プラスミドデータの取得とマップの表示
このチュートリアルでは、SnapGeneによるプラスミドデータの取得とマップを表示する方法を pEGFP-N1 を例に紹介します。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。
1. NCBIのサイトからファイルを取得する
https://www.ncbi.nlm.nih.gov にアクセスして検索ボックスでプラスミドの情報を入力します。
All Databasesのドロップダウンメニューから 「Nucleotide」 を選択し、検索ボックスに pEGFP-N1 と入力して Search をクリックします。
検索結果の 「Cloning vector pEGFP-N1, complete sequence... complete cds 」にチェックを入れ、Send to: をクリックします。
「Complete Record」 を選び、ダウンロード形式、ファイル形式(Format)を選択します。ダウンロード形式は「File」、ファイルの形式は 「GenBank」 を指定し、Create Filesボタンをクリックします。
sequence.gb ファイルがダウンロードされます。分かりやすくするため、ファイル名を pEGFP-N1.gb に変更しておきます。
SnapGeneを起動して、開くから「ファイルを開く」を選択し、pEGFP-N1.gb を開きます。
pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。
フィーチャータブをクリックすると、フィーチャーの詳細が表示されます。
1-1. NCBIのサイトからファイルをインポートする
アクセッション番号を使って、NCIB からデータを取得することも可能です。SnapGeneを起動して、インポートから「NCBIシークエンス」を選択します。
ダイアログに、取得する配列のアクセッション番号(ここでは、U55762)を入力し、インポートボタンをクリックします。
データのインポートが完了すると、プラスミドマップ(CVU55762)が開きます。
1-2. 配列のコピー&ペーストによる読み込み
ファイルを取り込む方法ではなく、配列情報からプラスミドマップを作成することも可能です。SnapGene を起動し、スタートパネル右上の「新規」ボタンを選択し、「+ DNAファイル」をクリックします。
すでにSnapGeneを起動している場合は、メニューバーの 「ファイル」 →「 新しい DNA または RNA ファイル 」 を選択して下さい。
NCBIのサイトにアクセスし、 Cloning vector pEGFP-N1(GenBank: U55762.1)の配列情報をコピーします。
配列情報をコピー&ペーストで貼り付け1 、共通のフィーチャーを検出」にチェックを入れます。ファイル名(ここでは、"pEGFP-N1")を入力し2 、OKボタンをクリックします。
2. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する
SnapGene の開発元であるGSL Biotech社のウェブサイトでは、注釈付きのプラスミドおよび配列ファイル(すべての主要サプライヤの一般的なクローニングベクターを含む)が2,700以上用意されています。
https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files にアクセスし、検索ボックスでプラスミドの情報(ここでは pEGFP-N1)を入力します。
既に SnapGene がインストールされている場合、Open in SnapGeneボタンをクリックするとSnapGeneが起動し、プラスミドマップが表示されます。
プラスミドファイル(pEGFP-N1.dna)をダウンロードして開く場合は、ダウンロードした .dna ファイルをクリックします。
または、SnapGeneを起動後、開くから「ファイルを開く」を選択し、ダウンロードした pEGFP-N1.dna ファイルを選択します。
pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。
チュートリアルで紹介した機能や操作方法に関するお問い合わせはお問合せフォームよりお願いします。