Geneious Prime 基本操作 [1]
このチュートリアルでは、Geneious Prime のインターフェイス、ドキュメントデータの表示、ファイルのインポートなど、Geneious Prime の基本操作を学びます。
1. Geneious Prime 画面構成
Geneious Prime は大きく分けて、ソースパネル、ドキュメントテーブル、ドキュメントビューア、ツールバー、ヘルプパネルの５つのエリア（パネル）から構成されています。
デフォルトではヘルプパネルは表示されず、ヘルプパネルを表示するにはツールバーの Help から Quick Help を選択します。
2. ソースパネル
ソースパネルには、ローカルドキュメントのフォルダ構成が表示され、共有のデータベース（設定されている場合）、NCBI、Uniprot との接続のためのインターフェイスが提供されます。
ソースパネルで選択したフォルダのコンテンツが表示され、フォルダが選択されていない場合は何も表示されません。
Local フォルダにはデフォルトで、Sampleフォルダにファイルが用意されています。
Local - フォルダの新規作成とファイルのインポート
新しいフォルダを作成する場合は、Add ボタンをクリックし New Folder を選択します。または、右クリックメニューの New Folder からフォルダを作成することも可能です。
作成したフォルダの位置はドラッグして移動させることができます。
ファイルの取り込みは、Add ボタンをクリックし Import Files... を選択します。または、メニューバーの File → Importからファイルを指定して取り込むことも可能です。
または、ファイルやフォルダをドキュメントテーブルに ドラッグ&ドロップ してインポートすることもできます。
zip形式ファイル/フォルダも解凍せずに、そのままドラッグ&ドロップしてインポートすることが可能です（サポートされていないフォーマットを含むzipファイルはインポートできませんのでご注意ください）。
NCBI - NCBIデータベースから配列を取り込む
NCBI や UniProt からシークエンスファイルをインポートすることもできます。ここでは、NCBI の Nucleotide データベースからA型インフルエンザウイルスの第8分節の配列（アクセッション番号: NC_007370）をインポートする例をご紹介します。
NCBI の Nucleleotide を選択し、ドキュメントテーブルの検索フィールドにアクセッション番号（ NC_007370 ) を入力し Search をクリックします。ドキュメントテーブル検索結果が表示され、ソースパネルの Necleotide に検索結果数が表示されます。
チェックボックスにチェックを入れると、ドキュメントビューアにシークエンスの情報が表示されます。
NCBI 検索結果のシークエンスを編集しようとすると、エラーメッセージが表示されます。
検索結果を編集するには、ローカルまたはデータベースにドキュメントを取り込む必要があります。ドキュメントソースパネルのローカルまたはデータベースにドラッグ&ドロップで移動させて、ドキュメントをインポートして下さい。
Shared Database - 共有データベースへの接続
Geneious Primeは、PostgreSQL、MySQL、Microsoft SQL Server、Oracle を利用したデータベースとの接続が可能です。データベースへのアクセスは、Shared Databases から行います。
新たデータベースに接続する場合、 Shared Database をクリックし "New Database Connection" をクリックします。New Database Connection ダイアログで、データベース接続に必要な情報を入力してください。
Shared Databases の詳細につきましては、Biomatters社が提供する Geneious Prime User Manual - Shared Databases をご参照ください。