プラスミドデータの取得とマップの表示
このチュートリアルでは、SnapGeneによるプラスミドデータの取得とマップを表示する方法を pEGFP-N1 を例に紹介します。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。
1. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する
SnapGene の開発元であるGSL Biotech社のウェブサイトでは、注釈付きのプラスミドおよび配列ファイル(すべての主要サプライヤの一般的なクローニングベクターを含む)が2,700以上用意されています。
https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files にアクセスし、検索ボックスでプラスミドの情報(ここでは pEGFP-N1)を入力します。
既に SnapGene がインストールされている場合、Open in SnapGeneボタンをクリックするとSnapGeneが起動し、プラスミドマップが表示されます。
プラスミドファイル(pEGFP-N1.dna)をダウンロードして開く場合は、ダウンロードした .dna ファイルをクリックします。
または、SnapGeneを起動後、開くから「ファイルを開く」を選択し、ダウンロードした pEGFP-N1.dna ファイルを選択します。
pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。
フィーチャーの詳細を表示するには、フィーチャータブをクリックします。
2. NCBIのサイトからファイルを取得する
https://www.ncbi.nlm.nih.gov にアクセスして検索ボックスでプラスミドの情報を入力します。
All Databasesのドロップダウンメニューから 「Nucleotide」 を選択し、検索ボックスに pEGFP-N1 と入力して Search をクリックします。
検索結果の 「Cloning vector pEGFP-N1, complete sequence... complete cds 」にチェックを入れ、Send to: をクリックします。
「Complete Record」 を選び、ダウンロード形式、ファイル形式(Format)を選択します。ダウンロード形式は「File」、ファイルの形式は 「GenBank」 を指定し、Create Filesボタンをクリックします。
sequence.gb ファイルがダウンロードされます。分かりやすくするため、ファイル名を pEGFP-N1.gb に変更しておきます。
SnapGeneを起動して、開くから「ファイルを開く」を選択し、pEGFP-N1.gb を開きます。
pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。
フィーチャーの詳細を表示するには、フィーチャータブをクリックします。
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