プラスミドデータの取得とマップの表示
このチュートリアルでは、SnapGeneによるプラスミドデータの取得とマップを表示する方法を pEGFP-N1 を例に紹介します。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。
1. NCBIのサイトからファイルを取得する
https://www.ncbi.nlm.nih.gov にアクセスして検索ボックスでプラスミドの情報を入力します。
All Databasesのドロップダウンメニューから 「Nucleotide」 を選択し、検索ボックスに pEGFP-N1 と入力して Search をクリックします。
検索結果の 「Cloning vector pEGFP-N1, complete sequence... complete cds 」にチェックを入れ、Send to: をクリックします。
「Complete Record」 を選び、ダウンロード形式、ファイル形式（Format）を選択します。ダウンロード形式は「File」、ファイルの形式は 「GenBank」 を指定し、Create Filesボタンをクリックします。
sequence.gb ファイルがダウンロードされます。分かりやすくするため、ファイル名を pEGFP-N1.gb に変更しておきます。
SnapGeneを起動して、開くから「ファイルを開く」を選択し、pEGFP-N1.gb を開きます。
pEGFP-N1.gb ファイルが開き、マップビューにのプラスミドマップが表示されます。インポートした配列の情報パネルが画面右側に表示されます。非表示にするには右上の info ボタンをクリックします。
フィーチャータブをクリックすると、フィーチャーの詳細が表示されます。右向きシェブロン [ ] をクリックするとフィーチャーの詳細情報が表示されます。
1-1. NCBIのサイトからファイルをインポートする
アクセッション番号を使って、NCIB からデータを取得することも可能です。
SnapGeneを起動して、「インポート」から「NCBIシークエンス」を選択します。既に起動している場合、メニューバーの「ファイル」から「インポート」を選択してください。
ダイアログに、取得する配列のアクセッション番号（ここでは、U55762）を入力し、「インポート」ボタンをクリックします。
データのインポートが完了すると、プラスミドマップ（CVU55762）が開きます。
1-2. 配列のコピー&ペーストによる読み込み
ファイルを取り込む方法ではなく、配列情報からプラスミドマップを作成することも可能です。
SnapGene を起動し、スタートパネル右上の「新規」ボタンを選択し「+ DNAファイル」をクリックします。すでにSnapGeneを起動している場合は、メニューバーの 「ファイル」 →「 新しい DNA または RNA ファイル 」 を選択して下さい。
NCBIのサイトにアクセスし、 Cloning vector pTrichoGate-19 (GenBank: MN007123.1)の配列情報をコピーします。
配列情報をコピー＆ペーストで貼り付け1 、「共通のフィーチャーを検出」にチェックを入れます。ファイル名（ここでは、"MN007123"）を入力し2 、「作成」ボタンをクリックします。
「作成」ボタンをクリックすると、
MN007123.dna ファイルが作成されます。ファイルはまだ保存されていない状態なので、ツールボタンの「保存」（または メニューバーの「ファイル」から「保存」）をクリックしファイルを保存します。
2. GSL Biotech社のウェブサイトからファイルを取得する
SnapGene の開発元であるGSL Biotech社のウェブサイトでは、注釈付きのプラスミドおよび配列ファイル（すべての主要サプライヤの一般的なクローニングベクターを含む）が2,700以上用意されています。
https://www.snapgene.com/resources/plasmid-files にアクセスし、検索ボックスでプラスミドの情報（ここでは pEGFP-N1）を入力します。
既に SnapGene がインストールされている場合、Open in SnapGeneボタンをクリックするとSnapGeneが起動し、プラスミドマップが表示されます。
プラスミドファイル（pEGFP-N1.dna）をダウンロードして開く場合は、ダウンロードした .dna ファイルをクリックします。
または、SnapGeneを起動後、「開く」から「ファイルを開く」を選択し、ダウンロードした pEGFP-N1.dna ファイルを選択します。
pEGFP-N1 のプラスミドマップが表示されます。
