Geneious Prime FAQ

購入や注文方法に関するお問い合わせは、購入に関するFAQをご参照下さい。

エディション

Geneious Primeのアカデミック版対象について知りたいのですが。

アカデミック対象ユーザは下記の通りです。

1. 大学、高専、高校等教育機関
2. 文部科学省が認定している医療機関（大学付属病院）　
3. 国立研究開発法人、独立行政法人、大学共同利用機関法人、公益財団法人、地方公営企業（地方公共団体が経営する企業）
4. 特定非営利活動法人などのNPO団体

Geneious Primeの一般・アカデミック版は機能的に違うのですか？

一般・アカデミック版に機能的な違いはありません。価格のみが異なります。

産学官連携のパートナーとして大学と共同研究を行っておりますが、Geneious Primeアカデミック版は購入できますか？

パーソナルライセンスの場合：民間企業の場合はアカデミック版の対象とはならず、一般向け価格が適用されます。実際に使用されるユーザーが教育機関と兼任している場合はアカデミック版の対象となります。

グループライセンスの場合：Geneiousを使用する機関・団体（請求先情報）がアカデミック版対象の判断基準となります。使用者に教育機関に所属される方を含む場合でも、使用する場所が民間企業の場合は一般向け価格となります。

Geneious Primeアカデミック版の購入に必要なものは何ですか？

アカデミック版をご購入頂く場合、所属する団体名とE-mailアドレスにてアカデミック版対象か判断します。アカデミック版の対象となるメールアドレスは、アカデミック版対象機関のドメイン(.ac、.govなど）である必要があります。

大学を卒業したら、アカデミック版は使用できなくなりますか？

ライセンスが有効であれば継続してご利用頂けますが、ライセンス更新時に教育機関発行のEメールアドレスメールアドレスをご提示いただく必要があります。 客員教授／研究員として大学に在籍されているものの、教育機関からのe-mailアドレスが発行されていない場合は、在籍・在職を証明する書類のコピーを提出下さい。

Geneious学生版はありますか？

学生を対象としたライセンス(Student Personal)につきましては、弊社では販売はしておりません。

Student Personalの購入は開発元であるBiomatters, Ltd.に直接ご注文下さいますようお願い致します。

Geneiousを以前のバージョンにダウングレードすることは可能ですか？

アップグレードしたGeneiousを、以前のバージョンにダウングレードするには、現在インストールされているGeneiousをアンインストール後、以前のバージョンをインストールします。

旧バージョンのインストーラは下記よりダウンロード頂けます。

https://www.geneious.com/previous-versions

ご注意ください

Geneiousのデータは通常、Geneiousがインストールされている場所とは別の場所に保存されています。Geneiousをアンインストールしてもデータは削除されませんが、アンインストールする際は、Geneiousのバックアップ機能を使ってデータベースのバックアップを作成しておくことをお勧めします。

Note:

Geneiousが自動的に旧バージョンのデータベースを選択しない場合は、手動で該当するフォルダを指定します。手動でフォルダを指定する方法は、「データベースフォルダの場所を変更した場合、どのようにフォルダの場所を指定しますか」をご参照下さい。

参照:Geneious FAQ: Downgrading to an earlier version of Geneious

インストール

Geneiousのインストール方法について

1. 下記ページよりインストーラをダウンロードし、インストールを開始します。

Geneious
https://www.geneious.com/download

Geneious ダウンロードページ

2. インストールが完了し、Geneiousを起動するとWelcome to Geneious Primeダイアログが表示されます。Geneious Prime がデータを保存するフォルダ（データベースフォルダ）を指定し、Activate a Licenseボタンをクリックします。

Note:

データベースフォルダの場所はインストール後に変更することも可能です。

3. Enter your License DetailsダイアログにEメールアドレスとライセンスキーを入力し、OKボタンをクリックします。

FLEXnetをインストールする必要がありますか？

Geneious Prime 2022.1.1より、FLEXnet のインストールは不要となりました。

2022.1.1以前のバージョン：

Geneiousをアクティベートするには、FLEXnet（ライセンス管理プログラム）がインストールされている必要があります。 通常は、Geneiousインストール時にインストールされます。Geneiousインストール時にFLEXnetがインストールされない場合は、Helpメニュー → Install FLEXnet を選択してFLEXnetを実行してください（FLEXnetの実行が必要な場合は、Geneiousの画面に表示されます）。

参照:Geneious FAQ: Do I need to install FLEXnet?

Geneiousは何台のコンピューターにインストールできますか？

パーソナルライセンス

1つのライセンスにつき、登録されたユーザーが所有するコンピューター2台にインストールすることができます。

• 同時に起動することはできません。
• パーソナルライセンスは登録された個人のみが利用でき、同じライセンスキーを使用して、第三者が利用することはできません。
• 1ライセンスにつき、年に2度アクティベーション解除（ライセンスリリース）が可能です。

---

Note:

License Agreemen 3.1 Personal License: A Personal License entitles a single Authorized User to install and use the Software on up to two (2) computers running any of the supported operating systems, provided that only one copy of the Software is running at any given time and that the same License Key is not used by anyone other than the Authorized User.

グループライセンス

1つのライセンスにつき、購入頂いたシート数分をコンピューターにインストールしてご利用いただけます。

• 同時に起動することができます。
• フローティングライセンスとは異なりますのでご注意ください（購入頂いたシート数以上をインストールすることはできません。）
• リモートからアクセスして使用はできません。
• 年にシート数分のアクティベーション解除（ライセンスリリース）が可能です。

---

Note:

License Agreemen 3.2 Group License: A Group License permits the Licensee to install and use the Software on the number of computers authorized and specified under the Group License Key. The Software may not be accessed remotely.

ライセンスキーはどのように確認しますか？

ライセンスキーは納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account page (https://manage.geneious.com/auth/login)よりご確認頂けます。

ライセンスのリリース（ライセンス解放）はどのように行いますか？

Geneiousを使用する予定がなくなった場合は、使用を停止するコンピューターからライセンスをリリースする必要があります。ライセンスのリリースは、Helpメニューの Release License(s)から行います。

ご注意ください

• マシンからGeneiousをアンインストールしても、ライセンスはリリースされませんのでご注意ください。
• 一定期間に利用可能なリリースの数は限られています。ライセンスのリリースは必要な場合のみ行って下さい。

パーソナルライセンス

1ライセンスにつき、年に2度アクティベーション解除（ライセンスリリース）が可能です。

グループライセンス

年にシート数分のアクティベーション解除（ライセンスリリース）が可能です。

ハードディスクの故障などによりライセンスのリリースを実施できない場合

My Account ページの Activation タブより、該当するコンピューターのアクティベーション解除を行って下さい。

Activation タブが表示されない場合は、開発元であるBiomatters Ltd.社に依頼する必要があります（使用言語：英語）。エムデーエフよりご購入頂いたユーザーであれば、弊社の日本語によるサポートをご利用頂けます。ライセンスキーを明記の上テクニカルサポートまでお問い合わせ下さい。

ファイル

Geneiousに対応しているファイルのフォーマットはどのようなものがありますか？

Geneiousでインポート可能なファイル形式は以下の通りです。

Format	Extensions	Data Types	Common Sources
BED	*.bed	Annotations	UCSC
Common Assembly Format	*.caf	Contigs	Sequencher
Clone Manager	*.cm5	Nucleotide sequences	Clone Manager
Clustal	*.aln	Alignments	ClustalX
CS FASTA	*.csfasta	Color space	FASTA ABI SOLiD
DNAStar	*.seq, *.pro	Nucleotide & protein sequences	DNAStar
DNA Strider	*.str	Sequences	DNA Strider
Embl/UniProt	*.embl, *.swp	Sequences	Embl, UniProt
Endnote (8.0) XML	*.xml	Journal article references	Endnote, Journal article websites
FASTA	*.fasta, *.fas, etc.	Sequences, alignments	PAUP*, ClustalX, BLAST, FASTA
FASTQ	*.fastq, *.fasq	Sequences with quality	Solexa/Illumina
GCG	*.seq	Sequences	GCG,
GCG codon usage table	*.cod	Codon usage table	GCG CodonFrequency tool
GenBank	*.gb, *.xml	Nucleotide & protein sequences	GenBank
Geneious	*.xml, *.geneious	Preferences, databases	Geneious
Geneious Education	*.tutorial.zip	Tutorial, assignment etc.	Geneious
GFF, GFF3, GTF	*.gff, *.gff3, *.gtf	Annotations	NCBI, Ensembl and other genome browser
MEGA	*.meg	Alignments	MEGA
Molecular structure	*.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml, *.gpr, *.hin, *.nwo	3D molecular structures	3D structure databases and programs
Newick	*.tre, *.tree, etc.	Phylogenetic trees	PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX
Nexus	*.nxs, *.nex	Trees, Alignments	PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade
PDB	*.pdb	3D Protein structures	SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank
PDF	*.pdf	Documents, presentations	Adobe Writer, LATEX, Miktex
Phrap ACE	*.ace	Contig assemblies	Phrap/Consed
PileUp	*.msf	Alignments pileup	(gcg)
PIR/NBRF	*.pir	Sequences, alignments	NBRF PIR
Qual	*.qual	Quality file	Associated with a FASTA file
Raw sequence text	*.seq	Sequences	Any file that contains only a sequence
Rich Sequence Format	*.rsf	Sequences, alignments	GCGs NetFetch
Comma/Tab Separated Values	*.csv, *.tsv	Spreadsheet files	Microsoft Excel
SAM/BAM	*.sam, *.bam	Contigs	SAMtools
Sequence Chromatograms	*.ab1, *.scf	Raw sequencing trace & sequence	Sequencing machines
SnapGene	*.dna, *.prot	Sequences, annotations, metadata	Geneious
Test/html	*.txt, *.rtf, *.html	Any text	Simple text editors
Variant Call Format	*.vcf	Variant calls/SNPs	Variant callers and databases
Vector NTI sequence	*.gb, *.gp	Nucleotide & protein sequences	Vector NTI
Vector NTI/AlignX alignment	*.apr	Alignments	Vector NTI, AlignX
Vector NTI Archive	*.ma4, *.pa4, *.oa4, *.ea4, *.ca6	Nucleotide & protein sequences, enzyme sets and publications	Vector NTI
Vector NTI/ContigExpress	*.cep	Nucleotide sequence assemblies	Vector NTI
Vector NTI database	VNTI Database	Nucleotide & protein sequences, enzyme sets and publications	Vector NTI

Geneiousでエクスポート可能なファイル形式は以下の通りです。

Data Type	Format
DNA sequence	FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Amino acid sequence	FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious
Chromatogram sequence	ABI, Geneious
Sequence with quality	FastQ, Qual, Geneious
Annotation	GFF, BED, VCF, Geneious
Multiple sequence alignment	Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA3, Geneious
Assembly	Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM, Geneious
Phylogenetic tree	Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA3, Geneious
PDF document	PDF, Geneious
Publication	EndNote 8.0, Geneious
Graphs	CSV or WIG, or images

参照: Import and Export Sequence Data

サブスクリプションライセンスの更新をしない場合、ファイルは開けなくなりますか？

サブスクリプションライセンスの有効期限が切れた場合、Geneiousは制限付きモードとなります。 制限付きモードで利用できる機能は、自身が作成したデータの閲覧、インポート及びエクスポートのみとなります。

操作方法

データベースフォルダとは何ですか？

データベースフォルダには、Geneious のデータや設定内容がすべて保存されています。

データのバックアップもデータベースフォルダが利用されます。

Note:

データベースフォルダの場所は Preferences の General タブにある Data Strage Location: で確認できます。

データベースフォルダの場所を変更した場合、どのようにフォルダの場所を指定しますか？

データベースフォルダの場所の指定は、Preferences ダイアログの General タブから行います。

メニューバーの Tools から Preferences を選択し、Preferences ダイアログを開きます。

General タブの Data Strage Location: のフィールドに該当するデータベースフォルダのパスを入力するか、Browse ボタンを使用してフォルダを指定します。

フォルダの場所を指定したら、OKボタンをクリックします。

RNA-Seqデータに対応していますか？

Geneious RNA assemblerを使用して、RNA-seqリードをゲノム参照配列にマッピングすることができます。 このアセンブラは、新規のイントロンを発見し、リードの末端をこれらの新規のイントロンの周辺に正しくマッピングし、参照配列上のCDS、mRNA、junctionアノテーションを介してリードをイントロンにマッピングすることも可能です。また、RNA-seqマッピングツールのTophatプラグインが用意されています。

トランスクリプトームのde-novoアセンブリには、de-novoアセンブリのオプションで利用できるSPAdesの使用をお勧めします。 これをRNAモードで実行するには、データソースとしてRNAを選択します。 SpadesRNAの詳細については、こちらの論文：rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data(Oxford University Press サイトに移動します）を参照してください。 Geneiousアセンブラーをde novoトランスクリプトームアセンブリーに使用することはお勧めしません。

Geneious R8以降から、デジタル遺伝子発現解析のためのツールが含まれています。個々のサンプルの参照マッピングに対して、正規化された発現指標であるTPM値、RPKM値、FPKM値を計算したり、2つのサンプル間で値を比較して、異なる発現遺伝子を見つけることができます。

個々のサンプルのTPM値、RPKM値、FPKM値を計算するには、リファレンスアセンブリを選択し、「Annotate and Predict」メニューの「Calculate Expression Levels」に進みます。結果は、ヒートマップアノテーショントラックとしてリファレンスシークエンス上に表示されます。

2つのサンプルコンディション間の発現量を比較するには、Geneiousの発現解析ツールを使用するか、各コンディションに複製がある場合は、GeneiousのDESeq2の実装を使用します。 これらのオプションは、「Annotate and Predict」メニューの「Compare Expression Levels」で利用できます。 2つのサンプルを比較するには、まず各サンプルレプリケート（同一の参照配列である必要があります）のリファレンスアセンブリでCalculate Expression Levelsを実行し、Saveをクリックして結果トラックを参照配列ドキュメントに適用します。次に、リファレンスシークエンスを選択して、「Compare Expression Levels」を実行します。

参照:Geneious FAQ: Can Geneious Prime handle RNA-Seq data?

プラグインはどこにインストールするのですか？

Geneious Primeには、さまざまなプラグインが用意されています。これらのプラグインは追加機能を提供するもので、Pluginメニュー（Tools→Plugins）からインストールすることができます。

インストールされたプラグインの場所は、そのプラグインの機能によって異なります。 例えば、ツリービルダー用のプラグイン（Phyml、Paup*、MrBayesなど）は「Tree」メニューのオプションとして表示され、GenBank送信用のプラグインは「Tools」メニュー（「Tools」→「Submit to GenBank」）から利用できます。 その他のプラグインは、特定のドキュメントタイプに関連付けられており、そのタイプのファイルを開いたときに機能が表示されます。 例えば、マイクロサテライトの機能は、Geneiousでマイクロサテライトのドキュメントを開いたときに表示されます。

参照:Geneious FAQ: License Activation error: Activation library initialization failed