SnapGene
遺伝子工学実験をより正確に、よりスムーズに
製品トライアル版SnapGene Viewer

遺伝子工学実験支援ソフトウェア

SnapGeneは、DNAクローニングやPCRの計画、視覚化、記録を手早く簡単に行うことができる遺伝子工学実験支援ソフトウェアです。フィーチャーのアノテーションやプライマーのデザインの実行もスムーズに行え、研究者の日々のリサーチを支援します。

NEWS2021/11/30 SnapGene6.0がリリースされました。SnapGene6.0では、コーディング配列からサイレント変異を導入できるようになりました。また、アガロースゲルのシミュレーション結果をファイルとして保存できるようになりました。新しい機能に加え、クローニングシミュレーション機能、フィーチャー機能の強化など操作性・利便性が向上が図られています。

追加・強化された機能はこちらから:SnapGene6.0リリースノート

SnapGene_計画

クローニング作業計画の作成にかかる時間とコストの削減

  • 情報量が豊富なウィンドウで、一般的なクローニングやPCRの手法をシミュレート
  • どのように組み立てられるのかを一目で確認できるインターフェイス
  • DNAメチル化やリン酸化などの詳細を記録し、よくあるケアレスミスを特定し回避
SnapGene_視覚化

コンストラクトの可視化によるスムーズな管理作業

  • 核酸やアミノ酸配列の視覚化
  • アノテーションが付いたプラスミドマップの作成と閲覧
  • DNA配列のスキャンし、豊富なアノテーションを自動で追加
  • コンストラクトに対するシークエンス結果を視覚化しクローニング結果を確認
SnapGene_記録

シミュレーションした手順を自動的に文書化

  • 配列編集やクローニング手順の履歴をグラフィカルに自動生成
  • コンストラクトの元となった配列と現在の配列を比較したり、関連部分の強調を通して、クローニング作業の過程を視覚的にに再現
  • Undo(元に戻す)機能を使うことで修正も容易

SnapGeneが選ばれる理由

SnapGene_遺伝子クローニングの手順を最適化

遺伝子クローニングの手順を最適化

遺伝子クローニングの作業に必要な手順をシミュレーションすることができます。制限酵素認識配列の確認やプライマー設計だけでなく、遺伝子の向きやフレームチェックなどを通して正しいコンストラクトを提供します。詳細


SnapGene_クローニング作業の視覚化

クローニング作業の視覚化

遺伝子工学の作業において自分が何をしているのかを可視化することができれば、問題が生じた時に原因を特定しやすく、またクローニング作業の心理的なハードルも大きく下がります。SnapGeneは、作業内容の理解と把握を直感的に可能にするインターフェイスを提供します。詳細


SnapGene_作業記録の自動化

作業記録の自動化

SnapGeneはドキュメント作成を自動で行うので、作業記録を別途作成する必要はありません。プラスミドのコンストラクト作成に関わるシークエンス編集やクローニング手順の確認・共有を簡単に行うことができます。詳細

分子クローニングの基礎から応用へ

遺伝子クローニングの手順を最適化

SnapGene_遺伝子クローニング手順の最適化_2

スピーディーで正確、ユーザーフレンドリーなインターフェイス

  • コンストラクトを可視化することでクローニング手順の設計上の問題点を直感的に特定および修正することが可能
  • 既存のプライマーを使用して標準的なPCRをシミュレートしたり、SnapGeneを利用し新たにプライマーを設計することも可能
  • 専用のクローニングツールにより、主要な分子クローニング技術に対応したコンストラクト設計を正確かつ迅速に実施

クローニング

制限酵素クローニング

SnapGene_制限酵素クローニング

使用する制限酵素の選択からクローニング後のイメージまで、シミュレーションは数秒で終わります。プロトコルに設計上の欠陥がある場合、そのエラーを発見して修正することもできます。

Gateway®cloning

SnapGene_Gateway Cloning

Gateway cloningで必要なプライマーを自動で設計します。ユーザー側で行う操作は、結合したいDNAフラグメントを選択するだけです。

Gibson Assembly®

SnapGene_Gibson Assembly

Gibson Assemblyで必要な必要なプライマーを自動で設計します。ユーザー側で行う操作は、結合したいDNAフラグメントを選択するだけです。

In-Fusion® Cloning

SnapGene_In-Fusion Cloning

In-Fusion® Cloningで必要なプライマーを自動で設計します。ユーザー側で行う操作は、融合したいDNAフラグメントを選択するだけです。

TOPO® Cloning

SnapGene_TA/GCクローニング

TOPO® cloning で必要なプライマーを自動で設計します。ユーザー側で行う操作は、増幅したいDNAフラグメントを選択し、組み込まれているリストからTOPO®クローニングベクターを選ぶだけです。

TAまたはGCクローニング

SnapGene_TA/GCクローニング

市販されている様々な直鎖化TAおよびGCクローニングベクターのデータが既に組み込まれています。シミュレーションはもちろん、データから目的にあった最適なベクターを選ぶ作業も可視化します。

クローニング計画を検証し、技術的なエラーを回避

クローニング作業の視覚化

SnapGene_クローニング計画を検証

クローニング計画を検証し、技術的なエラーを回避

  • SnapGeneのフィーチャーデータベースや独自のカスタムフィーチャーを使用し、プラスミドのフィーチャーへのアノテーション追加が可能
  • 制限酵素サイト、フィーチャー、プライマー、ORF、翻訳などをプラスミドマップやシークエンスビューで詳細に表示
  • 柔軟なアノテーションコントロールと視覚化コントロールでプラスミドマップを自分好みにカスタマイズ

SnapGene_アライメントツールによる配列確認

アライメントツールによる配列の確認

  • 強力なAlign to Reference(リファレンス配列と合わせる)ツールを使用し、シークエンスされたコンストラクトとシミュレーションされたコンストラクトの一致を検証
  • Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE、T-Coffeeなどの信頼できるアルゴリズムを使用したペアワイズおよびマルチプルアラインメント
  • CAP3を使って、サンガー・シークエンス・リードの完全なコンティグを構築

SnapGene_アガロースゲル電気誘導シミュレーション

アガロースゲル電気泳動の泳動パターンをシミュレーション

  • SnapGeneのゲルシミュレーションアルゴリズムは、実験室で見るアガロースゲル電気泳動の泳動パターンを再現
  • レーン数、アガロースの割合、実行時間、MWマーカーのフルセットなどの要素を柔軟にカスタマイズ可能
  • 各レーンの詳細なフラグメント情報により、目的のバンドを記録し識別

自動文書化とスムーズなデータ交換のための設定

作業記録の自動化

SnapGene_作業記録の自動化_2

グラフィカルな履歴を自動で作成

  • 操作手順やドキュメントの変更を視覚的に記録
  • 履歴、遺伝子マップ、シークエンスビューに履歴の色を表示
  • 完全に復元可能なシークエンス履歴のドキュメントへの埋め込み

SnapGene_データの変換と共有

データの変換と共有

  • シークエンス、ファイル、各種マップの保存、検索、共有、整理
  • 共有可能なドライブ、サーバー、クラウドサービスに保存されたシークエンスを使用しての共同作業が可能
  • 多くの一般的なファイルフォーマットから、シークエンス、アノテーション、その他のメタデータを読み取り、それらをエクスポートすることも可能

多くのユーザーに支持されています

SnapGeneは分子生物学研究を支援する強力なツールとして多くの研究者に利用されています。またSnapGeneを使用した論文は、医学・ライフサイエンス分野のジャーナルに広く掲載されています。

世界中の研究者に評価されています

SnapGeneの使い勝手の良さに、すぐに私の研究室に導入を決意しました。まず最初にSnapGeneでクローニングを行い、実験計画における潜在的課題を見つけてから作業を行っています。おかげで、時間とコストを大幅に減らすことができるようになりました。

"SnapGene is so easy to use that my lab adopted it instantly. It saves a lot of time and money as we now do all our cloning in SnapGene first and catch any snags in the strategy before they hold us up."


A. Matouschek
Northwestern University

SnapGeneはとても素晴らしいソフトです。すぐに使い始めることができるほど簡単なのに、優れた機能が豊富で、私がクローニングに求めている点をすべてカバーしています。クローニングを行う人にぜひお勧めしたいソフトウェアです。

"SnapGene is awesome. It is straightforward enough to start using right away, yet rich with sophisticated features that cover all of my cloning needs. I recommend this software to anyone who clones DNA."


D. Strongin
Fred Hutchinson Cancer Center

難しいクローニングに自信を持って、そして最小限の労力で取り組むことができるようになり、私の研究室でのリサーチが劇的に変わりました。私にとってSnapGeneはなくてはならない存在です。

"I just want to say that I LOVE SnapGene. It has dramatically altered the research that my lab does, giving us the confidence to take on difficult cloning with minimal effort! "


D. Bryant
University of Glasgow

SnapGeneが使用された論文

Design of a novel multiple epitope-based vaccine: An immunoinformatics approach to combat SARS-CoV-2 strains
"Results: The constructed vaccine showed good results of worldwide population coverage and promising immune response. This constructed vaccine was subjected to in-silico immune simulations by C-ImmSim. Chimeric protein construct was cloned into PET28a (+) vector for expression study in Escherichia coli using snapgene."
Naveed M, Tehreem S, Arshad S, Bukhari SA, Shabbir MA, Essa R, Ali N, Zaib S, Khan A, Al-Harrasi A, Khan I. Design of a novel multiple epitope-based vaccine: An immunoinformatics approach to combat SARS-CoV-2 strains. J Infect Public Health. 2021 Jul;14(7):938-946. doi: 10.1016/j.jiph.2021.04.010. Epub 2021 May 4. PMID: 34119848; PMCID: PMC8093003.
Immunoinformatics prediction of overlapping CD8+ T-cell, IFN-γ and IL-4 inducer CD4+ T-cell and linear B-cell epitopes based vaccines against COVID-19 (SARS-CoV-2)
"Fig 2 - The whole genome sequence (GenBank number MN908947.2) of COVID-19 built using Snapgene showing the position of the promising CD4 + T-cell epitopes and B-cell epitopes. The CD4 + T-cell epitopes were named from E1-CD4 to E19-CD4 representing alphabetically the epitopes as found in Table 2, the B-cell epitopes number E1-Bcell to E8-Bcell represented as found in Table 3."
Fatoba, Abiodun & Maharaj, Leah & Teniola, Adeleke & Okpeku, Moses & Adeniyi, Adebayo & Adeleke, Matthew. (2021). Immunoinformatics prediction of overlapping CD8+ T-cell, IFN-γ and IL-4 inducer CD4+ T-cell and linear B-cell epitopes based vaccines against COVID-19 (SARS-CoV-2). Vaccine. 39. 10.1016/j.vaccine.2021.01.003.
The Essential Facts of Wuhan Novel Coronavirus Outbreak in China and Epitope-based Vaccine Designing against COVID-19
"The optimized DNA sequence was then taken and SgrA1 and SphI restriction sites were attached to the N-terminal and C-terminal sites, respectively. Finally, the SnapGene restriction cloning module was used to insert the newly adapted DNA sequence between the SgrA1 and SphI restriction sites of pET-19b vector [170]-[174]."
Bishajit Sarkar, Md. Asad Ullah, Fatema Tuz Johora, Masuma Afrin Taniya, Yusha Araf bioRxiv 2020.02.05.935072; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.05.935072
Signal hotspot mutations in SARS-CoV-2 genomes evolve as the virus spreads and actively replicates in different parts of the world
"Nucleotide sequences of isolates from China, India, and Europe were analyzed with the program Snapgene (GSL Biotech) by using the algorithm MUSCLE (MUltiple Sequence Comparison by Log-Expectation). Amino acid sequences were also analyzed with the program Snapgene."
Weber, S., Ramirez, C., & Doerfler, W. (2020). Signal hotspot mutations in SARS-CoV-2 genomes evolve as the virus spreads and actively replicates in different parts of the world. Virus research, 289, 198170. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2020.198170
A Novel Technique for Constructing Infectious Cloning of Type 3 Porcine Circovirus
"In this study, according to the linear sequence of PCV3 DNA published on GenBank, the sequence was rearranged with SnapGene gene-editing software, and after rearrangement, the HindIII restriction endonuclease site was added to the end of the linear DNA, so that both ends have the same restriction endonuclease site."
Jiang Z, Wu J, Jiang M, Xie Y, Bu W, Liu C, Zhang G, Luo M. A Novel Technique for Constructing Infectious Cloning of Type 3 Porcine Circovirus. Front Microbiol. 2020 Jun 9;11:1067. doi: 10.3389/fmicb.2020.01067. PMID: 32582064; PMCID: PMC7296095.
Extending SynBioHub's Functionality with Plugins
"This framework was tested by the development of three example plugins, one of each type as follows: one allowing the submission of SnapGene files, one visualizing the course of different genetic parts, and one preparing plasmid maps for download."
Mante J, Zundel Z, Myers C. Extending SynBioHub's Functionality with Plugins. ACS Synth Biol. 2020 May 15;9(5):1216-1220. doi: 10.1021/acssynbio.0c00056. Epub 2020 Apr 23. PMID: 32275821.
ER arrival sites associate with ER exit sites to create bidirectional transport portals
"Cultures were grown in rich glucose medium (yeast extract, peptone, dextrose), synthetic glucose medium (SD), or nonfluorescent synthetic glucose medium (NSD; Bevis et al., 2002) in baffled flasks at 30°C with shaking at 200 rpm. P. pastoris gene sequences were obtained from the NCBI database. Molecular biology procedures were simulated and recorded using SnapGene software."
Sudeshna Roy Chowdhury, Chumki Bhattacharjee, Jason C. Casler, Bhawik Kumar Jain, Benjamin S. Glick, Dibyendu Bhattacharyya; ER arrival sites associate with ER exit sites to create bidirectional transport portals. J Cell Biol 6 April 2020; 219 (4): e201902114. doi: https://doi.org/10.1083/jcb.201902114
Maturation-driven transport and AP-1–dependent recycling of a secretory cargo in the Golgi
"Video 7 shows fast 4D imaging of terminally maturing cisternae as both the cargo and the late Golgi markers depart. Data S1 ZIP file contains annotated SnapGene files for all of the plasmids used in this study."
Jason C. Casler, Effrosyni Papanikou, Juan J. Barrero, Benjamin S. Glick; Maturation-driven transport and AP-1–dependent recycling of a secretory cargo in the Golgi. J Cell Biol 6 May 2019; 218 (5): 1582–1601. doi: https://doi.org/10.1083/jcb.201807195
TANGO1 and Mia2/cTAGE5 (TALI) cooperate to export bulky pre-chylomicrons/VLDLs from the endoplasmic reticulum
"Real-time PCR was performed with Light Cycler 480 SYBR Green I Master (Roche) according to the manufacturer’s instructions. SnapGene software (GSL Biotech) was used for molecular cloning design."
António J.M. Santos, Cristina Nogueira, Maria Ortega-Bellido, Vivek Malhotra; TANGO1 and Mia2/cTAGE5 (TALI) cooperate to export bulky pre-chylomicrons/VLDLs from the endoplasmic reticulum. J Cell Biol 9 May 2016; 213 (3): 343–354. doi: https://doi.org/10.1083/jcb.201603072
Remodeling of secretory compartments creates CUPS during nutrient starvation
"SnapGene software (GSL Biotech; available at www.snapgene.com) was used for molecular cloning procedures. "
David Cruz-Garcia, Amy J. Curwin, Jean-François Popoff, Caroline Bruns, Juan M. Duran, Vivek Malhotra; Remodeling of secretory compartments creates CUPS during nutrient starvation. J Cell Biol 22 December 2014; 207 (6): 695–703. doi: https://doi.org/10.1083/jcb.201407119

SnapGene機能詳細

SnapGeneは、日常的に行う遺伝子クローニングの作業手順を向上させるために開発されました。SnapGeneは、あなたが以下の作業を効率よく行うために必要なサポートを提供します。

分子クローニング

  • 制限酵素クローニング
  • Gatewayクローニング
  • Gibson Assembly
  • NEBuilder HiFi アセンブリ
  • In-Fusionクローニング
  • TA・GCクローニング
  • TOPOクローニング

プライマー

  • プライマーの設計
  • 2つのオリゴをアニーリングして二重鎖産物の形成

PCRおよび変異導入

  • シミュレートPCR
  • オーバーラップ伸長PCR
  • プライマー指向変異導入

ファイルのフォーマットの変換

  • アライメントフォーマット
  • ApE
  • CLC Bio
  • Clone Manager
  • DNA Strider
  • DNADynamo
  • DNASIS
  • DNAssist
  • DNASTAR Lasergene®
  • DS Gene
  • EMBL (ENA)
  • EnzymeX
  • GenBank / DDBJ
  • Gene Construction Kit®
  • Geneious
  • GeneTool
  • Genome Compiler
  • Jellyfish
  • MacVector
  • pDRAW32
  • Serial Cloner
  • Swiss-Prot
  • Vector NTI®
  • Visual Cloning

酵素セット

  • 制限酵素セット
  • 定義済み制限酵素セット - 企業またはカッターによる
  • カスタム制限酵素セットの作成
  • 詳細な制限酵素情報の表示
  • メチル化感受性とこれに関連するエラー回避に対する豊富なサポート

翻訳

  • 翻訳されたフィーチャーの表示および修正
  • オープン・リーディングフレーム(ORF)
  • 全シークエンスの翻訳
  • 遺伝子融合のリーディングフレームの確認
  • アミノ酸配列への翻訳 (DNAから)
  • 逆翻訳(アミノ酸配列から)

アライメント

  • DNAシークエンスをリファレンスシークエンスとアライメント
  • クローニングや変異導入の検証
  • cDNAを染色体にアラインメント
  • ペアワイズとマルチシークエンスのDNAとアミノ酸のアラインメント
  • アライメント・アルゴリズムの選択 - Clustal Omega、MAFFT、MUSCLE、
  • T-Coffee
  • コンティグ・アセンブリ

可視化

  • 複数のDNAシークエンス図の表示
  • 大きいシークエンスのサポート - 染色体サイズのシークエンスの閲覧
  • DNAやアミノ酸のシークエンスの修正
  • 色コードシークエンス

履歴の追跡

  • 包括的な「取り消し」機能
  • 産物のグラフィック履歴の表示
  • オプションの色の履歴を使用すると、シークエンスに対する最新の変更の識別が可能

アガロースゲル電気泳動の泳動パターンをシミュレート

  • 制限酵素処理のシミュレート
  • PCR反応の増幅のシミュレート
  • MWマーカー情報の大規模な収集

全般

  • プラットフォーム間の互換性 - Windows、macOS、Linux

SnapGeneシステム条件

SnapGeneのシステム条件は以下の通りです。インストール可能台数やライセンス許諾についてはFAQ:ライセンスについて をご参照下さい。

各OSシステム条件

Windows 7 以降 (SnapGene 5.1以降、64bitのみに対応)

macOS 10.10 以降

Fedora Linux 21 以降

Red Hat (CentOSを含む) Linux 7.2 以降

Ubuntu Linux 14.04 以降

HD空き容量 各OS共通

メモリ容量:1 GB RAM

HD空き容量:250 MB

ディスプレイ: 1024 x 768以上

 ご注意ください

Windows ARM版には対応していません

SnapGene製品カタログ

SnapGeneのデジタルカタログをダウンロードいただけます。

SnapGene製品カタログ