SnapGene
SnapGeneラーニング
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

プラスミドデータの取得とマップの表示

このチュートリアルでは、SnapGeneによるプラスミドデータの取得とマップを表示する方法を pEGFP-N1 を例に紹介します。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。

1. NCBIのサイトからファイルを取得する

https://www.ncbi.nlm.nih.gov にアクセスして検索ボックスでプラスミドの情報を入力します。

All Databasesのドロップダウンメニューから 「Nucleotide」 を選択し、検索ボックスに pEGFP-N1 と入力して Search をクリックします。

SnapGene_プラスミドマップの表示_NCBI

検索結果の 「Cloning vector pEGFP-N1, complete sequence... complete cds 」にチェックを入れ、Send to: をクリックします。

「Complete Record」 を選び、ダウンロード形式、ファイル形式(Format)を選択します。ダウンロード形式は「File」、ファイルの形式は 「GenBank」 を指定し、Create Filesボタンをクリックします。

SnapGene_プラスミドマップの表示_NCBI_NXBI_pEGFP-N1

sequence.gb ファイルがダウンロードされます。分かりやすくするため、ファイル名を pEGFP-N1.gb に変更しておきます。

SnapGeneを起動して、開くから「ファイルを開く」を選択し、pEGFP-N1.gb を開きます。

SnapGene_ファイルを開く

pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_pEGFP-N1.dna_マップ

フィーチャータブをクリックすると、フィーチャーの詳細が表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_pEGFP-N1.dna_フィーチャー詳細

1-1. NCBIのサイトからファイルをインポートする

アクセッション番号を使って、NCIB からデータを取得することも可能です。SnapGeneを起動して、インポートから「NCBIシークエンス」を選択します。

SnapGene_インポート:NCBIシークエンス

ダイアログに、取得する配列のアクセッション番号(ここでは、U55762)を入力し、インポートボタンをクリックします。

SnapGene_NCBIシークエンスをインポート

データのインポートが完了すると、プラスミドマップ(SnapGeneツールバー:インポートアイコンCVU55762)が開きます。

SnapGene_NCBIからデータをインポート

1-2. 配列のコピー&ペーストによる読み込み

ファイルを取り込む方法ではなく、配列情報からプラスミドマップを作成することも可能です。SnapGene を起動し、スタートパネル右上の「新規」ボタンを選択し、「+ DNAファイル」をクリックします。

すでにSnapGeneを起動している場合は、メニューバーの 「ファイル」 →「 新しい DNA または RNA ファイル 」 を選択して下さい。

SnapGene_配列情報の貼り付け

NCBIのサイトにアクセスし、 Cloning vector pEGFP-N1(GenBank: U55762.1)の配列情報をコピーします。

配列情報をコピー&ペーストで貼り付け1 、共通のフィーチャーを検出」にチェックを入れます。ファイル名(ここでは、"pEGFP-N1")を入力し2 、OKボタンをクリックします。

SnapGene_配列情報の貼り付け2

2. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する

SnapGene の開発元であるGSL Biotech社のウェブサイトでは、注釈付きのプラスミドおよび配列ファイル(すべての主要サプライヤの一般的なクローニングベクターを含む)が2,700以上用意されています。

https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files にアクセスし、検索ボックスでプラスミドの情報(ここでは pEGFP-N1)を入力します。

SnapGene_プラスミドマップの表示_Plasmid Filesページ

Plasmid Filesのページでは pEGFP-N1 を含め、よく使われるプラスミドのリンクが紹介されています。これらのプラスミドはクリックするだけで該当ページに移動します。

既に SnapGene がインストールされている場合、Open in SnapGeneボタンをクリックするとSnapGeneが起動し、プラスミドマップが表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_プラスミドファイル_pEGFP-N1.dna

プラスミドファイル(pEGFP-N1.dna)をダウンロードして開く場合は、ダウンロードした .dna ファイルをクリックします。

または、SnapGeneを起動後、開くから「ファイルを開く」を選択し、ダウンロードした pEGFP-N1.dna ファイルを選択します。

SnapGene_プラスミドマップの表示_ファイルを開く

pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_pEGFP-N1.dna_マップ

チュートリアルで紹介した機能や操作方法に関するお問い合わせはお問合せフォームよりお願いします。