SnapGene
SnapGeneラーニング
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

プラスミドデータの取得とマップの表示

このチュートリアルでは、SnapGeneによるプラスミドデータの取得とマップを表示する方法を pEGFP-N1 を例に紹介します。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。

1. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する

SnapGene の開発元であるGSL Biotech社のウェブサイトでは、注釈付きのプラスミドおよび配列ファイル(すべての主要サプライヤの一般的なクローニングベクターを含む)が2,700以上用意されています。

https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files にアクセスし、検索ボックスでプラスミドの情報(ここでは pEGFP-N1)を入力します。

SnapGene_プラスミドマップの表示_Plasmid Filesページ

Plasmid Filesのページでは pEGFP-N1 を含め、よく使われるプラスミドのリンクが紹介されています。これらのプラスミドはクリックするだけで該当ページに移動します。

既に SnapGene がインストールされている場合、Open in SnapGeneボタンをクリックするとSnapGeneが起動し、プラスミドマップが表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_プラスミドファイル_pEGFP-N1.dna

プラスミドファイル(pEGFP-N1.dna)をダウンロードして開く場合は、SnapGeneを起動後、開くから「ファイルを開く」を選択します。

SnapGene_プラスミドマップの表示_ファイルを開く

pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_pEGFP-N1.dna_マップ

フィーチャーの詳細を表示するには、フィーチャータブをクリックします。

SnapGene_プラスミドマップの表示_pEGFP-N1.dna_フィーチャー詳細

2. NCBIのサイトからファイルを取得する

https://www.ncbi.nlm.nih.gov にアクセスして検索ボックスでプラスミドの情報を入力します。

All Databasesのドロップダウンメニューから 「Nucleotide」 を選択し、検索ボックスに pEGFP-N1 と入力して Search をクリックします。

SnapGene_プラスミドマップの表示_NCBI

検索結果の 「Cloning vector pEGFP-N1, complete sequence... complete cds 」にチェックを入れ、Send to: をクリックします。

「Complete Record」 を選び、ダウンロード形式、ファイル形式(Format)を選択します。ダウンロード形式は「File」、ファイルの形式は 「GenBank」 を指定し、Create Filesボタンをクリックします。

SnapGene_プラスミドマップの表示_NCBI_NXBI_pEGFP-N1

sequence.gb ファイルがダウンロードされます。分かりやすくするため、ファイル名を pEGFP-N1.gb に変更しておきます。

SnapGeneを起動して、開くから「ファイルを開く」を選択し、pEGFP-N1.gb を開きます。

SnapGene_ファイルを開く

pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。

SnapGene_プラスミドマップの表示_NCBI_pEGFP-N1_マップ

フィーチャーの詳細を表示するには、フィーチャータブをクリックします。

SnapGene_プラスミドマップの表示_pEGFP-N1.gb_フィーチャー詳細

チュートリアルで紹介した機能や操作方法に関するお問い合わせはお問合せフォームよりお願いします。