SnapGene
SnapGeneラーニング
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

SnapGeneの基本操作

1.【準備】プラスミドの配列を入手する

本チュートリアルでは、pcDNA3.1+/C-Myc を使用します。使用するデータは下記よりダウンロード頂けます。

pcDNA3.1+ C-Myc Sequence and Map
Mammalian expression vector with a CMV promoter for expressing C-terminally Myc-tagged proteins.

www.snapgene.com

なお、SnapGeneのウェブサイトでは、色々なプラスミドの配列データを入手することができます。あなたの好きなプラスミドで、本チュートリアルを進めてもらってもかまいません。

Plasmid Maps and Sequences
Download annotated SnapGene files for a variety of commonly used genes and plasmid vectors.

www.snapgene.com

2. SnapGeneを起動する

SnapGeneを起動すると次のような画面になります。

SnapGene基本操作_起動時ダイアログ

3. ファイルを読み込む

以下のように操作して、ダウンロードしたプラスミドデータを読み込みましょう。

SnapGene基本操作_起動時ダイアログ ファイル読込み

ファイルを指定する画面が出てきたら、ダウンロードしたファイルを選択して「開く」を押してください。次のような画面になっていれば、読み込み成功です。

SnapGene基本操作_ファイルを開く

4. ツールバー

画面左端にツールバーがあります。

SnapGene基本操作_ツールバー

SnapGene基本操作_ツールバー詳細

4-1. ツールバーの詳細

SnapGeneツールバー:制限酵素の表示切替制限酵素の表示切替

制限酵素の表示切替ができます。右側にある矢頭をクリックすると、制限酵素の種類を選択できます。

SnapGeneツールバー:フィーチャーの表示切替フィーチャーの表示切替

フィーチャー(CMV promoterなど)の表示切替ができます。

SnapGeneツールバー:プライマーの表示切替プライマーの表示切替

プライマー情報を含んでいる配列データの場合は、プライマーも表示されます。プライマー情報を非表示にする場合、プライマーの切替表示ボタンをクリックします。

SnapGeneツールバー:翻訳の表示切替翻訳の表示切替

オープンリーディングフレーム(ORF)の表示切替ができます。デフォルトでは、「開始コドン(ATG)があり、最小アミノ酸数が75以上」の場合にORFと判断するよう設定されています。右側にある矢頭をクリックすると、表示するORFの設定を変えることができます。「翻訳オプション」でORFと判断する条件を変えることもできます。

SnapGeneツールバー:色の表示切替色の表示切替

任意のフィーチャーに色を付けたり、GC含有量に応じた色分けを表示させることができます。右側にある矢頭をクリックすると、詳細設定ができます。

SnapGeneツールバー:フィーチャーをライン上に載せるフィーチャーをライン上に載せる

フィーチャーの表示をラインの内側からライン上に変えることができます。

SnapGeneツールバー:フィーチャーラベルの表示切替フィーチャーラベルの表示切替

フィーチャーラベル(T7 promoterなど)の表示切替ができます。右側にある矢頭をクリックすると、表示方法を変えることができます。

SnapGeneツールバー:位置の表示切替位置の表示切替

制限酵素やプライマーの位置(何塩基目か?)の表示切替ができます。

SnapGeneツールバー:水平マップに切替水平マップに切替

水平マップを表示できます。環状マップでは見にくい時に使用すると便利です。

SnapGeneツールバー:アライメントの表示アライメントの表示

すでにアライメントが取れているファイルを別途インポートすると、アライメントを表示できます。詳細は別の項でまとめます。

5. 画面切替え

下方にあるタブをクリックすると、画面切り替えができます。

SnapGene基本操作_画像切替え

5-1. シークエンス(S)

シークエンスタブでは、全長の塩基配列を確認することができます。このタブでもツールバーを使うことができるので、制限酵素やORFなどの表示切替ができます。

SnapGene基本操作_シークエンスタブ

また、塩基配列の編集もすることができます。例えば、777塩基目のグアニンをアデニンに変更する場合は、該当箇所をドラッグして “A” を入力します。すると、次のような画面になります。

SnapGene基本操作_シークエンス 塩基挿入ダイアログ

「挿入」をクリックすると編集が完了します。編集内容を間違えたら、上部にある「取り消す」で元に戻すことができます。

SnapGene基本操作_シークエンスタブ2

5-2. 酵素(E)

プラスミドに含まれる制限酵素認識部位の詳細を見ることができます。チェックボックスをクリックすることで、任意の制限酵素を追加したり除外したりすることもできます。

SnapGene基本操作_酵素

また、「酵素の選択」から任意の酵素セットを作成することもできます。研究室でよく使う制限酵素セットを作成しておくと便利です。

SnapGene基本操作_酵素2

SnapGene基本操作_酵素3

5-3. フィーチャー(F)

フィーチャー(T7 promoterなど)の詳細を確認したり、任意のフィーチャーを除外をすることができます。左下の「完全な説明」のチェックを外すと、簡易版を見ることができます。

シークエンスタブで任意の領域をドラッグして、上部の「フィーチャー(R)」から「フィーチャーを追加(A)」をクリックすると、任意をフィーチャーを追加することができます。

SnapGene基本操作_フィーチャー追加

SnapGene基本操作_フィーチャー追加ダイアログ

追加したフィーチャーもフィーチャータブで確認できます。

SnapGene基本操作_フィーチャータブ

5-4. プライマー(P)

プライマー情報の詳細を確認することができます。シークエンス用プライマーなどをプラスミドごとに登録しておくと便利です。SnapGeneファイルにプライマー情報が登録されている場合は、上部の「プライマー(P)」から「プライマーをインポート」をクリックすると、そのプライマーを追加することができます。

SnapGene基本操作_プライマーをインポート

また,シークエンスタブで任意の領域をドラッグして、上部の「プライマー(P)」から「プライマーを追加(A)」をクリックすると、任意のプライマーを追加することができます。「挿入」のタブをクリックすると制限酵素配列やタグ配列を追加したプライマーを作ることができます。

SnapGene基本操作_プライマー追加

SnapGene基本操作_プライマーを追加ダイアログ

SnapGene基本操作_プライマーを追加ダイアログ2

SnapGene基本操作_プライマーを追加ダイアログ3

追加したプライマーもプライマータブで確認できます。

SnapGene基本操作_プライマータブ

5-5. 履歴(H)

編集の履歴を自動で記録し表示します。例えば、先に行った「777塩基目のグアニンをアデニンに変更」もしっかりと記録されています。

SnapGene基本操作_履歴

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