SnapGeneの基本操作

目次

1. 【準備】プラスミドの配列を入手する
2. SnapGeneを起動する
3. ファイルを読み込む
4. サイドツールバー
   1. サイドツールバーの詳細
5. 画面切替え
   1. シークエンス（S）
   2. 酵素（E）
   3. フィーチャー（F）
   4. プライマー（P）
   5. 履歴（H）

1.【準備】プラスミドの配列を入手する

本チュートリアルでは、pcDNA3.1+/C-Myc を使用します。使用するデータは下記よりダウンロード頂けます。

なお、SnapGeneのウェブサイトでは、色々なプラスミドの配列データを入手することができます。あなたの好きなプラスミドで、本チュートリアルを進めてもらってもかまいません。

2. SnapGeneを起動する

SnapGeneを起動すると次のような画面になります。

3. ファイルを読み込む

以下のように操作して、ダウンロードしたプラスミドデータを読み込みましょう。

ファイルを指定する画面が出てきたら、ダウンロードしたファイルを選択して「開く」を押してください。次のような画面になっていれば、読み込み成功です。

4. サイドツールバー

画面左端にツールバーがあります。

4-1. サイドツールバーの詳細

5. 画面表示の切替え

画面表示の切り替えは、下方にあるビュー（表示）タブで行います。

5-1. シークエンスビュー（S）

シークエンスビューでは、全長の塩基配列を確認することができます。　シークエンスビューでもツールバーを使うことができるので、制限酵素やORFなどの表示切替ができます。

また、塩基配列の編集もすることができます。例えば、777塩基目のグアニンをアデニンに変更する場合は、該当箇所をドラッグして “A” を入力します。すると、次のような画面になります。

「挿入」をクリックすると編集が完了します。編集内容を間違えたら、上部にある「取り消す」で元に戻すことができます。

5-2. 酵素ビュー（E）

プラスミドに含まれる制限酵素認識部位の詳細を見ることができます。チェックボックスをクリックすることで、任意の制限酵素を追加したり除外したりすることもできます。

また、「酵素の選択」から任意の酵素セットを作成することもできます。研究室でよく使う制限酵素セットを作成しておくと便利です。

5-3. フィーチャービュー（F）

フィーチャー（T7 promoterなど）の詳細を確認したり、任意のフィーチャーを除外をすることができます。左下の「完全な説明」のチェックを外すと、簡易版を見ることができます。

シークエンスビューで任意の領域をドラッグして、上部の「フィーチャー（R）」から「フィーチャーを追加（A）」をクリックすると、任意をフィーチャーを追加することができます。

追加したフィーチャーもフィーチャービューで確認できます。

5-4. プライマービュー（P）

プライマー情報の詳細を確認することができます。シークエンス用プライマーなどをプラスミドごとに登録しておくと便利です。SnapGeneファイルにプライマー情報が登録されている場合は、上部の「プライマー（P）」から「プライマーをインポート」をクリックすると、そのプライマーを追加することができます。

また，シークエンスビューで任意の領域をドラッグして、上部の「プライマー（P）」から「プライマーを追加（A）」をクリックすると、任意のプライマーを追加することができます。「挿入」のタブをクリックすると制限酵素配列やタグ配列を追加したプライマーを作ることができます。

追加したプライマーもプライマービューで確認できます。

5-5. 履歴ビュー（H）

編集の履歴を自動で記録し表示します。例えば、先に行った「777塩基目のグアニンをアデニンに変更」もしっかりと記録されています。