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カスタムフィーチャータイプ

SnapGene6以前のバージョンで使用可能だったフィーチャータイプは、GenBankで使用されているものに限定されていました。SnapGene6よりGenBank以外のフィーチャータイプが追加され、また、フィーチャータイプをカスタマイズし追加することができるようになりました。

1. SnapGene標準フィーチャータイプ

フィーチャーフィーチャータイプを管理 をクリックすると、SnapGene Feature Type データベースにあるすべての標準的な Feature Type の表が表示されます。

SnapGene_フィーチャータイプ1

ドロップダウンメニューから 全てのフィーチャータイプを管理 をクリックすると、SnapGeneフィーチャータイプデータベースにあるすべての標準的なフィーチャータイプの表が表示されます。

SnapGene_フィーチャータイプの管理_全てのフィーチャータイプ

各項目を種類別にソートする場合は、ヘッダーのタイトルをクリックします。例えば、シークエンス をクリックするとDNA/RNA、すべて、タンパク質 のように種類によってソートされます。

SnapGene_フィーチャータイプの管理_シークエンスタイプ

1-1. 標準フィーチャータイプのデフォルト色を変更する

標準フィーチャータイプの名前と修飾子(Qualifier)は編集できませんが、使用するデフォルト色を編集することができます。

標準フィーチャータイプの色を編集するには、リストで1つまたは複数のフィーチャータイプを選択し、編集 をクリックします。または、フィーチャータイプに関連付けられた色見本をクリックします。デフォルトの色ダイアログが開くので、ダイアログから色見本をクリックするか、その他の色 をクリックして特定の色を選択します。

SnapGene_フィーチャータイプの管理_デフォルト色の変更1

SnapGene_フィーチャータイプの管理_デフォルト色の変更2

新しい色は、フューチャータイプを管理の表に表示されます。フィーチャータイプの名前が斜体で表示され、デフォルトの色から変更されたことを示します。

SnapGene_フィーチャータイプの管理_デフォルト色の変更3

フィーチャータイプのデフォルト色を変更すると、そのタイプのフィーチャーが新たにシーケンスに追加されたときのみ適用されます。既存のフィーチャーは、元の設定色を保持します。既存のフィーチャーの色を変更するには、シーケンス上でそのフィーチャーを選択し、フィーチャー から フィーチャーを修正 をクリックします。

2. カスタムフィーチャータイプを作成する

カスタムフィーチャータイプを定義するには、フィーチャーフィーチャータイプを追加 をクリックします。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプを作成する1

新しいカスタムフィーチャータイプの名前を入力します。スペースが含まれている場合は自動的にアンダースコアが追加されます。

デフォルトの色アイコンをクリックし、カスタムフィーチャータイプのデフォルト色を設定します。説明にメモを記載することも可能です。新しい Feature Type がタンパク質やペプチドをコードしている場合、シークエンスビューの翻訳を許可 にチェックを入れます。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプを作成する2

2-1. 修飾子の追加と削除

すべてのカスタムフィーチャー機能には、「label」 と「note」 の修飾子(Qualifier)が必要です。これらは自動的に追加され、削除することはできません。新しいカスタムフィーチャータイプに他の適切な修飾子を追加するには、有効な修飾子のリストから1つまたは複数の修飾子を選択し、追加 をクリックします。

修飾子を削除する場合は、割り当てられた修飾子で該当する修飾子を選択し除去をクリックします。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプ_修飾子の追加と削除

2-2. 翻訳されたカスタムフィーチャー修飾子

「シークエンスビューの翻訳を許可」 にチェックを入れると、翻訳されたフィーチャーに必要な修飾子 (codon, codon_start, transl_except, transl_table, translation) が全て自動的に追加されます。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプの作成_フィーチャー Qualifier

3. カスタムフィーチャーの管理

フィーチャーフィーチャータイプを管理 をクリックし、カスタムフィーチャータイプを管理します。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプの管理1

ドロップダウメニューから カスタムフィーチャータイプ を選択すると、カスタムフィーチャーの一覧が表示されます。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプの管理2

3-1. カスタムフィーチャータイプの追加と削除

新規にカスタムフィーチャータイプを追加するには、追加ボタンをクリックします。削除する場合は、削除するカスタムフィーチャータイプを選択し除去をクリックします。詳細については、カスタムフィーチャータイプを作成する を参照してください。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプの追加と削除

3-2. カスタムフィーチャータイプの編集

リストでフィーチャータイプを選択し、編集をクリックします。カスタムフィーチャータイプの編集については、カスタムフィーチャータイプを作成する を参照してください。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプ編集

3-3. カスタムフィーチャーのエクスポート

カスタムフィーチャータイプをすべてエクスポートするには、インポート/エクスポートのドロップダウンメニュから、「 すべてのカスタムフィーチャータイプをエクスポート」を選択肢します。

カスタムフィーチャータイプの一部をエクスポートするには、リストで該当するカスタムフィーチャータイプを選択し、「選択したカスタムフィーチャータイプをエクスポート」をクリックします。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプエクスポート1

データはCSV形式でエクスポートされ、テキストエディタやスプレッドシートプログラムで表示することができます。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプエクスポート2

3-4. カスタムフィーチャータイプのインポート

カスタムフィーチャータイプをインポートするには、インポート/エクスポートのドロップダウンメニュから、「 リストからカスタムフィーチャータイプをインポート」を選択肢します。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプインポート1

インポートするファイルを選択し、開くをクリックします。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプインポート2

既にSnapGeneにフィーチャータイプが存在する場合、既存のタイプを更新ダイアログが表示されます。ダイアログで重複するフィーチャータイプをどのようにインストールするか選択肢、OKをクリックします。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプインポート2

インポートしたカスタムフィーチャータイプは、フィーチャータイプを管理ダイアログの一覧で確認できます。

SnapGene_カスタムフィーチャータイプインポート2


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