Geneious Prime FAQ
購入や注文方法に関するお問い合わせは、購入に関するFAQをご参照下さい。
一般
- Geneious Primeのシステム条件はどのようになっていますか?
-
各OSシステム条件
Windows 7 以降 (64bitのみに対応)
macOS 10.8 以降
Red Hat (CentOSを含む) Linux 6 以降
Ubuntu Desktop LTS (18.04 & 20.04)
HD空き容量 各OS共通
プロセッサ:x86 64-bit
メモリ容量:2 GB 以上
HD空き容量:2 GB 以上
ディスプレイ: 1024 x 768以上
- Geneious Primeはオフラインでの使用可能ですか? 使用する際は常時インターネットに接続されている必要がありますか?
-
Geneious はインストールまたはアップデートを行う際にアクティベートを行う際にインストールに接続されている必要があります。インストール後はオフラインでも利用は可能ですが、NCBIデータベースなどにアクセスする場合はインターネットに接続されている必要があります。
- Geneious Primeのトライアル版はありますか?
-
Geneious Primeトライアル版はBiomatters社のウェブサイトよりダウンロード頂けます。
https://www.geneious.com/free-trial/
機能制限なく14日間ご利用頂けます。
- 日本語によるユーザーサポートの提供はありますか?
-
弊社より Geneious Prime をご購入頂いたお客様であれば、日本語によるインストールやアクティベーション解除に関するサポート(無償)を、ライセンスが有効な限り何度でもご利用いただけます。
ご質問は開発元である Biomatters社への照会を要する場合がございますので、ご回答まで1〜2営業日ほどお時間を頂きますことご了承ください。
サポートはGeneious サポートフォームよりお申し込みください。
また、
サポート対象外
操作や機能、結果解釈に関しましては、サポート対象外となります。
開発元である Biomatters社に直接お問い合わせ下さいますようお願い致します(対応言語:英語)。
お問い合せ先:
Geneious - Submit a request弊社よりご購入頂いたお客様であれば、ユーザーページより弊社オリジナルのステップ・バイ・ステップガイドをご利用頂けます。
- Geneious Primeステップ・バイ・ステップガイドとはどのようなものですか?
-
Geneious Primeステップ・バイ・ステップガイドは、開発元の提供するチュートリアルをベースに、弊社で作成したオリジナルガイドです。専用ページにアクセスして閲覧頂くオンラインによるガイドとなります(PDF による提供はありません)。下記ページよりガイドの目次をご覧いただけますのでご参照下さい。
- Geneious Primeのカタログはありますか?
-
Geneiousのデジタルパンフレットを下記よりダウンロード頂けます。
エディション
- Geneious Primeのアカデミック版対象について知りたいのですが。
-
アカデミック対象ユーザは下記の通りです。
1. 大学、高専、高校等教育機関
2. 文部科学省が認定している医療機関(大学付属病院)
3. 国立研究開発法人、独立行政法人、大学共同利用機関法人、公益財団法人、地方公営企業(地方公共団体が経営する企業)
4. 特定非営利活動法人などのNPO団体 - Geneious Primeの一般・アカデミック版は機能的に違うのですか?
-
一般・アカデミック版に機能的な違いはありません。価格のみが異なります。
- 産学官連携のパートナーとして大学と共同研究を行っておりますが、Geneious Primeアカデミック版は購入できますか?
-
パーソナルライセンスの場合:民間企業の場合はアカデミック版の対象とはならず、一般向け価格が適用されます。実際に使用されるユーザーが教育機関と兼任している場合はアカデミック版の対象となります。
グループライセンスの場合:Geneiousを使用する機関・団体(請求先情報)がアカデミック版対象の判断基準となります。使用者に教育機関に所属される方を含む場合でも、使用する場所が民間企業の場合は一般向け価格となります。
- Geneious Primeアカデミック版の購入に必要なものは何ですか?
-
アカデミック版をご購入頂く場合、所属する団体名とE-mailアドレスにてアカデミック版対象か判断します。アカデミック版の対象となるメールアドレスは、アカデミック版対象機関のドメイン(.ac、.govなど)である必要があります。
- 大学を卒業したら、アカデミック版は使用できなくなりますか?
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ライセンスが有効であれば継続してご利用頂けますが、ライセンス更新時に教育機関発行のEメールアドレスメールアドレスをご提示いただく必要があります。 客員教授/研究員として大学に在籍されているものの、教育機関からのe-mailアドレスが発行されていない場合は、在籍・在職を証明する書類のコピーを提出下さい。
- Geneious学生版はありますか?
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学生を対象としたライセンス(Student Personal)につきましては、弊社では販売はしておりません。
Student Personalの購入は開発元であるBiomatters, Ltd.に直接ご注文下さいますようお願い致します。
- Geneiousを以前のバージョンにダウングレードすることは可能ですか?
-
アップグレードしたGeneiousを、以前のバージョンにダウングレードするには、現在インストールされているGeneiousをアンインストール後、以前のバージョンをインストールします。
旧バージョンのインストーラは下記よりダウンロード頂けます。
https://www.geneious.com/previous-versions
ご注意くださいGeneiousのデータは通常、Geneiousがインストールされている場所とは別の場所に保存されています。Geneiousをアンインストールしてもデータは削除されませんが、アンインストールする際は、Geneiousのバックアップ機能を使ってデータベースのバックアップを作成しておくことをお勧めします。
Note:Geneiousが自動的に旧バージョンのデータベースを選択しない場合は、手動で該当するフォルダを指定します。手動でフォルダを指定する方法は、「データベースフォルダの場所を変更した場合、どのようにフォルダの場所を指定しますか」をご参照下さい。
参照:Geneious FAQ: Downgrading to an earlier version of Geneious
ライセンス
Geneiousの License Agreement は、下記 Biomatters社のウェブサイトよりご覧いただけます。
http://assets.geneious.com/legal/eula.html
- パーソナルライセンスとグループライセンスの違いは何ですか?
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パーソナルライセンス
パーソナルライセンスは、個人での利用に限定され、ユーザーごとに個別のライセンス(ライセンスキー)が必要となります。
2台コンピューターにインストールしてご利用いただけますが、同時に起動できるのは1台のみです。
登録ユーザー以外、第三者が利用することはできません。
グループライセンス
グループライセンスは、複数のユーザーがそれぞれのコンピューターでGeneiousを使用することが可能です。
1つのライセンスキーにつき、購入頂いたシート数分をコンピューターにインストールしてご利用いただけます。
ネットワーク接続によるリモートアクセスはできません。
- Geneiousは何台のコンピューターにインストールできますか?
-
パーソナルライセンス
1つのライセンスにつき、登録されたユーザーが所有するコンピューター2台にインストールすることができます。
- ライセンス有効期間中(1年毎)に2度コンピューターの変更が可能です。
- 同時に起動することはできません。
- パーソナルライセンスは登録された個人のみが利用でき、同じライセンスキーを使用して、第三者が利用することはできません。
Note:License Agreemen 3.1 Personal License: A Personal License entitles a single Authorized User to install and use the Software on up to two (2) computers running any of the supported operating systems, provided that only one copy of the Software is running at any given time and that the same License Key is not used by anyone other than the Authorized User.グループライセンス
1つのライセンスにつき、購入頂いたシート数分をコンピューターにインストールしてご利用いただけます。
- ライセンス有効期間中(1年毎)に1シート数につき1回コンピューターの変更が可能です。
- 同時に起動することができます。
- フローティングライセンスとは異なりますのでご注意ください(購入頂いたシート数以上をインストールすることはできません。)
- リモートからアクセスして使用はできません。
Note:License Agreemen 3.2 Group License: A Group License permits the Licensee to install and use the Software on the number of computers authorized and specified under the Group License Key. The Software may not be accessed remotely. - ライセンスの更新はどのように行いますか?
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Geneiousのサブスクリプションライセンスは自動更新ではないため、製品を継続してご利用になられる場合は1年毎に更新頂く必要があります。
継続利用(更新)を希望される場合は、ご注文の際に Geneious Prime のライセンスキーを入力下さい。
Geneious Prime 更新版 注文方法
更新版のご注文は有効期限の 60 日前より承っております。
Geneious Prime 価格ページより該当する商品の「購入」ボタンをクリックすると、オンラインショップの該当ページに移動します。新規/更新とも同一価格、同じ商品コードと商品名になります。
オンラインショップの「送付先の入力」の注文備考で登録コードを入力ください
My Accountページから更新することも可能ですが、その場合は開発元から直接の購入ということになり、弊社のサポート対象外となりますのでご注意下さい。
- 永続ライセンス(買切タイプ)の提供はありますか?
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Geneiousに永続ライセンスの提供はありません。すべて年次更新型のサブスクリプションライセンスとなります。
- 同時起動型のライセンス(フローティングライセンス)の提供はありますか?
-
弊社ではフローティングライセンスの販売は行なっておりません。開発元であるBiomatters, Ltd.にお問い合わせ下さいますようお願い致します。
- 別のコンピューターにインストールしたいのですが、新規にライセンスの購入が必要ですか?
-
ライセンスをリリース(ライセンス解放)することでで、別のコンピューターにインストールして使用することができます。新たにライセンスを購入する必要はありません。
一定期間に利用可能なリリースの数は限られており、度重なるライセンスのリリースは、ユーザーが個人的なライセンスを他の人と共有しようとしていると認識される可能性があります。ライセンスのリリースは必要な場合のみ行って下さい。
パーソナルライセンス
ライセンス有効期間中(1年毎)に2度コンピューターの変更が可能です。
グループライセンス
ライセンス有効期間中(1年毎)に、購入したシート数分になります。
- ライセンスキーはどのように確認しますか?
-
ライセンスキーは納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account page (https://manage.geneious.com/auth/login)よりご確認頂けます。
- ライセンスのリリース(ライセンス解除)はどのように行いますか?
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Geneiousを使用する予定がなくなった場合は、使用を停止するコンピューターからライセンスをリリースする必要があります。ライセンスのリリースは、Helpメニューの Release License(s)から行います。
ご注意ください
- マシンからGeneiousをアンインストールしても、ライセンスはリリースされませんのでご注意ください。
- 一定期間に利用可能なリリースの数は限られており、度重なるライセンスのリリースは、ユーザーが個人的なライセンスを他の人と共有しようとしていると認識される可能性があります。ライセンスのリリースは必要な場合のみ行って下さい。
ハードディスクの故障などによりライセンスのリリースを実施できない場合
Geneiousを起動してライセンスのリリースができない場合は、開発元であるBiomatters Ltd.社に依頼する必要があります(使用言語:英語)。エムデーエフよりご購入頂いたユーザーであれば、弊社の日本語によるサポートをご利用頂けます。ライセンスキーを明記の上テクニカルサポートまでお問い合わせ下さい。
- 複数のシート数を所有していますが、1つのライセンスで異なるOSにインストールして利用できますか?
-
1つのライセンスで異なるOS(Win、Mac、Linux) にインストールしてご利用いただけます。 各OSのシステム条件は、 システム条件はどのようになっていますか?をご参照下さい。
参照:Geneious FAQ: Can I use my Geneious license on different operating systems? - ライセンスの有効期限はどのように確認しますか?
-
ライセンスの有効期限は My Account ページから確認できるほか、About Geneious Primeダイアログから確認することが可能です。
1. メニューバーの 「Geneious Prime」 から、「About Geneious Prime」 を選択します。
2. 有効期限は expires - 日 月 年 で表示されます。
インストール
- Geneiousのインストール方法について
-
1. 下記ページよりインストーラをダウンロードし、インストールを開始します。
Geneious
https://www.geneious.com/download2. インストールが完了し、Geneiousを起動するとWelcome to Geneious Primeダイアログが表示されます。Geneious Prime がデータを保存するフォルダ(データベースフォルダ)を指定し、Activate a Licenseボタンをクリックします。
Note:
データベースフォルダの場所はインストール後に変更することも可能です。
3. Enter your License DetailsダイアログにEメールアドレスとライセンスキーを入力し、OKボタンをクリックします。
- FLEXnetをインストールする必要がありますか?
-
Geneious Prime 2022.1.1より、FLEXnet のインストールは不要となりました。
2022.1.1以前のバージョン:
Geneiousをアクティベートするには、FLEXnet(ライセンス管理プログラム)がインストールされている必要があります。 通常は、Geneiousインストール時にインストールされます。Geneiousインストール時にFLEXnetがインストールされない場合は、Helpメニュー → Install FLEXnet を選択してFLEXnetを実行してください(FLEXnetの実行が必要な場合は、Geneiousの画面に表示されます)。
参照:Geneious FAQ: Do I need to install FLEXnet?
- Geneiousは何台のコンピューターにインストールできますか?
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パーソナルライセンス
1つのライセンスにつき、登録されたユーザーが所有するコンピューター2台にインストールすることができます。
- 同時に起動することはできません。
- パーソナルライセンスは登録された個人のみが利用でき、同じライセンスキーを使用して、第三者が利用することはできません。
- 1ライセンスにつき、年に2度アクティベーション解除(ライセンスリリース)が可能です。
Note:License Agreemen 3.1 Personal License: A Personal License entitles a single Authorized User to install and use the Software on up to two (2) computers running any of the supported operating systems, provided that only one copy of the Software is running at any given time and that the same License Key is not used by anyone other than the Authorized User.グループライセンス
1つのライセンスにつき、購入頂いたシート数分をコンピューターにインストールしてご利用いただけます。
- 同時に起動することができます。
- フローティングライセンスとは異なりますのでご注意ください(購入頂いたシート数以上をインストールすることはできません。)
- リモートからアクセスして使用はできません。
- 年にシート数分のアクティベーション解除(ライセンスリリース)が可能です。
Note:License Agreemen 3.2 Group License: A Group License permits the Licensee to install and use the Software on the number of computers authorized and specified under the Group License Key. The Software may not be accessed remotely. - ライセンスキーはどのように確認しますか?
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ライセンスキーは納品時に弊社より納品した登録確認書またはMy Account page (https://manage.geneious.com/auth/login)よりご確認頂けます。
- ライセンスのリリース(ライセンス解放)はどのように行いますか?
-
Geneiousを使用する予定がなくなった場合は、使用を停止するコンピューターからライセンスをリリースする必要があります。ライセンスのリリースは、Helpメニューの Release License(s)から行います。
ご注意ください
- マシンからGeneiousをアンインストールしても、ライセンスはリリースされませんのでご注意ください。
- 一定期間に利用可能なリリースの数は限られています。ライセンスのリリースは必要な場合のみ行って下さい。
パーソナルライセンス
1ライセンスにつき、年に2度アクティベーション解除(ライセンスリリース)が可能です。
グループライセンス
年にシート数分のアクティベーション解除(ライセンスリリース)が可能です。
ハードディスクの故障などによりライセンスのリリースを実施できない場合
My Account ページの Activation タブより、該当するコンピューターのアクティベーション解除を行って下さい。
Activation タブが表示されない場合は、開発元であるBiomatters Ltd.社に依頼する必要があります(使用言語:英語)。エムデーエフよりご購入頂いたユーザーであれば、弊社の日本語によるサポートをご利用頂けます。ライセンスキーを明記の上テクニカルサポートまでお問い合わせ下さい。
アップグレード/アップデート
- Geneious をアップグレード/アップデートしても、データを失うことはありませんか?
-
データは自動的に新しいバージョンに移行され、アップグレード/アップデート前と変わらずご利用頂けます。
新しいバージョンのGeneious の初回起動時に、旧バージョンのバックアップを保持するかどうか尋ねられますが、アップグレードする前に、Geneious のすべてのデータのバックアップを別途取ることをお勧めします。
新バージョンを初めて開いたときに、何らかの理由で旧バージョンのデータフォルダが見つからない場合は、「Tool」→「Preferences」→「General」で、 Data Storage Location でデータの保存場所を旧バージョンのデータフォルダに設定してください。
- アップデートをインストールしようとすると、エラーが表示されてアップデートできないのですが。
-
アップデーター(Helpメニュー → Check for updates) から、アップデートできない場合は、製品インストーラーから新しいバージョンにアップデートをお願いします。
製品インストーラーは My Account ページ、または、 Biomatters 社の Geneious Prime Download ページよりダウンロード頂けます。
エラーメッセージ例 - 旧バージョンにダウングレードすることはできますか?
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Geneiousのライセンスを新しいバージョンにアップデートした場合、以前のバージョンにダウングレードすることができます。ダウングレードする場合、Geneiousの新しいバージョンをアンインストールし、以前使用していたGeneiousのバージョンを再インストールする必要があります。旧バージョンのインストーラーは、www.geneious.com/previous-versionsよりダウンロード頂けます
Geneious のインストール先と データの保存先は異なるため、Geneiousをアンインストールしても、通常であればデータは削除されませんが、アンインストー → ダウングレード前に Back Up Data 機能を使用して、データベースのバックアップを作成することをお勧めします。
ダウングレード後に、旧バージョンのGeneiousを再起動すると、自動的に以前のデータベースが認識されるようになっています。Geneiousが自動的にこのデータベースを認識しない場合は、「Tool」→「Preferences」→「General」で、 Data Storage Location でデータフォルダを指定して下さい。
ファイル
- Geneiousに対応しているファイルのフォーマットはどのようなものがありますか?
-
Geneiousでインポート可能なファイル形式は以下の通りです。
Format Extensions Data Types Common Sources BED *.bed Annotations UCSC Common Assembly Format *.caf Contigs Sequencher Clone Manager *.cm5 Nucleotide sequences Clone Manager Clustal *.aln Alignments ClustalX CS FASTA *.csfasta Color space FASTA ABI SOLiD DNAStar *.seq, *.pro Nucleotide & protein sequences DNAStar DNA Strider *.str Sequences DNA Strider Embl/UniProt *.embl, *.swp Sequences Embl, UniProt Endnote (8.0) XML *.xml Journal article references Endnote, Journal article websites FASTA *.fasta, *.fas, etc. Sequences, alignments PAUP*, ClustalX, BLAST, FASTA FASTQ *.fastq, *.fasq Sequences with quality Solexa/Illumina GCG *.seq Sequences GCG, GCG codon usage table *.cod Codon usage table GCG CodonFrequency tool GenBank *.gb, *.xml Nucleotide & protein sequences GenBank Geneious *.xml, *.geneious Preferences, databases Geneious Geneious Education *.tutorial.zip Tutorial, assignment etc. Geneious GFF, GFF3, GTF *.gff, *.gff3, *.gtf Annotations NCBI, Ensembl and other genome browser MEGA *.meg Alignments MEGA Molecular structure *.pdb, *.mol, *.xyz, *.cml, *.gpr, *.hin, *.nwo 3D molecular structures 3D structure databases and programs Newick *.tre, *.tree, etc. Phylogenetic trees PHYLIP, Tree-Puzzle, PAUP*, ClustalX Nexus *.nxs, *.nex Trees, Alignments PAUP*, Mesquite, MrBayes & MacClade PDB *.pdb 3D Protein structures SP3, SP2, SPARKS, Protein Data Bank PDF *.pdf Documents, presentations Adobe Writer, LATEX, Miktex Phrap ACE *.ace Contig assemblies Phrap/Consed PileUp *.msf Alignments pileup (gcg) PIR/NBRF *.pir Sequences, alignments NBRF PIR Qual *.qual Quality file Associated with a FASTA file Raw sequence text *.seq Sequences Any file that contains only a sequence Rich Sequence Format *.rsf Sequences, alignments GCGs NetFetch Comma/Tab Separated Values *.csv, *.tsv Spreadsheet files Microsoft Excel SAM/BAM *.sam, *.bam Contigs SAMtools Sequence Chromatograms *.ab1, *.scf Raw sequencing trace & sequence Sequencing machines SnapGene *.dna, *.prot Sequences, annotations, metadata Geneious Test/html *.txt, *.rtf, *.html Any text Simple text editors Variant Call Format *.vcf Variant calls/SNPs Variant callers and databases Vector NTI sequence *.gb, *.gp Nucleotide & protein sequences Vector NTI Vector NTI/AlignX alignment *.apr Alignments Vector NTI, AlignX Vector NTI Archive *.ma4, *.pa4, *.oa4, *.ea4, *.ca6 Nucleotide & protein sequences, enzyme sets and publications Vector NTI Vector NTI/ContigExpress *.cep Nucleotide sequence assemblies Vector NTI Vector NTI database VNTI Database Nucleotide & protein sequences, enzyme sets and publications Vector NTI Geneiousでエクスポート可能なファイル形式は以下の通りです。
Data Type Format DNA sequence FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious Amino acid sequence FASTA, Genbank XML, Genbank flat, Geneious Chromatogram sequence ABI, Geneious Sequence with quality FastQ, Qual, Geneious Annotation GFF, BED, VCF, Geneious Multiple sequence alignment Phylip, FASTA, NEXUS, MEGA3, Geneious Assembly Phrap ACE, Geneious, SAM/BAM, Geneious Phylogenetic tree Phylip, FASTA, NEXUS, Newick, MEGA3, Geneious PDF document PDF, Geneious Publication EndNote 8.0, Geneious Graphs CSV or WIG, or images - サブスクリプションライセンスの更新をしない場合、ファイルは開けなくなりますか?
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サブスクリプションライセンスの有効期限が切れた場合、Geneiousは制限付きモードとなります。 制限付きモードで利用できる機能は、自身が作成したデータの閲覧、インポート及びエクスポートのみとなります。
インポート & エクスポート
- シークエンスやアライメントを、どのようにテキストフォーマットでエクスポートしますか?
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Geneious Prime 2019.1以降 Text Viewタブで、配列やアラインメントをカスタマイズ可能なプレーンテキストで表示することができるようになりました。エクスポートやコピーが可能なほか、テキストエディタやMicrosoft Wordドキュメントにコピー&ペーストできるリッチ(フォーマットされた)テキスト形式でも表示することができます。
シングルシークエンス
同じ種類(DNAまたはタンパク質)の配列または配列リストを選択した状態で、Text Viewタブに切り替えます。
Formatドロップダウンメニューから Custom を選択します。
Display options ボタンを押すと Formatting Options ダイアログが表示されます。
Format as のドロップダウンメニューから、プレーンテキストで表示するか、リッチテキスト形式で表示するかを選択します。
また、配列名と説明文の表示、塩基の大文字(デフォルト)と小文字の表示を選択できます。 相補的な逆鎖を表示するには、Show reverse complement にチェックを入れます。
Show Translationセクションから、特定のフレームを完全な配列で表示、または複数の範囲の翻訳を表示を選無ことが可能です。
Layoutセクションでは、Bases per lineの設定、ナンバリング/ナンバリングポジションの設定、マージン幅、ルーラーの設定ができます。オプションの Separate bases にチェックして定義すると、シークエンスをブロックに分けることが可能です。
リッチテキスト形式を選択した場合は、Sequence colors オプションを使用して、シークエンスまたはアラインメントの1つまたは複数の領域を色で強調することもできます。
Note:
Formatting Optionsダイアログの選択内容が、プレビューのようにText Viewに反映されます。
アライメント
アラインメントファイルを1つ選択し、Text Viewタブをクリックします。
Formatドロップダウンメニューから Custom を選択します。
Highlight basesセクションでは、Consensusに対する不一致(disagreements)、合意(agreements)、類似性(similarities)、非類似性(dissimilarities)の表示を選択できます。
また、シングルシークエンスの場合と同様にLayoutセクションやSequence Colorsセクションの設定を行うことができます。
Layoutセクションでは、Bases per lineの設定、ナンバリング/ナンバリングポジションの設定、マージン幅、ルーラーの設定ができます。オプションの Separate bases にチェックして定義すると、シークエンスをブロックに分けることが可能です。
リッチテキスト形式を選択した場合は、Sequence colors オプションを使用して、シークエンスまたはアラインメントの1つまたは複数の領域を色で強調することもできます。
エクスポート (Text View タブ)
リッチテキスト(カラーの書式付き)の場合は、
ボタンをクリックし、表示されているテキストをクリップボードにコピーします。
プレーンテキスト(書式なし)の場合は、
参照:Geneious FAQ: How do I import metadata from a spreadsheet onto existing Geneious documents?ボタンを使用します。表示されているテキストが、.tx形式でエクスポートされます。カラー書式による表示は反映されませんのでご注意下さい。
- メタデータをスプレッドシートからGeneiousにインポートできますか?
-
スプレッドシートを利用したメタデータを、.csvまたは .tsvr形式のデータをGeneiousにインポートしてドキュメントに追加することができます(Geneious Prime 2020.1以前のバージョンには対応していません)。
メタデータのファイルには、Geneiousが正しいドキュメントにデータを照合できるように、名前やシークエンスIDのフィールドなど、データをインポートしたいドキュメントと共通のフィールドが求められます。そのため、ファイルをインポートする前に、スプレッドシートから追加する予定のメタデータフィールドをGeneiousに設定する必要があります。
データをインポートする前に、メタデータフィールドを設定します。
どのフィールドが存在するかを確認したり、新しいフィールドを追加するには、任意のドキュメントを選択して、[Info]タブに移動します。
をクリックすると、現在Geneiousで利用可能なフィールドの一覧が表示されます。
ここに示す例では、スプレッドシートには、シークエンスされたサンプルのサンプリング場所(Location)、サンプリング日(Collection Date)、冷凍庫の保管場所(Freezer Location) の情報が含まれています。 下のスクリーンショットでは、"Sampling information "という新しいメタデータタイプの下に、これらのスプレッドシートのカラムのメタデータフィールドを追加しています。
メタデータを追加したいドキュメントを含むフォルダを選択します。次に、メニューバーのFile の Import から、Filesをクリックして Select Formatダイアログを表示します。
Select Formatダイアログから、フォーマットとしてCSV/TSVを選択し、メタデータのファイルを選択します。
Note:
データのインポートは、CSVファイルをフォルダにドラッグ&ドロップすることもできます。
Import Documentsダイアログで、インポートするドキュメントの種類として Metadata をクリックします。
Match document では、Geneiousドキュメントやスプレッドシートファイルの中で、一致するデータを含むフィールドを選択します。
この例では、Geneiousのドキュメント名とスプレッドシートのSample IDカラムが一致しています。 一致したエントリは、下図のように Result Preview タブから確認できます。
次に、Metadata Mappingボックスで、Geneiousドキュメント上でメタデータ情報を追加したいフィールドを選択します。
Metadata のドロップダウンメニューには、自分で追加したものも含めて、現在データベースで利用可能なすべてのメタデータタイプが表示されます。
Fields ボタンをクリックして、各メタデータタイプのフィールドをスプレッドシートの列にマッピングします。
図例を見ると、Sampling Informationメタデータタイプの下にSampling Location、Sampling Date、Freezer Locationのスプレッドシートの列が追加され、Standard Fieldsタイプの下にOrganismの列が追加されているのが分かります。
Result Previewタブには、Geneiousドキュメントにインポートされるフィールドのプレビューが表示され、エラーやGeneiousフォルダに一致するドキュメントがないスプレッドシートの行も表示されます。
インポート内容に問題がなければ、[OK]をクリックしてメタデータを読み込みます。 ドキュメントテーブルにメタデータが表示されます(新しい列を表示するには、テーブルの右側にスクロールする必要があります)。
- 印刷に適したクオリティの画像をエクスポートするには?
-
印刷する場合、拡大しても画質が損なわれないベクターフォーマット(PDF、EPS、SVG)での出力をお勧めします。 これらのファイル形式を指定してエクスポートを行います。
1. 画像をエクスポートするには、ツールバーの Exportボタンから、Export to Imageを選択します。
12. Save Optionsダイアログで、エクスポートするファイルのフォーマットを選択します。
Note:対応しているファイル形式は以下の通りです。
.png, .jpg, .pdf, .svg, .eps, .emf, .swf2参照:Geneious FAQ: How do I export publication-quality images?
操作方法
- データベースフォルダとは何ですか?
-
データベースフォルダには、Geneious のデータや設定内容がすべて保存されています。
データのバックアップもデータベースフォルダが利用されます。
Note:データベースフォルダの場所は Preferences の General タブにある Data Strage Location: で確認できます。
- データベースフォルダの場所を変更した場合、どのようにフォルダの場所を指定しますか?
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データベースフォルダの場所の指定は、Preferences ダイアログの General タブから行います。
メニューバーの Tools から Preferences を選択し、Preferences ダイアログを開きます。
General タブの Data Strage Location: のフィールドに該当するデータベースフォルダのパスを入力するか、Browse ボタンを使用してフォルダを指定します。
フォルダの場所を指定したら、OKボタンをクリックします。
- RNA-Seqデータに対応していますか?
-
Geneious RNA assemblerを使用して、RNA-seqリードをゲノム参照配列にマッピングすることができます。 このアセンブラは、新規のイントロンを発見し、リードの末端をこれらの新規のイントロンの周辺に正しくマッピングし、参照配列上のCDS、mRNA、junctionアノテーションを介してリードをイントロンにマッピングすることも可能です。また、RNA-seqマッピングツールのTophatプラグインが用意されています。
トランスクリプトームのde-novoアセンブリには、de-novoアセンブリのオプションで利用できるSPAdesの使用をお勧めします。 これをRNAモードで実行するには、データソースとしてRNAを選択します。 SpadesRNAの詳細については、こちらの論文:rnaSPAdes: a de novo transcriptome assembler and its application to RNA-Seq data(Oxford University Press サイトに移動します)を参照してください。 Geneiousアセンブラーをde novoトランスクリプトームアセンブリーに使用することはお勧めしません。
Geneious R8以降から、デジタル遺伝子発現解析のためのツールが含まれています。個々のサンプルの参照マッピングに対して、正規化された発現指標であるTPM値、RPKM値、FPKM値を計算したり、2つのサンプル間で値を比較して、異なる発現遺伝子を見つけることができます。
個々のサンプルのTPM値、RPKM値、FPKM値を計算するには、リファレンスアセンブリを選択し、「Annotate and Predict」メニューの「Calculate Expression Levels」に進みます。結果は、ヒートマップアノテーショントラックとしてリファレンスシークエンス上に表示されます。
2つのサンプルコンディション間の発現量を比較するには、Geneiousの発現解析ツールを使用するか、各コンディションに複製がある場合は、GeneiousのDESeq2の実装を使用します。 これらのオプションは、「Annotate and Predict」メニューの「Compare Expression Levels」で利用できます。 2つのサンプルを比較するには、まず各サンプルレプリケート(同一の参照配列である必要があります)のリファレンスアセンブリでCalculate Expression Levelsを実行し、Saveをクリックして結果トラックを参照配列ドキュメントに適用します。次に、リファレンスシークエンスを選択して、「Compare Expression Levels」を実行します。
参照:Geneious FAQ: Can Geneious Prime handle RNA-Seq data? - プラグインはどこにインストールするのですか?
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Geneious Primeには、さまざまなプラグインが用意されています。これらのプラグインは追加機能を提供するもので、Pluginメニュー(Tools→Plugins)からインストールすることができます。
インストールされたプラグインの場所は、そのプラグインの機能によって異なります。 例えば、ツリービルダー用のプラグイン(Phyml、Paup*、MrBayesなど)は「Tree」メニューのオプションとして表示され、GenBank送信用のプラグインは「Tools」メニュー(「Tools」→「Submit to GenBank」)から利用できます。 その他のプラグインは、特定のドキュメントタイプに関連付けられており、そのタイプのファイルを開いたときに機能が表示されます。 例えば、マイクロサテライトの機能は、Geneiousでマイクロサテライトのドキュメントを開いたときに表示されます。
参照:Geneious FAQ: License Activation error: Activation library initialization failed