SnapGene
SnapGeneラーニング:ペアワイズアライメント
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

DNA/RNA配列のペアワイズアライメント

SnapGeneペアワイズアライメントツールは、Parasailを使って2つのDNAやRNAの配列を比較します。Parasailは、ローカルアライメント(Smith-Waterman)、グローバルアライメント(Needlman-Wunsch)、セミグローバルアライメントの3つのアライメント方法を提供しています。

ペアワイズアライメントツールには、塩基配列が適切な向きになるようにチェックしたり自動的に反転させる機能はありません。各配列を調べて向きを確認し、必要であれば配列を反転させてからアライメントを実行する必要があることに注意して下さい。

このチュートリアルでは、SnapGeneを使ってペアワイズアライメントを行う方法を紹介します。

1. 配列を準備する

このチュートリアルでは、ピグミーチンパンジーの配列とオリジナルの配列を編集した配列を使って、ペアワイズアライメントについて学びます。チュートリアルで使用する配列は下記よりダウンロード頂けます。

pygmy chimpanzee.txt
pygmy chimpanzee_mutated_3.txt

2. ペアワイズアライメントの実行

SnapGeneを起動して、ツールバーの「ツール」から 「シークエンスを整列」 →「 2 DNAシークエンスを整列」 を選択します。

SnapGeneペアワイズアライメント_シークエンスを整列

ボックスに比較する2つの配列を取り込み、各配列の名前を入力します。

配列を取り込むには、シークエンス入力ボックスに配列をペーストするか、ファイルをドラッグ&ドロップします。または、「DNAシークエンスファイルを選択する」のドロップダウンメニューで、「ブラウズ」をクリックして対象ファイルを選択して下さい。

SnapGeneペアワイズアライメント_2つのDNAシークエンスを整列

使用するアライメントの種類(アルゴリズム)を選択後、アライメントファイル名をつけて「整列」ボタンをクリックします。

SnapGeneペアワイズアライメント_2つのDNAシークエンスを整列_アルゴリズムの選択

アライメントのパラメーターを設定する場合は、「設定」ボタンをクリックします。このチュートリアルでは、SnapGeneのデフォルト設定を利用します。

SnapGeneペアワイズアライメント_ローカルアライメント(Smith-Waterman)設定

2つの配列がアライメントされ、ギャップペナルティ、同一性、ギャップ数などアライメントの情報がサイドパネルに表示されます。「説明」のフィールドにアライメントに関するコメントやメモを残すことが可能です。

SnapGeneペアワイズアライメント_local alignment (Smith-Waterman)

アライメントの種類を変更するには上部のドロップダウンリストから行います。

SnapGeneペアワイズアライメント_アライメントの選択

アライメントの表示形式をフォーマットから変更することができます。

SnapGeneペアワイズアライメント_アライメントの表示形式の変更

アライメントを保存する場合は、保存ボタンをクリックをクリック、または。保存ショートカットキー Ctrl+ S ()/command + S ()を利用します。DNA/RNAアライメントファイルは、拡張子を .dalin として保存されます。

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