Geneious
Geneious Primeユーザーページ

　　

Geneious Primeステップ・バイ・ステップガイド

Geneious Prime ライセンス管理・接続設定

Geneious ライセンス管理

My Accountページの機能、またアクティベーション作業を含むインストール方法を紹介しています。
  1. My Accountページ
  2. インストールとアクティベーション
  3. ライセンス解除（ライセンスのリリース）

インターネット接続設定

Geneious はデフォルト設定でプロキシ設定を自動的に行いますが、設定を検出できない場合は手動で設定する必要があります。プロキシの設定について説明しています。
  1. プロキシ情報の確認
  2. Geneious の接続設定

Geneious Primeスタートアップガイド

Geneious PrimeのHelpメニューにある Tutorial の日本語訳は Geneious Prime チュートリアルをご参照下さい。

タイトルまたは項目をクリックしてください。

Geneious Prime 基本操作 1

Geneious Prime基本操作[1]では、主にソースパネルの機能を紹介します。チュートリアルでは、新規ファイルの取り込み、フォルダシステムの整理、ドキュメント検索、NBCIからのデータインポートなどの方法を学びます。
  1. Geneious Prime 画面構成
  2. ソースパネル
    1. Local - フォルダの新規作成とファイルのインポート
    2. NCBI - NCBI からのインポート
    3. NCBI - PubMed 検索
    4. Shared Database - 共有データベースへの接続
  3. ツールバー
    1. ワークフローによる自動化
    2. データのバックアップと復元
    3. ツールバーのカスタマイズ

Geneious Prime 基本操作 2

Geneious Prime基本操作[2]では、主にドキュメントテーブルとビューアーの機能を紹介します。チュートリアルでは、シークエンスファイルやドキュメントデータの表示、注釈、カスタマイズ方法などを学びます。
  1. ドキュメントテーブル
  2. ドキュメントビューア
  3. シークエンスビュー：コントロールパネル
    1. 一般設定
    2. 表示
    3. グラフ
    4. アノテーションとトラック
    5. ライブアノテーションと予測
    6. 制限酵素解析
    7. アドバンス設定
    8. 統計データ

Geneious Prime プラグイン

Geneious Prime基本操作[3]では、メニューバーのオプションについて紹介しています。チュートリアルでは、プラグインのインストール方に加え、Mauve や LASTZ を例に各プラグインの使用方法を学びます。
  1. File メニュー
    1. データの保存
  2. Edit メニュー
    1. 重複の検索
    2. ドキュメント名の一括変更
  3. View メニュー
    1. データベース検索の自動化
  4. Tools メニュー
    1. プラグインのインストール
    2. プラグイン使用例:Mauve
    3. プラグイン使用例:LASTZ
    4. プラグイン使用例:CAP3
  5. Sequence メニュー
    1. 複数の配列をリスト化する
  6. Annotate & Predict メニュー
  7. Help メニュー

配列のアライメント [1]

このチュートリアルでは、Geneious Prime の基本的な解析機能について紹介します。
  1. ペアワイズアライメント
    1. スコアリング
    2. ギャップペナルティ
  2. 基本的な配列解析の機能 - ペアワイズアライメント
  3. 基本的な配列解析の機能 - マルチプルアライメント

配列のアノテーション編集

このチュートリアルでは、SARS-CoV-2 の配列を使用し、配列のアノテーション編集について学びます。
  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. アノテーション編集方法
  3. アノテーション情報が付いていない配列の場合
    1. 手動で付けていく
    2. アノテーションファイルを取り込む
    3. マッピングする
    4. アライメントをとる

制限酵素サイトの探索と解析

このチュートリアルでは、クローニングベクターである pUC19 を使用して、制限サイトの検索・追加・削除・分析の方法を学びます。
  1. 酵素セットや特徴から制限酵素を選択する方法
  2. 選択した制限酵素を使ってアガロースゲルのシミュレーションを行う方法
  3. 独自のカスタム制限酵素セットの作成する方法

制限酵素処理による挿入クローニングのシミュレーション

このチュートリアルでは、一般的なクローニング法（制限酵素処理による挿入クローニング）をシミュレーションする方法を学びます。
  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. プライマーを追加する
  3. PCRのシミュレーション
  4. プライマーを作成する
    1. シークエンス用プライマーの作成
  5. プライマー情報のエクスポート

プライマーの作成

このチュートリアルでは、A型インフルエンザウイルスの第8分節の配列を使用して、プライマーの作成方法について学びます。
  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. プライマーを追加する
  3. PCRのシミュレーション
  4. プライマーを作成する
    1. シークエンス用プライマーの作成
  5. プライマー情報のエクスポート

サンガーシークエンスデータの解析

このチュートリアルでは、pENTR223-TP53 プラスミドの配列を使用して、サンガーシークエンスデータの解析と結果の見方を学びます。
  1. 【準備】DNA配列を入手する
  2. サンガーシークエンスデータの解析方法
    1. トリミングの方法
    2. リファレンスシークエンスへのマッピング

Geneious ユーザーガイド

配列のアライメント [2]

このチュートリアルでは、実際のデータを利用してペアワイズアライメントとマルチプルアライメント（それぞれ異なるデータセットを使用）について学びます。
  1. ペアワイズアライメント
    1. データの取り込み
    2. Dotplot - ドットプロット
    3. ペアワイズアライメントの実行
  2. マルチプルアライメント
    1. データの取り込み
    2. マルチプルアライメントの実行

系統樹の作成　　　　

このチュートリアルでは、「マルチプルアライメント」で作成したアライメント結果を利用して、統樹を構築する方法や、系統樹の表示・操作方法を学びます。
  1. データの準備
  2. 系統樹の構築
    1. 系統樹の表示編集

メタゲノムデータセットの分析-1

このチュートリアルでは、メタゲノムデータのトリミングとペアリードのマージのやり方を学びます。
  1. データの準備
  2. プラグインの準備
  3. データの確認とペアリング
  4. トリミング
  5. ペアリードのマージ
  6. キメラリードの削除

メタゲノムデータセットの分析-2

このチュートリアルは、メタゲノムデータセットの分析-1 の続きになります。チュートリアルでは、de novoアセンブリを実行し、関連する配列を別々のコンティグにクラスタリングする方法を学びます。
  1. de novoアセンブリでコンセンサス配列の作成

メタゲノムデータセットの分析-3

このチュートリアルは、メタゲノムデータセットの分析-2 の続きになります。チュートリアルでは、生成した OTU を NCBIデータベースで検索し、本解析に特化したデータベースを作成する方法を学びます。
  1. Custom BLAST のセットアップ
      16S Microbial データベースのインストール
  2. BLAST 検索
  3. Sequence Classifierデータベースの作成
    1. 重複の除去
    2. フルヒットのダウンロード
    3. BLAST Hit 領域の抽出
    4. データベースの作成
    5. データベースエントリーの名前変更

メタゲノムデータセットの分析-4

このチュートリアルは、メタゲノムデータセットの分析-3 の続きになります。チュートリアルでは、作成した 16S rRNA のデータベースを使って、マージされたアンプリコンデータセットを解析する方法を学びます。
  1. アンプリコンデータセットの分類

Sequence Classifier の使い方

このチュートリアルでは、GeneiousプラグインのSequence Classifier を使用して、ミトコンドリア配列を分類する方法を学びます。
  1. プラグインの準備
  2. データの準備
    1. データ背景
  3. データベースと未知の配列の確認
  4. Sequence Classifier の仕組みとパラメータ設定
    1. 適切なパラメータの選択
  5. Sequence Classifier の実行
  6. 結果の解釈
  7. 系統樹の解釈

マッピングと SNP コーリング

このチュートリアルでは、次世代シーケンス(NGS)データで、リファレンスアセンブリを実行し、アセンブリされたコンティグ上の SNP をコールする方法を学習します。
  1. データの準備
  2. プラグインの準備
  3. NGSリードのプリプロセッシング
    1. データのペアリング
    2. トリミング
  4. リファレンスへのマッピング
    1. アセンブルの結果表示
    2. 低 / 高カバレッジ領域を見つける
  5. バリアント / SNPを見つける

De Novo アセンブリ

このチュートリアルでは、次世代シーケンス(NGS)データの処理方法と de novo アセンブルの方法を学びます。
  1. データの準備
  2. プラグインの準備
  3. NGSリードのプリプロセッシング
    1. データのペアリング
    2. トリミング
  4. Geneious de novoアセンブラを使用
    1. アセンブルの結果表示

RNA-Seq データを使った発現解析

このチュートリアルでは、RNA-Seq データを使った発現量解析の方法を学びます。2つの異なるサンプル条件からのデータセットでRPKM、FPKM、TPMを測定し、2 サンプル間の発現量を比較していきます。
  1. データの準備
  2. マッピング
  3. RPKM・FPKM・TPMの計算
  4. 発現量の異なる遺伝子を見つける

CRISPRの標的部位を検索

このチュートリアルでは、Geneious Prime の CRISPR ツールを使って、対象とする配列中に存在する CRISPR の標的サイトを検索する方法を学びます。
  1. データの準備
  2. CRISPR の標的サイトの検索
    1. 結果の解釈
  3. ペアとなる CRISPR 標的サイトの検索

ワークフローを使用して分析を自動化する方法

このチュートリアルでは、サンガーシークエンスデータを起点に、いくつかのステップを含むパイプラインで系統樹を作成するワークフローの設定方法をご紹介します。
  1. データの準備
  2. ワークフローの説明
  3. 新しいワークフローを作成する
    1. トリミング操作を追加
    2. de novoアセンブリ操作を追加
    3. 他の操作も追加
  4. ワークフローを実行する
  5. クイックアクセス

Geneiousライセンス管理・運用ガイド

アクティベーションと解除

目次
  1. ライセンスのアクティベーション
  2. FLEXnetのインストール
  3. ライセンスの解除
    1. ライセンスの解除ができない場合

アップグレードと旧バージョン

目次
  1. アップグレード
  2. 旧バージョンの利用
  3. ファイルの互換性

トラブルシューティング

表示されるエラーメッセージ
  1. License Activation error: Activation library initialization failed
  2. Please check your connection settings
  3. Failed to load document contents