プラスミドデータの取得とマップの表示

このチュートリアルでは、SnapGeneによるプラスミドデータの取得とマップを表示する方法を pEGFP-N1 を例に紹介します。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。

目次

1. NCBIのサイトからファイルを取得する
   1. NCBIのサイトからファイルをインポートする
   2. 配列のコピー&ペーストによる読み込み
2. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する

1. NCBIのサイトからファイルを取得する

https://www.ncbi.nlm.nih.gov にアクセスして検索ボックスでプラスミドの情報を入力します。

All Databasesのドロップダウンメニューから 「Nucleotide」 を選択し、検索ボックスに pEGFP-N1 と入力して Search をクリックします。

検索結果の 「Cloning vector pEGFP-N1, complete sequence... complete cds 」にチェックを入れ、Send to: をクリックします。

「Complete Record」 を選び、ダウンロード形式、ファイル形式（Format）を選択します。ダウンロード形式は「File」、ファイルの形式は 「GenBank」 を指定し、Create Filesボタンをクリックします。

sequence.gb ファイルがダウンロードされます。分かりやすくするため、ファイル名を pEGFP-N1.gb に変更しておきます。

SnapGeneを起動して、開くから「ファイルを開く」を選択し、pEGFP-N1.gb を開きます。

pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。

フィーチャータブをクリックすると、フィーチャーの詳細が表示されます。

1-1. NCBIのサイトからファイルをインポートする

アクセッション番号を使って、NCIB からデータを取得することも可能です。SnapGeneを起動して、インポートから「NCBIシークエンス」を選択します。

ダイアログに、取得する配列のアクセッション番号（ここでは、U55762）を入力し、インポートボタンをクリックします。

データのインポートが完了すると、プラスミドマップ（CVU55762）が開きます。

1-2. 配列のコピー&ペーストによる読み込み

ファイルを取り込む方法ではなく、配列情報からプラスミドマップを作成することも可能です。SnapGene を起動し、スタートパネル右上の「新規」ボタンを選択し、「+ DNAファイル」をクリックします。

すでにSnapGeneを起動している場合は、メニューバーの 「ファイル」 →「 新しい DNA または RNA ファイル 」 を選択して下さい。

NCBIのサイトにアクセスし、 Cloning vector pEGFP-N1（GenBank: U55762.1）の配列情報をコピーします。

配列情報をコピー＆ペーストで貼り付け¹ 、共通のフィーチャーを検出」にチェックを入れます。ファイル名（ここでは、"pEGFP-N1"）を入力し² 、OKボタンをクリックします。

2. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する

SnapGene の開発元であるGSL Biotech社のウェブサイトでは、注釈付きのプラスミドおよび配列ファイル（すべての主要サプライヤの一般的なクローニングベクターを含む）が2,700以上用意されています。

https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files にアクセスし、検索ボックスでプラスミドの情報（ここでは pEGFP-N1）を入力します。

既に SnapGene がインストールされている場合、Open in SnapGeneボタンをクリックするとSnapGeneが起動し、プラスミドマップが表示されます。

プラスミドファイル（pEGFP-N1.dna）をダウンロードして開く場合は、ダウンロードした .dna ファイルをクリックします。

または、SnapGeneを起動後、開くから「ファイルを開く」を選択し、ダウンロードした pEGFP-N1.dna ファイルを選択します。

pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。