SnapGene
SnapGeneラーニング：コドン頻度の表示
製品トライアル版SnapGene Viewer

　　

コドン頻度の表示

SnapGene は CDS の同義コドン使用頻度を算出し、結果を表として出力することが可能です。このチュートリアルでは、CDS のコドン使用頻度（Codon Frequencies）の表示方法について紹介します。

目次
  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. 選択したCDS のコドン頻度を表示
    1. 複数のCDS のコドン頻度を表示
  3. コドン使用頻度表のエクスポート/インポート
    1. コドン使用頻度表のインポート
  4. コドン使用頻度表のカスタマイズ

1.【準備】配列を入手する

本チュートリアルでは、D. thermophilum の遺伝子の配列を使用します。下記ページより配列をコピー&ペーストして読み込みます。または、アクセッション番号（NC_011297）を使用し配列をインポートして下さい。

Dictyoglomus thermophilum H-6-12, complete sequence
www.ncbi.nlm.nih.gov
ファイルを読み込む方法は、SnapGeneラーニング：プラスミドデータの取得とマップの表示を参照下さい。

2. コドン頻度を表示

シークエンスを開き、任意の CDS （ここでは、DITCH_RS00055 ）を選択します。

コドン頻度（Codon Frequencies)_CDSの選択

フィーチャービューの検索機能を利用して、CDS を指定することも可能です。検索フィールドに対象となる CDS feature を入力すると1 、検索結果が青でハイライト2 されます。

コドン頻度（Codon Frequencies)_CDSの検索

CDS が選択されているのを確認し、ツールバーにある「フィーチャー」の「コドン」から 「「コドン頻度を表示する」」を選択します。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン頻度を表示する

選択した CDS 内のコドンの使用頻度が算出され、表として表示されます。同義コドンで高い頻度で現れるコドンは緑色でハイライトされます。コドン使用頻度表を保存する場合は、「保存」ボタンをクリックします。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表

保存したコドン使用頻度表を確認するには、メニューバーの「ツール」から「コドン使用頻度を表示」を選択します。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表

2-2. 複数のCDS のコドン頻度を表示する

すべての CDS におけるコドン使用頻度表を表示・保存することも可能です。

フィーチャビューで、フィーチャーの並びを「タイプ」でソートします。 CDSフィーチャー の最初のフィーチャーをクリックし、Shift キーを推しながら最後のフィーチャーをクリックすると、すべての CDS フィーチャーが選択されます。

コドン頻度（Codon Frequencies)_複数のCDSのコドン使用頻度表を表示_フィーチャービュー1

任意の CDS を複数選択する場合は、Ctrl キー（ ）/ Command キー（ ）押しながらクリックします。

選択する CDS が多くを占め、選択しない CDS が少ない場合はすべて選択した後、Ctrl キー（ ）/ Command キー（ ）を押しながら選択を解除するフィーチャーをクリックします。

コドン頻度（Codon Frequencies)_複数のCDSのコドン使用頻度表を表示_フィーチャービュー2

ツールバーの「フィーチャー」から「コドン頻度を表示する」を選択すると、選択した 128 フィーチャー (CDS) のコドンの使用頻度表が表示されます。

このコドン使用頻度表を保存し（D. thermophilum として保存）、コドン頻度表をエクスポートしてみましょう。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表2

3. コドン使用頻度表のエクスポートとインポート

保存したコドン使用頻度表は xml 形式でエクスポートすることができます。

メニューバーの「ツール」から、「コドン使用頻度表を管理」を選択します。ダイアログから「D. thermophilum」を選択し、ダイアログ下方のドロップダウンメニューから「選択済み表をエクスポート」をクリックしファイルを保存します。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表を管理_ダイアログ

保存場所に D. thermophilum Codon Usage Table.xml ファイルが格納されていることを確認ください。

3-2. コドン使用頻度表のインポート

作成したファイルは、インポート機能を使用して取り込むことが可能です。インポートする場合は、「インポート/エクスポート」ドロップダウンメニューより、「ファイルからインポート」を選択します。

かずさDNA研究所のデータベース（https://www.kazusa.or.jp/codon/）から、コドン使用頻度表をインポートすることも可能です。データベースからインポートする場合は「インポート/エクスポート」ドロップダウンメニューより、「コドン使用頻度データベースから表をインポート」を選択し、目的のコドン頻度表を入力します。

かずさDNA研究所のデータベースから利用可能なすべてのコドン使用頻度表が、コドン最適化に理想的であるとは限りませんので注意してください。目的とする異種宿主で使用する適切なコドン使用頻度表については、文献を参照することをお勧め致します。

4. コドン使用頻度表のカスタマイズ

コドン使用頻度表に値を直接入力して、カスタマイズされたコドン使用頻度表を作成することも可能です。

メニューバーの「ツール」から、「コドン使用頻度表を管理」を選択し、ダイアログ下方にある「追加」ボタンをクリックします。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表のカスタマイズ_追加

各コドンのフィールドに頻度の値を入力し、「OK」ボタンをクリックします。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表のカスタマイズ_追加2

既存のコドン使用頻度表の値を変更する場合は、対象となるコドン使用頻度表を選択し「複製」ボタンをクリックします。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表のカスタマイズ_複製

値を変更するフィールドをクリックし値を入力し、「OK」ボタンをクリックします。

コドン頻度（Codon Frequencies)_コドン使用頻度表のカスタマイズ_複製2