医学統計ソフトGraphPad Prism9

GraphPad Prism9新機能：統計解析

Cox比例ハザード回帰

GraphPad Prism9.3より、Cox比例ハザード回帰（Cox proportional hazard model）が追加されました。多変量解析であるCox比例ハザード回帰を用いることで、さらに高度な生存時間解析を行うこと可能です。

これまで GraphPad Prism で利用できる生存分析は、カプラン・マイヤー(Kaplan-Meier)法のみでした。単変量解析であるカプラン・マイヤー法は、要因に１つの変数しか利用できないため、年齢、血圧、体重、性別など複数の要因を含めることができません。Cox比例ハザード回帰は、共変量（連続変数）や因子（カテゴリ変数）を予測変数としてモデルに組み込むことができるので、生存時間に与える複数の要因を評価することができます。

主成分分析（PCA）

GraphPad Prism9に主成分分析（PCA）が新たに追加されました。多変量解析の一つでもある主成分分析は、データからできる限り情報を排除しつつ、必要な変数を減らす「次元削減(dimensionality reduction)」の手法です。

例えば、数百から何千と異なる遺伝子発現量を、2つのグループに分けて測定する遺伝子発現の研究を行う場合、データをモデルにフィットさせるには変数が多すぎるかもしれません。しかし、いくつかの変数を選択して分析から除外することは、有益な可能性のある情報を捨てていることになります。主成分分析は情報の損失を抑え、できるだけ少ない変数に置き換えて分析を行います。

カテゴリー変数

多変量データテーブルで変数（列）にテキストで入力ができるようになりました。Prism9ではカテゴリー変数を、"0" と "1"として入力してエンコードする必要はありません。下の多変量データテーブル(Variable F列）のように、カテゴリ変数をテキストで入力できます。

多重t検定機能の拡張

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GraphPad Prism9新機能：グラフ作成

グラフ軸タイトル・コントロール

GraphPad Prism9.2.0より、Y軸タイトルの回転と位置を指定するための新しいコントロールが導入されました。デフォルトでは、Y 軸のタイトル テキストは自動的に垂直または水平に割り当てられますが、テキストを手動で回転（リフレクト）して位置や方向を指定することも可能です。

カラースキームによる塗りつぶし

GraphPad Prism 9.2.0では、グラフの塗りつぶし方法に改善が加えられました。Prism9.2.0以降のPrismは、シンボルが見えるように透明度50％で塗りつぶしが適用されます。よりカラフルなグラフをデータに関する最も有用な情報を損なうことなく作成することができます。

グラフへのアスタリスク自動追加

Stars on Graph（スターズオングラフ）機能はグラフにアスタリスクやP値を追加する機能です。ワンクリックでペアごとの比較がグラフに追加されます。追加されたアスタリスクやP値はデータテーブルにリンクしているので、データを変更すると自動的にグラフにも更新されます。グラフに手動でアスタリスクを加えることも、データ更新にともなうグラフの再編集も不要です。

多変量データから直接バブルプロットを作成

生データの変数を、X-座標とY-座標、色、大きさに変換したバブルプロットをデータテーブルから直接作成します。

Graph(a)

Graph(b)

Graph(a)では100カ国以上の国が個々の円として表示されています。各々の円のX-座標はその国のGDPを表し、Y-座標が生まれてからの平均寿命を表します。各シンボルの大きさは、それが表す国の人口に比例しています。それぞれのシンボルの色は、その国がある大陸を表しています。このケースでは、この最後の変数（色）はカテゴリー変数ですが、バブルプロットで色は連続変数としても定義することができます。

Graph(b)はシンボルのX-座標とY-座標と大きさは、Graph(a)と同じです。しかし、ここではシンボルの色はその国の出生率を1000人あたりの連続的尺度で表しています。

推定プロットによるt検定結果の可視化

ｔ検定を実行すると、Prismは結果の推定プロットを自動的に作成します。

Graph1では両方の群の生データは左Y軸でプロットされます。右Y軸では、群平均の差がその95%の信頼区間(95%CI)とともにプロットされます。測定プロットによる結果の視覚化によって、95％CIがゼロを含むかどうかに加え、95％CIの幅が示されるため、P値のみの場合よりも多くの情報を提供します。

GraphPad Prismカーブフィッティング：新機能

これまで残差グラフは残差 vs. Xプロットの1つしかプロットできませんでしたが、GraphPad Prism9では5つの残差グラフが可能になりました。 分析結果に含める残差グラフにチェックを入れるだけで、非線形回帰からこれらの残差グラフを必要な数だけ作成できます。

下のグラフはシミュレーションによるデータを使用し、 通常の方法で重み付けなしでフィットを行ったLog(用量) vs. 応答曲線の例です。Y値が大きいポイントほどバラツキの平均も大きいため、ランダムなバラツキが選択されました。注意深く見てみると、カーブの上部にある点がより散らばっているのがわかりますが、あまり明確ではありません。

残差グラフとの比較からもわかるように、モデルからのデータの軽度の偏りは、曲線とデータのプロットよりも残差プロットでの方が見つけやすいことが多いです。

GraphPad Prism9 システム条件

GraphPad Prism9のシステム条件は以下の通りです。インストール可能台数やライセンス許諾についてはFAQ:ライセンスについて をご参照下さい。

旧バージョンのシステム条件は、GraphPad Prism旧バージョン情報をご参照ください。