SnapGene
SnapGeneラーニング:サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ

SnapGene の "コンティグをアセンブル (Assemble Contigs)" ツールは、CAP3 assembler を使ってアセンブリを実行します。CAP3 assembler は 小規模なアセンブリを行うためのプログラムです。5'端と3'端のクオリティの低い領域をトリムし、リードのアライメント実行し、コンセンサス配列をアセンブリ結果として生成します。 

1. 配列を準備する

このチュートリアルでは、Acrocephalus arundinaceus (オオヨシキリ)の核遺伝子の配列を使用します。チュートリアルで使用するサンガーシーケンスデータ(.abファイル)は下記よりダウンロード頂けます。

Acrocephalus_Arundinaceus.zip

2. De Novo アセンブリの実行

SnapGeneを起動して、ツールバーの「ツール」から 「コンティグをアセンブル」 を選択します。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_コンティグのアセンブリ

ボックスにファイルをドラッグ&ドロップして、シークエンスをインポートします。または「シークエンスファイル」のドロップダウンメニューで、「ブラウズ」をクリックして対象ファイルを選択して下さい。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_アセンブルするシークエンスをインポート

CAP3を実行する前に 1 シークエンスの低品質末端をトリム にチェックが入っていることを確認し、2 アセンブリファイル名(ここでは、"aru_assembled")をつけます。3 アッセンブリーの格納先でファイルを保存する場所を指定し、「アッセンブル」ボタンをクリックします。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_CAP3実行

「設定」ボタンをクリックすると CAP3 のデフォルト設定を変更することが可能ですが、CAP3 に慣れていないようであればデフォルト設定のまま利用することを推奨します。

コンセンサス配列の上部に各リードが表示されたマップビューが開きます。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_マップビュー

アセンブリの閲覧と編集はシークエンスビューから行います。

サンガーシークエンスのデータを読み込むと SnapGene はアライメントを自動でを行い、 CAP3 によって生成されたコンセンサス配列が上部のパネルに表示されます。 下部のパネルにはコンセンサス配列が「オリジナルのシークエンス」として表示され、インポートした配列とフォワード/リバースの向きが矢印( / )で表示されます。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_シークエンスビュー

2-1. シークエンスの向きを変換する

取り込んだデータのシークエンスのフォワード/リバースの方向が逆になっているので、配列を逆向きに変換します。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_シークエンスの向きを変換_Before

「オリジナルのシークエンス」の配列の上で右クリックし、右クリックメニュー(または、メニューバーの「編集」メニュー)から「すべて選択」を選びます。配列が選択されているのを確認し、メニューバーの「表示」から「シークエンスを反転」を選択します。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_シークエンスの向を反転

フォワード()/リバース()の向きが修正されました。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_シークエンスの向きを変換_After

左側に表示される配列名をクリックすると、アライメントの結果と波形データが表示されます。"aru2_R” の場合、不一致が1か所あることが分かります。挿入・置換・欠失がある場合は、赤色のボックスで強調されます。

SnapGene_サンガーシークエンスデータの De Novo アセンブリ_シークエンスビュー_データ詳細の確認

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