アガロースゲル電気泳動像シミュレーション

このチートリアルでは、制限酵素処理したプラスミドをアガロースゲル電気泳動した場合に、どのようなバンドが出現するかをシミュレーションする方法をご紹介します。

本チュートリアルで使用するデータ（pEGFP）は下記よりダウンロード頂けます。

アガロースゲル電気泳動像をシミュレーション

ツールバーにある「ツール（T）」から「アガロースゲルをシミュレート（S）」をクリックしてください。

「アガロースゲルをシミュレート」ダイアログで、アガロースゲルを作成するシークエンスを選択し、任意のファイル名（ここでは、"pEGFP.gel"）を入力して OKボタンをクリックするとpEGFP.gel ファイルが開きます。

左上の泳動ゾーンで、泳動レーンの数やアガロース濃度の設定を行います。デフォルトは、10レーンで1.0%アガロースゲルとなっています。泳動ゾーンの下にある画面で、各レーンのコンテンツと決めることができます。デフォルトでは、サイズマーカーと開いているプラスミドのスーパーコイル型がコンテンツとして記載されています。

それでは実験系をシミュレーションしてみましょう。 左上の泳動ゾーンでレーン2 ¹ をクリックし、表示されたドロップダウンメニューから pEGFP ² を選びます。

プラスミド画面が開いたら、マップ上の任意の制限酵素をクリックしましょう。例えば、 “AgeI ³ ” をクリックすると、制限酵素欄に “Age I” が入力され、それらの制限酵素で処理した場合の泳動パターンが表示されます。

Ctrl（）/ shift（）を押しながら別の制限酵素をクリックすると、選択した制限酵素がリストに追加され、それらで処理した場合の泳動パターンが表示されます。

制限酵素の選択はドロップダウンリストから行うこともできます。

制限酵素を選んだ後に表示されるサイズを選択する¹ と、泳動パターンのバンドがハイライト² されます。さらに、プラスミドマップ上もハイライトされるので、どの領域に相当するのかも確認できます。