SnapGene
SnapGeneラーニング
製品トライアル版SnapGene Viewer

  

プラスミドマップの作成

このチュートリアルでは、SnapGene を利用してプラスミドマップを作成する方法を紹介しています。プラスミドマップの作成は無料でダウンロードできる SnapGene Viewer を使っても作成可能です。

1. SnapGene (SnapGene Viewer)の起動

SnapGene を起動して,「新しい DNA または RNA ファイル」を選択します。メニューバーの ファイル → 新しい DNA または RNA ファイル または から選択します。

SnapGene_新しいDNAまたはRNAファイル

SnapGene_新しいDNAまたはRNAファイル_メニューバー

新しいDNA または RNA ファイルダイアログ が開きます。このチュートリアルでは Cloning vector pTrichoGate-19(GenBank: MN007123.1)を利用します。

SnapGene_新しいDNAまたはRNAファイルダイアログ

1-1. NCBIのサイトから配列情報をコピーする

このチュートリアルでは、ファイルを取り込む方法ではなく、配列情報からプラスミドマップを作成します。NCBIのサイトにアクセスし、 Cloning vector pTrichoGate-19(GenBank: MN007123.1)の配列情報をコピーしてください。

SnapGene_NCBI2
SnapGene_NCBI2

2. 配列情報の貼り付け

配列情報をコピー&ペーストで貼り付け、ファイル名を入力します。ここでは、今回のファイル名をアクセッション番号にしています。 左下の「共通のフィーチャーを検出」にチェックが入っていることを確認し、OKボタンをクリックします。

SnapGene_配列情報の貼り付け

3. 共通のフィーチャーの編集

共通のフィーチャーが表示されます。不要な情報がある場合はチェックを外し、「フィーチャーを追加」をクリックします。

SnapGene_共通のフィーチャーの選択

4. プラスミドマップ

暫定のプラスミドマップが作成されます。

SnapGene_プラスミドマップ

4-1. 酵素の選択

メニューバーから「酵素」をクリックして,「酵素を選択」を選びます。

SnapGene_酵素の選択

よく使う酵素を選択し、「追加」 をクリックすると、選択した酵素が反映されます。

SnapGene_酵素の選択1

SnapGene_酵素の選択2

4-2. プライマーの編集

プライマーを追加する場合は,「プライマー」をクリックし,「プライマーの追加」を選びます。

SnapGene_プライマーの編集

4-3. フィーチャーの編集

ORF情報を付けたいなど、別のフィーチャーを加えたい場合は、「フィーチャー」から「フィーチャーの追加」を選びます。

SnapGene_フィーチャーの編集プライマーやフィーチャーの詳細は、下のフィーチャータブをクリックすると表示されます。

SnapGene_フィーチャータブ

参照:プラスミドマップの見方と作り方【SnapGene Viewerを使って】
当チュートリアルは『実験の「なぜ?どうして?」事典』執筆者の許可を得て、ブログ記事の一部を編集・掲載しております。

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