Geneious
バイオインフォマティクス解析ソフトウェア
Geneious Prime トライアル版

Geneious Prime 新機能

https://www.geneious.com/whats-new

Geneious Prime 2022.2

Geneious Prime 2022.2 Full Release Notes

Geneious Prime 2022.2 では、クローニングとデータインポートが改良されました。In-Fusionクローニング、プライマー伸長検出、タンパク質のパーツクローニングサポート、コマンドラインインターフェイスを使用したデータ同期などがハイライトとして挙げられます。

コマンドラインインターフェース | Command Line Interface


パイプラインのデータを直接Geneious Primeのローカルまたは共有データベースに同期(または共有データベースから)します。

Geneious_コマンドラインインターフェース

In-Fusion クローニング | In-Fusion Cloning

最適化された設定により、ロースループットまたはハイスループットのIn-Fusion クローニングを実行します。

Geneious_In-Fusion クローニング

Parts Cloning Support for Proteins | タンパク質のパーツクローニングサポート

タンパク質のコンビナトリアルアセンブリにより、コンストラクトエンジニアリングのスケールアップが可能です。

Geneious_エクセルからプライマーをインポート

In-Fusion クローニング | In-Fusion Cloning

最適化された設定により、ロースループットまたはハイスループットのIn-Fusion クローニングを実行します。

Geneious_In-Fusion クローニング

Primer Extension Detection | プライマーエクステンションの検出

インポート時にプライマーデータベースのエクステンションを自動で検出し、アノテーションを行います。

Geneious_エクセルからプライマーをインポート

Geneious2022.2 強化・追加された機能
- 2022.6.17 -

機能 | Features

  • CLI:ローカルデータベースからのファイルのインポートとエクスポートに対応
  • CLI:共有データベースからのファイルのインポートとエクスポートに対応
  • クローニング:In-Fusion クローニング機能を追加
  • パーツクローニング:タンパク質ドキュメントのサポートを追加
  • プライマーのインポート:適切にフォーマットされた配列が提供された場合、インポート時に自動的にプライマーの拡張子を注釈する機能を追加

機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

  • 3D Proteinビューア:Jmolをバージョン6に更新
  • クローニング:
    • 一括操作時の入力検証を改善
    • クローニングオプションダイアログの改善
    • クローニング操作の配列リスト結果の命名方法の改善
    • その他、様々なUI/UXの改善
  • ユーザーインターフェイス:
    • 10個以上の値を持つコンボボックスコンポーネントにフィルター機能を追加
    • ドキュメントおよび注釈テーブルにフローティングネーム列を追加

修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

  • アドバンスト・プリファレンス;高度な環境設定テーブルの値が変更後に再ロードされない問題を修正
  • 参照配列へのVariants適用:カバレッジの低い領域をNでマスクするオプションを追加
  • 自動アップデート:自動更新のダイアログが正しく表示されない不具合を修正しました
  • BLAST:
    • BLASTワークフローにおいて、あるBLASTタイプのオプションを変更すると、他のBlastタイプのオプションにも影響する不具合を修正
  • クロマトグラムビューワー:一部のカラースキームで、線と文字の色が正しく表示されない不具合を修正
  • クローニング:
    • クローン作成結果の名前に間違った挿入順が含まれていたバグを修正
    • 制限クローニングで挿入を並べ替えると稀にクラッシュする問題を修正
    • 大規模データセットでのオペレーションを高速化
    • Golden Gateクローニングで配列リストが正しく反転されるよう修正
    • Golden Gateクローニングで配列リストが正しく作成されるよう修正
  • コマンドラインインターフェイス
    • コマンドラインにインストールIDを表示するパラメータ --installationId を追加
  • CRISPR
    • プリインストールされているpython3の検出を改善
    • 配列リストに対してFind CRISPR Sitesを実行した際に、アノテーションの色が表示されない場合があった問題を修正
    • 互換性のないバージョンのpythonをインストールできないように改善
  • データベース
    • ローカルデータベース内の複数のドキュメントやフォルダーをコピーする際のパフォーマンスを改善
  • 一般
    • すべてのパスワードフィールドのテキストを非表示/表示するボタンを追加
    • 管理者が任意のプラグインを無効化できる機能を追加
    • Ctrl+ドラッグ(またはalt+ドラッグ)した書類を同じフォルダに移動し、「Replace」を選択すると、その書類が削除されることがあったバグを修正
    • Geneious をアンインストールできないことがあった問題を修正
    • クラッシュ情報を収集する際にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
  • インポート/エクスポート:
    • Grammarly Desktopがインストールされているか、システムの画面ズーム設定が有効な場合に、ドキュメントおよびフォルダ選択ダイアログが表示されないというバグを修正
    • 不正なメタ情報データを含むvcfファイルをインポートするとまれにクラッシュする問題を修正
    • GFFおよびBEDファイルフォーマットでエクスポートする際に、配列注釈を配列開始インデックスでのソートが可能になりました
    • コメントでメタデータを持つ配列をインポート時にグループ化できるようになりました
  • コドンの最適化:配列リストに対して最適化コドンを実行すると、まれにクラッシュすることがあった問題を修正
  • プラグイン:他のプラグインに依存しているプラグインを無効化すると、起動に失敗する問題を修正
  • プラグイン開発キット:
    • Geneious の標準的なログに簡単にアクセスできる Logs クラスを追加
    • ラッパープラグインから複数のファイルをインポートする際に発生したクラッシュを修正
  • Public API: 非推奨のメソッドをマーク
  • シークエンスビュー
    • シーケンスビューからすべてのアノテーションが消えてしまうことがまれにある問題を修正
    • 読み取り専用のアノテーションの変更を取り消すとまれにクラッシュする不具合を修正
  • PDFとして保存:macOSで、PDFで保存するとローカルプリンターに送信される不具合を修正
    • ユーザーインターフェイス:
      • ダークモードで表示した場合、クローンレポートのテーマが薄くなる不具合を修正
      • ライトモードでドラッグ&ドロップを行うと正しい色が表示されないというバグを修正
      • テーブルのサイズを変更したとき、文書テーブルのテキストが複数行のテキストとして表示される場合があるというバグを修正
      • テキストビューで一部の注釈が表示されないというUIエラーが発生する不具合を修正

    Geneious Prime 2022.1

    What's New in Geneious Prime 2022.1 | Geneious 2022.1新機能

    Geneious Prime 2022.1では、ハイスループットクローニングワークフローの効率化が図られています。部分的クローニング、Golden Gateの一括クローニング、Excelからのプライマーインポートなどが含まれます。

    部分的クローニング | Parts Cloning

    部分的クローニングのサポートが追加され、パーツリストから可能な限りの組み合わせを結合し、クローニングのスループットを向上させることができます。この新しい操作は、ツールバーのクローニングメニューから行うことができ、一般的な合成ワークフローにも使用することができます。

    Geneious_部分的クローニング

    Golden Gate の一括処理 | Batch Golden Gate

    シーケンスリストを利用してGolden Gateクローニングを一括で行うことで、1つ1つの操作を省略することができます。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    Excel からプライマーをインポート

    Excel に保存されたプライマーデータベースを簡単にインポートして特性評価を行い、Test with Saved Primers などのプライマーツールをフル活用することができます。このオプションは、ツールバーのPrimersメニューの下にあります。

    Geneious_エクセルからプライマーをインポート

    Geneious2022.1 強化・追加された機能
    - 2022.2.15 -

    機能 | Features

    • Golden Gateの一括処理:Golden Gateクローニングで、同一方向の配列が含まれるListドキュメントを理解できるようになりました
    • 部分的なクローニング:既存のパーツから配列の組み合わせを生成するパーツクローニングをサポートする機能が追加されました
    • Excelからプラーマーをインポート:エクセルファイルから配列をインポートできるようにアップデートしました

    機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

    • ダークモード:ユーザーエクスペリエンスを向上させるために多くの小さな調整が行われました
    • De novoアセンブリ:Geneious de novoアセンブリにおいて、特にハイカバレッジデータセットでのパフォーマンスが向上しました

    修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

    • Blastによるアノテート:複数のシーケンスに対して同時にオペレーションを実行するとクラッシュすることがあった問題を修正しました
    • 自動アップデート:自動更新のダイアログが正しく表示されない不具合を修正しました
    • BLAST:
      • Custom BLASTにおいて、データベース名にスペースが含まれる場合、完全な配列が取得できない不具合を修正しました
      • BLAST+ 2.12.0にアップデートしました
    • コマンドラインインターフェース:
      • 複数の結果ドキュメントを個別のファイルとして書き出す --multi-file/-m アドバンスフラグを追加しました
      • 一部のヘッドレスLinux環境でCLIがクラッシュすることがあったバグを修正しました
      • 無関係なエラーメッセージが表示されることがある不具合を修正しました
      • include-id "コマンドを基本ヘルプから詳細ヘルプに移動しました
    • バックトランスレート:タンパク質リストで "選択された領域" を使用してこの操作を行うとクラッシュする問題を修正しました
    • ダークモード:テーマを切り替えた後に再起動するとハングアップする macOS の稀なバグを修正しました
    • 消化による断片化: 消化されたアノテーションが適切な間隔でフラグメントの長さに切断されるようになりました
    • Gatewayクローニング:Att Site Finderの精度が向しました
    • Geneiousサーバー:終了したリモートジョブの進捗が完了として設定されない稀なバグを修正しました
    • コドンの最適化:一部の読み取り専用の注釈が最適化されたドキュメントに転送されるバグを修正しました
    • インポート:
      • SnapGeneからエクスポートされたファイルは、「Exported」ではなく、その名前もインポートされるようになりました
      • 非常に深い分岐を含む系統樹データのNewick形式ファイルをインポートする際のバグを修正しました
    • コドンの最適化:一部の読み取り専用の注釈が最適化されたドキュメントに転送されるバグを修正しました
    • オプションプロファイル:オプションプロファイルを復元できない場合、サイレントエラーではなく、エラーメッセージを表示するようになりました
    • プライマー:
      • DNAプローブのアノテーションでフィールドが欠落していたバグを修正しました
      • オリゴ配列に変換された編集済み配列がドキュメントパネルで融解温度を更新しないバグを修正しました
      • 「Test with Saved Primers」操作において、不一致のプライマーがマージされることがあるバグを修正しました
    • シークエンスビュー
      • 抽出または翻訳後、ソース配列上で選択した内容が保存されないバグを修正しました
      • 読み取り専用のアノテーションの変更を取り消すとまれにクラッシュする不具合を修正しました
  • ペアリングされたリードの設定:ペアリングできないデータに対して、ワークフローからこの機能を使用した場合の誤解を招くエラーメッセージを修正しました
  • 統計:長さの統計で、タンパク質配列のギャップとストップコドンをカウントしないようになりました
    • その他の注意事項:
      • Java - バンドルされているJREのバージョンを11.0.14+9に更新

    Geneious Prime 2022

    What's New in Geneious Prime 2022 | Geneious Prime 2022 新機能

    Geneious Prime 2022では、解析機能の強化、より使いやすいインターフェースデザイン、配列解析の効率化が行なわれました。BLASTによるアノテーション、コマンドラインインターフェース、ダークモード、最適化されたコドンの適用と取り消し(revert)ができるようになりました。

    BLASTによるアノテーション

    BLASTを利用して、ORFs、CDS、mRNA領域に自動的に注釈をつけることができます。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    ダークモード

    Geneious Primeをダークモード(β版)にして利用できます。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    コマンドライン インターフェイス

    Geneious Primeの操作やワークフローを、バイオインフォマティック・パイプラインの一部としてローカルで実行したり、より強力なサーバーで実行したりすることができます。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    最適化されたコドン

    最適化されたコドンを簡単にシークエンスに追加・削除できます。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    ドキュメントテーブルのオーガナイズ

    複数の列を選択でき、整理をすばやく行うことができます。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    塩基の不一致のハイライト表示

    クロマトグラムの中にみられる塩基のミスマッチをハイライト表示します。

    Geneious_BLASTによるアノテーション

    Geneious2022強化・追加された機能
    - 2021.10.12 -

    機能 | Features

    • BLASTによる注釈:BLASTを使用して配列の領域に注釈をつけるオプションを追加
    • コマンドラインインターフェース:ver.2022.0をリリース
    • ダークモード:ダークモード(β)テーマの追加 - Preferencesでオンにすることができます

    機能強化とユーザービリティの向上 | Minor Features and Usability Improvements

    • 高度な環境設定:フィルタの追加
    • クロマトグラムトレース:ベースコールに一致しないトレース領域をハイライトするオプションの追加
    • 実験用の機能:
      •  「Search Everywhere(あらゆる場所を検索)」とアノテーション編集中のフィルタリングの新機能を Preferences の Experimental Features」セクションに追加しました。
    • コドンの最適化:アノテーションのコンテキストメニューに最適化されたコドンを適用/戻すオプションを追加

    修正とマイナーチェンジ | Fixes and Minor Changes

    • アライメントビュー:
      • アラインメントから配列を抽出する際にクラッシュする場合があった問題を修正
    • 選択時の特徴:
      • 選択したプライマーペアが同じ方向を向いている際に生じるクラッシュを修正
      • 選択したプライマーが同じ方向を向いている場合にペアとしてテストするオプションを削除
    • コンティグビュー:
      • コンセンサス配列の計算が終了する前に領域を選択するとハングアップする不具合を修正
      • 非常に高いカバレッジのコンティグを行った際に見られるパフォーマンスの低下を修正
    • De novoアセンブリ:
      • Stopボタンを押した後にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
    • ドキュメントビュー:
      • ドキュメントビューの切り替え時にまれに発生するクラッシュの修正
      • カラムの preference ボタンをステータスバーに移しメニューレイアウトを再設計
    • エクスポート:
      • csvドキュメントのエクスポート時にまれにクラッシュすることがあった問題を修正
      • Windowsで、エクスポートダイアログが不定期にハングすることがある問題を修正
    • 一般
      • ドキュメントが選択されるべき時に選択されないことがあるバグを修正
      • ハードウェアの不具合を検出し、クラッシュすることなく問題を説明するメッセージを表示するように改善
      • ファイル同期フォルダに格納されたローカルデータベースフォルダの検出を改善
    • インポート:
      • newick形式の属性を持つツリーファイルをインポートする際のバグを修正
      • Zipファイルのインポートの機能強化 -Zipファイルのインポート(Geneiousがサポートするあらゆる形式のファイルを含む)が、拡張子が'.zip'から'.geneious'に変更されたファイルでも動作するようになりました
    • ライセンス:フローティングライセンスマネージャーの詳細を管理者プロパティで設定できない不具合を修正
    • MapからReferenceへの切替:循環参照配列の原点に大きなギャップがあると、まれにクラッシュする問題を修正
    • Metadata Importer: 共有データベースのエイリアス文書でカラムマッチが機能しない問題を修正
    • オペレーティングシステム
      • macOS スイッチアウトしたユーザーが Geneious Prime をバックグラウンドで開いている場合に発生する FlexNet グループライセンスのアクティベーションの問題を修正
      • macOS: default_user_preferences.xml が ~/Library/Application Support/Geneious/ ディレクトリからロード可能になりました
      • macOS: geneious.properties が ~/Library/Application Support/Geneious/ ディレクトリからロードできるようになりました
  • コドンの最適化:Forbidden Custom Mitifオプションの最後にスペースを使用するとクラッシュする問題を修正しました
  • プライマー設計:プライマーのダイマーTmがオプションで設定した最大ダイマーTmの上限を超えた場合、ユーザーに警告するようになりました
  • 検索:Inculde Subfolders (サブフォルダを含む)の選択状態が基本検索と詳細検索で共有されるようになりました
    • シーケンスビュー:
      • メタデータフィールドが重複している場合、注釈名のコピーでクラッシュする不具合を修正
      • プレビューボックスに表示されるプライマーのTmが不正確な場合があるのを修正
      • Pair Selected Primers使用時にまれに発生するクラッシュを修正
      • マウスで選択端を調整した後、add primer annotation(プライマーアノテーションを追加する)ボタンが正しく表示されるように修正
    • ユーザーインターフェース:ボタンにドロップダウン矢印を追加
    • バーチャルゲル:
      • スーパーコイルDNAが線状で表示される場合の表示追加
      • レーン数が多い場合に印刷プレビューダイアログと「画像に保存」でクラッシュする不具合を修正
    • その他の注意事項:
      • Java - バンドルされているJREのバージョンを11.0.12+7に更新
      • Java - Geneiousとプラグイン開発キットはJDK 11を使用するようになりました