遺伝子工学実験支援ソフト：SnapGeneリリース ノート

• プライマーホモダイマー（ホモ二量体）
  • Vienna RNAパッケージのRNAcofoldツールを用いてプライマーホモダイマー（ホモ二量体）構造を計算します。
  • 配列または信頼度で色分けしてプライマーホモダイマーを視覚化します。
• タブ付きファイルウィンドウの機能強化
  • ファイルタブをドラッグ&ドロップして別ウィンドウで開く、または既にあるウィンドウに挿入できるようになりました。
  • タブ付きファイルウィンドウが "Project "パネルなしで存在できるようになリマした。
  • 上部ツールバーに現在のファイル名を追加しました。
  • 選択タブの視認性が向上しました。
• プロジェクト・インターフェイス内のデータ管理の強化
  • ファイルをサブフォルダに直接インポートすることが可能になりました。
  • ファイルパネルのアクションメニューに「すべてのフォルダを展開／折りたたむ（Expand/Collapse）」コマンドを追加しました。
  • ファイルパネルでファイルを右クリックしたときに表示されるメニューに「ファイルを開く(Open File)」コマンドを追加しました。
  • ダブルクリックでプロジェクト内のPDFが開くようになりました。

• クロマトグラムトレースファイルの表示設定の強化
  • タブウィンドウ内でピークが引き伸ばされないようにデフォルトの高さを調整します。
  • 品質データ上でマウスを動かすとピーク情報を表示します。
  • トレースファイルのシーケンス上でマウスを動かすと、ベースハイライトが表示されるようになりました。
• In-Fusionクローニングのデフォルトを更新し、複数のフラグメントがある場合に20 bpのフラグメントを使用するようにしました。
• アガロースゲルシミュレーションにBioGateラダー（100 bp、100 bp Plus、1 KB）を追加しました。
• アガロースゲルシミュレーション用GeneAll GENESTAラダー（100 bp、250 bp、1 kb）を追加しました。
• アガロースゲルシミュレーション用Hylabsラダー（50bp、100bp、1KB+）を追加しました。
• 共通機能データベースの更新
  • Anderson Constitutiveプロモーターセットを追加しました。
  • 代替Bxb1インテグラーゼおよび関連部位を追加しました。
  • mCyRFP、mScarlet3、StayGold、mStayGold蛍光タンパク質フィーチャーを追加しました。
  • Csy4とヒトU6プロモーター配列を更新しました。
• サンプルプロジェクトにssDNAファイルを追加

SnapGene - What's New in SnapGene

バージョン6.2では、準最適RNA二次構造のサポート、Structureビューのその他の機能強化、Golden Gateアッセンブリー シミュレーションツールとPCRシミュレーション全般の改善、Proteinプロパティでの作業時の柔軟性向上などの機能追加・強化がありました。

新たに追加された機能

• 準最適RNA二次構造機能を追加しました。
• 調整したTm値などを用いてRNAの構造を再計算することができ流ようになりました。
• Structureビューでの配列の表示と選択が可能になりました。
• Structure viewの右上に、ペイン、回転、スケールをリセットするメニューアクションを追加しました。
• Golden Gate Assemblyツールにライゲーションフィデリティマトリックスを追加し、全体的な反応フィデリティを評価できるようになりました。
• Golden Gate Assemblyベクターを、Type IIS酵素だけではなく任意の酵素で切断できるようになりました。
• Golden Gate Assemblyのシミュレーション中に手動で設計したプライマーのオーバーハングの調整が可能になりました。
• すべてのPCRクローニングシミュレーションのハイブリダイゼーション領域の調整が可能になりました。自動プライマー設計を使用する場合、ハイブリダイゼーション領域は自動的に設定され、偶然に5'プライマー延長がテンプレートに部分的にハイブリダイズしたときに雑多な機能がプロダクトに移行しないようにします。
• タンパク質配列全体または選択した領域の特性およびアミノ酸データをコピーまたはエクスポートすることができます。

強化された機能

• 隣接する2つのフラグメントが直接使用されるように設定され、隣接する末端が両方とも5'末端リン酸塩を持たない場合、ゴールデンゲート集合のシミュレーションをチェックし、防止します。
• 低DPIディスプレイにおける多くのアイコンの見栄えを改善
  タンパク質アラインメントの選択バーに選択されたMWを表示するようにしました。
• 5'末端リン酸塩を欠く線状フラグメントをライゲーションする際に表示されるエラーメッセージを改善しました。
• Golden Gate Assemblyダイアログを更新し、推奨酵素に簡単にアクセスできるようになりました。
• FASTA エンコードされた配列を新規ファイル作成ダイアログに貼り付ける際のデフォルトの配列名を改良しました。
• アプリケーション、ファイル、その他様々なアイコンを、シンプルでより分かりやすいアイコンに変更しました。
• ゴールデンゲートクローニングのミニ・オーバービューにおいて、隣接するオーバーハングの相補的塩基を表示するように変更しました。

新たに追加された機能

• サイレント変異によるコーディング配列に酵素サイトを追加するツールを追加しました。
• サイレント変異によるコーディング配列から酵素サイトを削除するツールを追加しました。
• GenBankフィーチャータイプの標準セットに含まれていないカスタムフィーチャータイプに対応しました。
• 標準的なGenbankフィーチャータイプのデフォルトカラーの変更を可能にしました。
• アガロースゲルのシミュレーションを.gelファイルとして保存・読み込みできるようになりました。
• ペアワイズアラインメント内のフィーチャーのサポートを追加しました。
• アラインメント内のフィーチャーを追加、編集、削除できるようになりました。
• ペアワイズおよびマルチプルシーケンスアラインメントの表示時にフィーチャーテーブルを追加しました。
• アラインメントを検索してフィーチャーを見つけることができるようになりました。
• Gibson, InFusion, NEBuilder HiFi Assemblyのシミュレーションツールが強化され、ベクターを反転できるようになりました。
• クローニングシミュレーションツールが強化され、配列の追加、削除、並び替えに対応します。
• 酵素の認識配列に対する切断回数と相対的な位置に基づいて、選択された酵素のセットをフィルタリングするコントロールが含まれています。
• 11種類の制限酵素に対応しました。AgsI、ArsI、BssSI、BsuI、BtsI、HpySE526I、LmnI、LpnPI、Mox20I、PstNI、TseFIの11種類の制限酵素に対応しました。
• デフォルトのCodon Usage Tableを設定できるようになりました。
• DNA Calculationsダイアログに、ng/uLをnMに変換するツールを追加しました。
• DNA Calculationsダイアログに塩基数を追加しました。
  

強化された機能

• "Blocks of 3"シーケンスビューのフォーマットを改良し、ヌクレオチドトリプレットをリーディングフレームに合わせられるようにしました。
• RNA配列のインポートまたは新規作成時にPsiをUに変換するようになりました。
• ペアワイズおよび多重整列を印刷する際に、オプションで配列名を配列と一緒に表示することをサポートします。
• Gatewayクローニング用ベクターpEXP3-DESTとpEXP4-DESTを追加し、pEXP-DEST Vectorsの説明の相互参照を更新しました。
• 32の酵素のコメントを更新しました（複数のサイトを持つことが必須ではないものの、これによって結果的に切断が促進されます）：AarI, AciI, AcuI, AloI, BaeI, BbeI, BfiI, Bpu10I, BsaWI, BsaXI, BsmFI, BsrFI, BveI, Cfr9I, Cfr10I, Cfr42I, CseI、EarI、Eco57I、EcoRII、FaqI、HgaI、HpaII、LweI、Mly113I、PdiI、PpiI、SatI、Sau3AI、SfaNI、SmlI、XmaI
• 編集中のファイルを、他のSnapGeneインスタンスに対して読み取り専用に設定するロック機構を追加しました。ただし、ロック機構は大きなファイルでは使用できず、遅延時間も短いため、ファイルを同時に開いた場合には効果がありません。
• New Protein Fileにコピー＆ペーストしたり、タンパク質配列中の残基を挿入または置換しても、機能やカスタム番号が保持されるようになりました。
• プライマーデータをエクスポートする際に、結合部位を含めることができるようになりました。
• コピーした相補的なプライマーペアをペーストしてアガロースゲルのレーンを構成する機能を追加しました。
• Restriction Cloning中に酵素がブロックされた場合に配列のメチル化を変更する方法の説明を改善しました。
• 曖昧なアミノ酸を表現するための訳語を"？"から "X/Xaa "に変更しました。
• ssDNA配列において、選択した領域のTmを追加しました。
• コマンドラインインターフェースからマップをエクスポートする際に、解像度（ppi）の調整と透過画像の作成に対応しました。

修正箇所

• タイプIISの酵素セットにTaqIIを追加しました。
• 6+ Cutters酵素セットにニッキング酵素を追加しました。
• TaqIIの二次認識配列は切断につながらないため削除しました。
• 酵素BmeT110IおよびBmgT120Iの切断位置を修正しました。
• Restriction Enzymes ウィンドウで以前表示していた酵素に戻る際に、最後に表示していた酵素のバリアントを復元します。
• 大規模な祖先配列のHistoryビューのフィーチャーを省略することで、ファイルサイズを削減し、ロードを高速化しました。
• すべての翻訳可能なフィーチャータイプに対して、次の非標準修飾子のサポートを追加しました：calculated_mol_wt、codon、codon_start、exception、protein_id、transl_except、transl_table、translation
• 非標準の修飾子が、インポートおよびエクスポート時に保持されるようになりました（以前は /note に変換されていました）。
• タンパク質配列中のCDSフィーチャーで、/transl_tableおよび/codon_start修飾子のサポートを追加しました。

修正箇所

• 複数のフィーチャーを選択した場合に、そのフィーチャーが介在すると「Copy Amino Acids」や「Make Protein」が失敗する問題を修正しました。
• macOSで、空のSnapGeneウィンドウが表示され、SnapGeneを再起動しないと閉じることができないことがある問題を修正しました。
• 環境設定で、補助的なチェックボックスを無効にするようにしました。
• 複数のセグメントを持つSite featureのマウスオーバー効果を修正しました。
• protein point feature typeをmisc_feature、unsure、variationに設定できない問題を修正しました。
• 点状フィーチャーを追加する際にタイプを変更すると、色が手動で調整されていない場合、フィーチャーの色が自動的に変更されるようになりました。
• 直鎖状のDNA配列のどちらかの端を共有結合で閉じるように修正した場合、UがTに変換されない問題を修正しました。
• 株式会社ニッポンジーンの酵素のリンクを修正しました。
• 配列調整ツールで追加された未保存のファイルが誤った名前でリストアップされる問題を修正しました。
• アラインメントでランオンの翻訳が表示されないことがある問題を修正しました。
• DNAファイルで最後の塩基までスクロールできるようになりました。
• 一部のタンパク質ファイルでfeaturesタブを開いたときに表示されていた不適切なメチル化メッセージを削除しました。
• Choose Alternative Codons "ツールを使用した際に、プライアンシーが表示されない問題を修正しました。
• アガロースゲルのシミュレーションでレーンをMWマーカー使用に切り替えた際に表示される様々な問題を修正しました。
• タンパク質配列にポイントフィーチャーが追加されない問題を修正しました。
• Mutagenesisツールを使用する際、プロダクト名の指定を必須とするようにしました。
• ヒストリーカラーが表示されている場合、塩基が常に表示されるようにしました。
• シーケンスビューで、隣接する翻訳済みフィーチャーの共有コドンを常に表示するように修正しました。
• Align to Reference DNA sequence（リファレンスDNAシークエンスへのアライン）を修正し、配列の編集を元に戻すと、アラインされた配列が非表示にならないようにしました。
• 環状配列において、数値原点に巻きついたORFを確実に表示するように修正しました。
• Linuxで起動ダイアログが表示されているときに、一部のキーボードショートカットが動作しない問題を修正しました。
• この環境設定がオンになっている場合、デフォルトで説明パネルが正しく表示されるようになりました。
• Choose Alternative Codons(代替コドンを選択)ツールのナビゲーションボタンが正しく有効になるように修正しました。
• Region featureが表示されていない場合に、タンパク質配列のFeatureを検索する際の問題を修正しました。
• Features ビューでタブを切り替えると、修飾子の選択が失われるという問題を修正しました。
• 参照配列へのアラインメントを表示中にアンドゥを使用すると、展開されたアラインメント配列が折りたたまれてしまう問題を修正しました。
• 一部の円形配列を線形化できない問題を修正しました。
• プライマーをインポートする際、ウィンドウ上のチェックボックスの選択が遅れることがあった問題を修正しました。
• Next/Previous Aligned Region ボタンの位置を修正し、原点を越えて次の/前の領域にジャンプできるようにしました。
• Vector NTI Expressのデータベースインポートにおいて、Java 8がサポートされていることを示すダイアログを明確にしました。
• Preferences（環境設定) の Files（ファイル）のデフォルトフォルダが、Open Files(ファイルを開く)で無視される問題を修正しました。
• プライマーペアを選択して新規ファイルを作成する際、デフォルトのドキュメント名にプライマー名が含まれていなかった問題を修正しました。
• NEBuilderツールで50bp以下の間隔でプライマーを使用できない問題を修正しました。
• Import SnapGene Online Sequences ツールを使用する際、検索コントロールをクリアした後に配列リストを更新する際の問題を修正しました。
• NEBuilderツールを使用する際に、ベクターに対して既存の重複しないPCRプライマーを使用できない問題を修正しました。
• Agarose Gel (アガロースゲル)ウィンドウにファイルをドラッグ＆ドロップできない問題を修正しました。
• コレクション内のドキュメントを切り替えたときに、選択した酵素が表示されない問題を修正しました。
• Edit References （リファレンスの編集）ウィンドウで参考文献を削除した後に残る不要な横線を削除しました。
• Edit References （リファレンスの編集）ウィンドウのデフォルトサイズの改善しました。
• 粘着性オーバーハングを持つ選択範囲の長さを表示する際の問題を修正しました。
• トリミングハンドルをドラッグする際の安定性が向上しました。
•  Insert Codon and Choose Alternative Codons (コドンの挿入と選択)ツールを使用した際に、曖昧なコドンを削除しました。