能比較をご参照ください。