アガロースゲル電気泳動像シミュレーション
このチートリアルでは、制限酵素処理したプラスミドをアガロースゲル電気泳動した場合に、どのようなバンドが出現するかをシミュレーションする方法をご紹介します。
本チュートリアルで使用するデータ(pEGFP)は下記よりダウンロード頂けます。
アガロースゲル電気泳動像をシミュレーション
ツールバーにある「ツール(T)」から「アガロースゲルをシミュレート(S)」をクリックしてください。
「アガロースゲルをシミュレート」ダイアログで、アガロースゲルを作成するシークエンスを選択し、任意のファイル名(ここでは、"pEGFP.gel")を入力して OKボタンをクリックするとpEGFP.gel ファイルが開きます。
左上の泳動ゾーンで、泳動レーンの数やアガロース濃度の設定を行います。デフォルトは、10レーンで1.0%アガロースゲルとなっています。泳動ゾーンの下にある画面で、各レーンのコンテンツと決めることができます。デフォルトでは、サイズマーカーと開いているプラスミドのスーパーコイル型がコンテンツとして記載されています。
それでは実験系をシミュレーションしてみましょう。 左上の泳動ゾーンでレーン2 1 をクリックし、表示されたドロップダウンメニューから pEGFP 2 を選びます。
プラスミド画面が開いたら、マップ上の任意の制限酵素をクリックしましょう。例えば、 “AgeI 3 ” をクリックすると、制限酵素欄に “Age I” が入力され、それらの制限酵素で処理した場合の泳動パターンが表示されます。
Ctrl()/ shift()を押しながら別の制限酵素をクリックすると、選択した制限酵素がリストに追加され、それらで処理した場合の泳動パターンが表示されます。
制限酵素の選択はドロップダウンリストから行うこともできます。
制限酵素を選んだ後に表示されるサイズを選択する1 と、泳動パターンのバンドがハイライト2 されます。さらに、プラスミドマップ上もハイライトされるので、どの領域に相当するのかも確認できます。
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