マルチプルアライメント（多重配列整列）
SnapGene はマルチプルアライメントツールとして、下記の4つのサードパーティプログラムを利用しています。
マルチプルライメントツールには、塩基配列が適切な向きになるようにチェックしたり自動的に反転させる機能はありません。各配列を調べて向きを確認し、必要であれば配列を反転させてからアライメントを実行する必要があることに注意して下さい。
このチュートリアルでは、SnapGeneを使ってマルチプルアライメントを行う方法を紹介します。
1.【準備】配列を入手する
本チュートリアルでは、HIV1型 Mグループのサブタイプの配列を使用します。
配列データは下記よりダウンロード頂けます。
2. マルチプルアライメント
SnapGeneを起動して、ツールバーの「ツール」から 「シークエンスをアライメント」 →「複数のDNAシークエンスをアライメント」 を選択します。
アライメントを行う配列をインポートします。
配列を取り込むには、ボックスの中にファイルをドラッグ＆ドロップします。または、「個別シークエンスのアライメント」のドロップダウンメニューで、「シークエンスファイルインポート」をクリックして対象ファイルを選択して下さい。
使用するアライメントの種類（アルゴリズム）を選択します。 ここではClustal Omega、 MAFFT、 MUSCLE、T-Coffe 全てのアルゴリズムを選択しています。
アライメントのパラメーターを設定する場合は、「設定」ボタンをクリックします。このチュートリアルでは、SnapGeneのデフォルト設定を利用します。
ファイル名を付け「アライメント」をクリックするとアライメントを開始します。
コンセンサス表示の閾値1 、アライメントの表示設定2 を右側のパネルから行うことが可能です。「説明」のフィールド3 にアライメントに関するコメントやメモを残すことが可能です。
アライメントの種類を変更するには上部のドロップダウンリストから行います。
アライメントを保存する場合は、保存ボタンをクリックをクリック、または。保存ショートカットキー Ctrl+ S （）/command + S （）を利用します。DNA/RNAアライメントファイルは、拡張子を .dalin として保存されます。