SnapGene
SnapGene リリースノート

  

SnapGeneリリース ノート

https://www.snapgene.com/release-notes

Release Note : SnapGene6.2 新機能

バージョン6.2では、準最適RNA二次構造のサポート、Structureビューのその他の機能強化、Golden GateクローニングシミュレーションツールとPCRシミュレーション全般の改善、Proteinプロパティでの作業時の柔軟性向上、ボタンやアイコンの近代化などが行われています。

RNA二次構造ビューの機能強化

Suboptimal RNA secondary structures are now shown. All structures can be recalculated using adjusted Tm and other settings. Visualization and selection capabilities have been enhanced, including the ability to display and make sequence selections that are synced across all views. Coordinates and 5' / 3' end labels can optionally be displayed. See View Predicted RNA Secondary Structure for more information.

準最適RNA二次構造が表示されるようになりました。すべての構造は、調整された Tm およびその他の設定を使用して再計算されます。可視化および選択機能が強化され、すべてのビューで同期された配列の表示と選択が可能になりました。座標と 5' / 3' 末端のラベルをオプションで表示することができます。詳しくは、View Predicted RNA Secondary Structure をご覧ください。

SnapGene6.1新機能_RNA二次構造

Golden Gate アッセンブリーの改良

Various enhancements to the Golden Gate cloning dialogs include a ligation fidelity matrix for assessing overall reaction fidelity, it is now possible to adjust overhangs for manually designed primers, a new option to cut the vector with any enzymes (not just Type IIS enzymes), as well as an updated settings dialog with easy access to recommended enzymes.

Golden Gate アッセンブリーのダイアログの機能が強化されました。ライゲーション フィディリティ マトリックスによる反応全体の忠実度の評価、手動でデザインしたプライマーのオーバーハングの調整、制限酵素を Type IIS に限定せず任意の酵素でベクターをカットできるオプション、推奨された酵素に簡単にアクセスできる設定ダイアログ等が新たに追加されました。

SnapGene6.1新機能_RNA二次構造

PCRクローニングシミュレーションにおけるプライマー設計の改良

You can now adjust the hybridization region for all PCR cloning simulations (e.g. PCR, Golden Gate, Gibson, In Fusion, etc.). When using automatic primer design the hybridized region will be configured automatically, ensuring miscellaneous features are not transferred to the product when a 5’ primer extension by chance partially hybridizes to the template.

すべてのPCRクローニングシミュレーション(PCR、Golden Gate アッセンブリー、Gibson Assembley、In Fusionクローニングなど)において、ハイブリダイゼーション領域の調整ができるようになりました。プライマー自動設計を利用の際、 5’ 末端プライマー伸長が偶然テンプレートと部分的にハイブリダイズした場合に、雑多なフィーチャーが産物に移動しないように領域が自動的に設定されます。

SnapGene6.1新機能_ダークモード

タンパク質の特性をコピー、エクスポート

タンパク質配列全体または選択した領域の特性およびアミノ酸データを、テキストまたはスプレッドシート(*.csv / *.tsv)形式でコピーまたはエクスポートすることができます。また、それぞれのプロパティをビューから直接コピーすることもできます。

SnapGene6.1機能強化_エクスポート

ツールバー、アプリケーション、ドキュメントのアイコンを刷新

トップツールバーにシンプルで分かりやすいなアイコンを採用しました。また、アプリケーションアイコンとファイルアイコンも更新されました。

SnapGene6.1機能強化_エクスポート

 

Release Note : SnapGene6.1 新機能

バージョン6.1では、Golden Gateアッセンブリーのシミュレーション時のプライマー設計を簡単にしました。また、ssRNA配列の新しい二次構造ビューが搭載されています。

Golden Gate アッセンブリー

SnapGene 6.1では、Type IIS制限部位を適切に配置したPCRプライマーの自動設計や、Golden Gate アッセンブリーのシミュレーションを行うツールが提供されています。Golden Gateのプライマーとオーバーハングを自動的に設計し、反応の忠実度を最適化することで、成功の可能性を最大限に高めることができる新しいツールです。

SnapGene6.1新機能_Golden Gateアッセンブリー シミュレーション

Golden Gateの忠実度に関する詳細については、開発元のウェブサイト下記をご参照ください。
How is Golden Gate Fidelity Predicted in SnapGene?

RNA二次構造

SnapGene6.1では、ViennaRNA を使って一本鎖RNA配列(ssRNA)二次構造を計算します。「二次構造ビュー」では、ViennaRNA で計算された最適な構造予測図が表示され、一本鎖RNA配列がどのように折り畳まれるかを視覚化します。SnapGene は、3000塩基までのssRNA配列の二次構造の予測を表示することができます。

SnapGene6.1新機能_RNA二次構造

ダークモード

ユーザーインターフェイスがダークモードに対応し、デフォルトで OS のダークモードまたはライトモードの設定に合わせられるようになりました。

SnapGene6.1新機能_ダークモード

エクスポート機能

環境設定のエクスポートパネルで、LOCUSフィールド識別子フィーチャーのエクスポートオプションなど、GenBankへのコンテンツのエクスポート方法をカスタマイズできます。

SnapGene6.1機能強化_エクスポート

Release Note : SnapGene6 新機能

What's New in SnapGene | SnapGene6に追加された機能

  • SnapGene5では、サイレント変異を導入する場合は教科書などに記載されているコドン表を見ながら入力する必要がありました。しかし、SnapGene6ではその候補をコドン使用率とともに提示してくれます。これにより置換候補の優先順位をつけることが容易になりました。
  • SnapGene6では、フィーチャータイプのカスタム編集が可能になりました。これにより実験者の好みや表現の幅に沿った配列編集が可能になりました。
  • 配列の一致度を確認するペアワイズアラインメントでもフィーチャーの表示や編集ができるようになり、アライメント後の画面も見やすくなりました。これにより、任意のフィーチャーごとの比較がより簡便かつ迅速にできるようになりました。
  • クローニングのシミュレーション機能では、フラグメントの追加、削除、順序変更ができるようになり、複数のフラグメントを連続挿入のシミュレーションがより扱いやすくなりました。これにより融合タンパク質のコンストラクト作成やプロモーター領域の改良コンストラクト作成などのシミュレーションがより容易になりました。

サイレント変異導入による制限酵素サイトの追加または削除

コーディング配列からサイレント変異を導入できるようになりました。これにより、制限酵素サイトの追加または削除がより簡便になりました。

SnapGene6新機能_サイレント変異導入による制限酵素サイトの追加または削除

新しいフィーチャータイプの追加

これまで使用可能だったフィーチャータイプは、GenBankで使用されているものに限定していました。今回のアップデートでは、GenBank以外のフィーチャータイプも追加しています。また、オリジナルなフィーチャータイプを追加することもできます。そして、それらのフィーチャーをインポート・エクスポートして、他の人や他のコンピュータと共有することも可能です。さらに、デフォルトのフィーチャーカラーが変更できるようになりました。

カスタムフィーチャータイプの詳細をラーニングページ:カスタムフィーチャータイプで紹介していまのでご参照ください。

SnapGene6新機能_新しいフィーチャータイプの追加

アガロースゲルファイルの登場

アガロースゲルのシミュレーション結果をファイルとして保存することができるようになりました。拡張子は “.gel” です。実際のゲルを見た後に編集を加えることが可能ですし、さらに他の人と共有することも可能です。

SnapGene6新機能_アガロースゲルファイルの登場

アラインメントにおけるフィーチャー編集機能の追加

アライメントでフィーチャーを表示する機能は、マルチプルシーケンスアラインメントでのみでした。今回のアップデートでは、ペアワイズアラインメントでもフィーチャーの表示ができるようになりました。また、フィーチャーの編集も可能となっています。追加・編集・検索は、アライメントビューまたは新規のフィーチャービューのどちらからでも可能です。

SnapGene6新機能_アラインメントにおけるフィーチャー編集機能の追加

クローニングシミュレーション機能の強化

これまで、複数のフラグメントを連続してベクターに挿入する時は、コンストラクトどこに何を追加するかを決める必要があり順序変更などはできませんでした。また、ミスを修正するためには編集画面を閉じて最初からやり直す必要もありました。今回のアップデートでは、フラグメントの追加、削除、順序変更ができるようになり、複数のフラグメントを連続挿入がより使いやすくなりました。また、ベクターを反転させる機能も追加されています。

SnapGene6新機能_クローニングシミュレーション機能の強化


SnapGene6新機能・機能強化詳細

新たに追加された機能

  • サイレント変異によるコーディング配列に酵素サイトを追加するツールを追加しました。
  • サイレント変異によるコーディング配列から酵素サイトを削除するツールを追加しました。
  • GenBankフィーチャータイプの標準セットに含まれていないカスタムフィーチャータイプに対応しました。
  • 標準的なGenbankフィーチャータイプのデフォルトカラーの変更を可能にしました。
  • アガロースゲルのシミュレーションを.gelファイルとして保存・読み込みできるようになりました。
  • ペアワイズアラインメント内のフィーチャーのサポートを追加しました。
  • アラインメント内のフィーチャーを追加、編集、削除できるようになりました。
  • ペアワイズおよびマルチプルシーケンスアラインメントの表示時にフィーチャーテーブルを追加しました。
  • アラインメントを検索してフィーチャーを見つけることができるようになりました。
  • Gibson, InFusion, NEBuilder HiFi Assemblyのシミュレーションツールが強化され、ベクターを反転できるようになりました。
  • クローニングシミュレーションツールが強化され、配列の追加、削除、並び替えに対応します。
  • 酵素の認識配列に対する切断回数と相対的な位置に基づいて、選択された酵素のセットをフィルタリングするコントロールが含まれています。
  • 11種類の制限酵素に対応しました。AgsI、ArsI、BssSI、BsuI、BtsI、HpySE526I、LmnI、LpnPI、Mox20I、PstNI、TseFIの11種類の制限酵素に対応しました。
  • デフォルトのCodon Usage Tableを設定できるようになりました。
  • DNA Calculationsダイアログに、ng/uLをnMに変換するツールを追加しました。
  • DNA Calculationsダイアログに塩基数を追加しました。

強化された機能

  • "Blocks of 3"シーケンスビューのフォーマットを改良し、ヌクレオチドトリプレットをリーディングフレームに合わせられるようにしました。
  • RNA配列のインポートまたは新規作成時にPsiをUに変換するようになりました。
  • ペアワイズおよび多重整列を印刷する際に、オプションで配列名を配列と一緒に表示することをサポートします。
  • Gatewayクローニング用ベクターpEXP3-DESTとpEXP4-DESTを追加し、pEXP-DEST Vectorsの説明の相互参照を更新しました。
  • 32の酵素のコメントを更新しました(複数のサイトを持つことが必須ではないものの、これによって結果的に切断が促進されます):AarI, AciI, AcuI, AloI, BaeI, BbeI, BfiI, Bpu10I, BsaWI, BsaXI, BsmFI, BsrFI, BveI, Cfr9I, Cfr10I, Cfr42I, CseI、EarI、Eco57I、EcoRII、FaqI、HgaI、HpaII、LweI、Mly113I、PdiI、PpiI、SatI、Sau3AI、SfaNI、SmlI、XmaI
  • 編集中のファイルを、他のSnapGeneインスタンスに対して読み取り専用に設定するロック機構を追加しました。ただし、ロック機構は大きなファイルでは使用できず、遅延時間も短いため、ファイルを同時に開いた場合には効果がありません。
  • New Protein Fileにコピー&ペーストしたり、タンパク質配列中の残基を挿入または置換しても、機能やカスタム番号が保持されるようになりました。
  • プライマーデータをエクスポートする際に、結合部位を含めることができるようになりました。
  • コピーした相補的なプライマーペアをペーストしてアガロースゲルのレーンを構成する機能を追加しました。
  • Restriction Cloning中に酵素がブロックされた場合に配列のメチル化を変更する方法の説明を改善しました。
  • 曖昧なアミノ酸を表現するための訳語を"?"から "X/Xaa "に変更しました。
  • ssDNA配列において、選択した領域のTmを追加しました。
  • コマンドラインインターフェースからマップをエクスポートする際に、解像度(ppi)の調整と透過画像の作成に対応しました。

修正箇所

  • タイプIISの酵素セットにTaqIIを追加しました。
  • 6+ Cutters酵素セットにニッキング酵素を追加しました。
  • TaqIIの二次認識配列は切断につながらないため削除しました。
  • 酵素BmeT110IおよびBmgT120Iの切断位置を修正しました。
  • Restriction Enzymes ウィンドウで以前表示していた酵素に戻る際に、最後に表示していた酵素のバリアントを復元します。
  • 大規模な祖先配列のHistoryビューのフィーチャーを省略することで、ファイルサイズを削減し、ロードを高速化しました。
  • すべての翻訳可能なフィーチャータイプに対して、次の非標準修飾子のサポートを追加しました:calculated_mol_wt、codon、codon_start、exception、protein_id、transl_except、transl_table、translation
  • 非標準の修飾子が、インポートおよびエクスポート時に保持されるようになりました(以前は /note に変換されていました)。
  • タンパク質配列中のCDSフィーチャーで、/transl_tableおよび/codon_start修飾子のサポートを追加しました。

修正箇所

  • 複数のフィーチャーを選択した場合に、そのフィーチャーが介在すると「Copy Amino Acids」や「Make Protein」が失敗する問題を修正しました。
  • macOSで、空のSnapGeneウィンドウが表示され、SnapGeneを再起動しないと閉じることができないことがある問題を修正しました。
  • 環境設定で、補助的なチェックボックスを無効にするようにしました。
  • 複数のセグメントを持つSite featureのマウスオーバー効果を修正しました。
  • protein point feature typeをmisc_feature、unsure、variationに設定できない問題を修正しました。
  • 点状フィーチャーを追加する際にタイプを変更すると、色が手動で調整されていない場合、フィーチャーの色が自動的に変更されるようになりました。
  • 直鎖状のDNA配列のどちらかの端を共有結合で閉じるように修正した場合、UがTに変換されない問題を修正しました。
  • 株式会社ニッポンジーンの酵素のリンクを修正しました。
  • 配列調整ツールで追加された未保存のファイルが誤った名前でリストアップされる問題を修正しました。
  • アラインメントでランオンの翻訳が表示されないことがある問題を修正しました。
  • DNAファイルで最後の塩基までスクロールできるようになりました。
  • 一部のタンパク質ファイルでfeaturesタブを開いたときに表示されていた不適切なメチル化メッセージを削除しました。
  • Choose Alternative Codons "ツールを使用した際に、プライアンシーが表示されない問題を修正しました。
  • アガロースゲルのシミュレーションでレーンをMWマーカー使用に切り替えた際に表示される様々な問題を修正しました。
  • タンパク質配列にポイントフィーチャーが追加されない問題を修正しました。
  • Mutagenesisツールを使用する際、プロダクト名の指定を必須とするようにしました。
  • ヒストリーカラーが表示されている場合、塩基が常に表示されるようにしました。
  • シーケンスビューで、隣接する翻訳済みフィーチャーの共有コドンを常に表示するように修正しました。
  • Align to Reference DNA sequence(リファレンスDNAシークエンスへのアライン)を修正し、配列の編集を元に戻すと、アラインされた配列が非表示にならないようにしました。
  • 環状配列において、数値原点に巻きついたORFを確実に表示するように修正しました。
  • Linuxで起動ダイアログが表示されているときに、一部のキーボードショートカットが動作しない問題を修正しました。
  • この環境設定がオンになっている場合、デフォルトで説明パネルが正しく表示されるようになりました。
  • Choose Alternative Codons(代替コドンを選択)ツールのナビゲーションボタンが正しく有効になるように修正しました。
  • Region featureが表示されていない場合に、タンパク質配列のFeatureを検索する際の問題を修正しました。
  • Features ビューでタブを切り替えると、修飾子の選択が失われるという問題を修正しました。
  • 参照配列へのアラインメントを表示中にアンドゥを使用すると、展開されたアラインメント配列が折りたたまれてしまう問題を修正しました。
  • 一部の円形配列を線形化できない問題を修正しました。
  • プライマーをインポートする際、ウィンドウ上のチェックボックスの選択が遅れることがあった問題を修正しました。
  • Next/Previous Aligned Region ボタンの位置を修正し、原点を越えて次の/前の領域にジャンプできるようにしました。
  • Vector NTI Expressのデータベースインポートにおいて、Java 8がサポートされていることを示すダイアログを明確にしました。
  • Preferences(環境設定) の Files(ファイル)のデフォルトフォルダが、Open Files(ファイルを開く)で無視される問題を修正しました。
  • プライマーペアを選択して新規ファイルを作成する際、デフォルトのドキュメント名にプライマー名が含まれていなかった問題を修正しました。
  • NEBuilderツールで50bp以下の間隔でプライマーを使用できない問題を修正しました。
  • Import SnapGene Online Sequences ツールを使用する際、検索コントロールをクリアした後に配列リストを更新する際の問題を修正しました。
  • NEBuilderツールを使用する際に、ベクターに対して既存の重複しないPCRプライマーを使用できない問題を修正しました。
  • Agarose Gel (アガロースゲル)ウィンドウにファイルをドラッグ&ドロップできない問題を修正しました。
  • コレクション内のドキュメントを切り替えたときに、選択した酵素が表示されない問題を修正しました。
  • Edit References (リファレンスの編集)ウィンドウで参考文献を削除した後に残る不要な横線を削除しました。
  • Edit References (リファレンスの編集)ウィンドウのデフォルトサイズの改善しました。
  • 粘着性オーバーハングを持つ選択範囲の長さを表示する際の問題を修正しました。
  • トリミングハンドルをドラッグする際の安定性が向上しました。
  •  Insert Codon and Choose Alternative Codons (コドンの挿入と選択)ツールを使用した際に、曖昧なコドンを削除しました。

Release Note: SnapGene5 新機能

SnapGene5.0では、ペアワイズアライメント、Ensemblデータベースからのインポート、ディレクショナルTOPO®クローニングのサポート、リファレンスDNA配列とのアライメント用ツールの改良など、新しい機能や表示オプションが追加されています。


ペアワイズアライメント
DNAまたはタンパク質配列のペアを、ローカル、グローバルまたはセミグローバルアライメントで解析することが可能です。

SnapGene5新機能_ペアワイズアライメント

 

Ensemblからのインポート
遺伝子または複製データをEnsemblゲノムブラウザからSnapGeneに直接インポートできるようになりました。

SnapGene5新機能_Ensemblからのインポート

 

ディレクショナルTOPOクローニング
ディレクショナルTOPOクローニングをトポイソメラーゼ活性化ベクターにシミュレートします。

SnapGene5新機能_ディレクショナルTOPOクローニング

 

ファレンス配列への柔軟なアライメント
リファレンスDNA配列と合わせるインターフェイスが強化されました。様々な表示オプションのコントロールをより直感的に操作できるようになり、またアライメントをリファレンス配列の指定された鎖または領域に制限することが可能です。

SnapGene5新機能_ファレンス配列への柔軟なアライメント1

SnapGene5新機能_ファレンス配列への柔軟なアライメント2

 

アラインされていない末端の表示
リファレンスDNA配列に部分的にアラインされた配列の場合、アラインされていない端の部分をドラッグアウトして可視化することができるようになりました。

SnapGene5新機能_アラインされていない末端の表示

Anza Enzyme
Thermo Fisher(Invitrogen)の Anza™ enzyme systemがSnapGene酵素データベースに組み込まれました。

SnapGene5新機能_Anza Enzyme

 

背景色のカスタマイズ
背景色のカスタマイズが可能になりました。

SnapGene5新機能_背景色のカスタマイズ

 

Feature Typeの表示/非表示
Feature Typeで機能の表示/非表示が可能になりました。

SnapGene5新機能_背景色のカスタマイズ

 

背景色のカスタマイズ
背景色のカスタマイズが可能になりました。

SnapGene5新機能_背景色のカスタマイズ

 

DNA-タンパク質配列の変換
選択したDNA配列の領域を翻訳し、対応するタンパク質配列を生成します。

SnapGene5新機能_DNA-タンパク質配列の変換