Geneious
Geneious Prime ラーニング
Geneious Prime トライアル版

ステップ・バイ・ステップガイド

Geneiousステップ・バイ・ステップガイドは、エムデーエフが提供する Geneiousユーザーページにアクセス頂き、ご利用いただくオンラインによるガイド(日本語)です。こちらよりガイドの目次をご覧いただけますのでご参照下さい:Geneiousステップ・バイ・ステップガイド目次

Geneious 基本操作 [1] :ファイル検索とインポート

このチュートリアルでは、Geneious Prime の画面構成、ソースパネルの機能を学びます。新規ファイルの取り込み、フォルダシステムの整理、NCBIデータベースにアクセスして配列ファイルの検索およびインポートを学びます。

Geneious Prime_シークエンスファイル

Geneious 基本操作 [2] :プラスミドマップ作成機能

このチュートリアルでは、サンプルとして用意されているプラスミドマップを使用し、 マップのカスタマイズ、アノテーションなどの画面表示の変更など、Geneiousのプラスミドマップ作成機能を学びます。

Geneious Prime_プラスミドマップ作成機能

シークエンスアラインメントの作成

このチュートリアルでは、シークエンスアライメントの作成を紹介しています。

データを実際に使って、後天性免疫不全症候群(AIDS)の原因であるヒト免疫不全ウイルス(HIV)と類人猿の免疫不全ウイルス(SIV)の配列アライメントを作成していきます。

Geneious Prime_シークエンスアライメントの作成

系統樹の作成

このチュートリアルでは、系統樹を構築する方法や、系統樹の表示・操作方法を紹介しています。

データを実際に使って、Tamura-Nei モデルと Neighbour-Joining 法を用いて系統樹の構築を実施していきます。

Geneious Prime_系統樹の作成

Geneious Prime Tutorials

Biomatters社の Geneious Prime Tutorials には、Geneious Prime の機能を学習できるチュートリアル(英語)が実際のデータと共に用意されています。ここでは、Pairwise Alignment Tutorial の一部を抜粋して紹介しています。Geneious Prims Tutorialsはこちらをご参照下さい:https://www.geneious.com/tutorials

このチュートリアルでは、実際のデータを利用して、ピグミーチンパンジーのシークエンスとオリジナルの配列を編集したシークエンスを使って、ドットプロット(ドットマトリックス)とペアワイズアライメントについて学びます。

Geneious Primeラーニング_ペアワイズアライメント

Resources

www.geneious.com/learn/

Geneiousの開発元であるBiomatters社のウェブサイトには、チュートリアルビデオやプラグインなど様々なリソースが用意されています。

Getting Started

スタートアップガイド | 動画

Geneious Primeの操作方法を説明した動画をご覧頂けます。「データのインポート方法」「配列のアライメント」「プライマーの作成」「制限酵素サイトの探索と解析」など、基本操作を紹介しています。

Learn Geneious Prime

ユーザーガイド | 動画

Geneious Primeの操作方法を説明した動画をご覧頂けます。「系統樹の作成」「BLAST検索」「De Novoアセンブリ」「RNA-Seq データを使った発現解析」など、動画を通して学ぶことができます。

Geneious Prime Plugins

Geneious Primeプラグイン

アセンブリ、アライメント、系統樹など Geneious Primeの機能を拡張するプラグインが用意されています。Geneious プラグイン開発キット(PDK)や Geneious Prime API を活用して独自のプラグインやワークフローを作成することが可能です。

Geneious Prime Tutorial

Geneious Prime チュートリアル

オンラインチュートリアル Geneious Prime Tutorials では、実際の実験データを使って Geneious Primeの機能・特徴を学ぶことができます。チュートリアルで使用されるシーケンスデータもダウンロードでき、実際に操作しながら学習できます。