Geneious
Geneiousステップ・バイ・ステップガイド

Geneiousステップ・バイ・ステップガイドの「シークエンスファイルの見方」より抜粋しています。
  

シークエンスファイルの見方

このチュートリアルでは、新規ファイルの取り込み、フォルダシステムの整理、ドキュメントの検索などの方法をご紹介します。

1.シークエンスファイルの見方

ソースパネルから任意のフォルダを選択すると、そのフォルダ内にあるファイル一覧がドキュメントテーブルに表示されます。一覧からファイルを選択すると、そのファイルの詳細がドキュメントビューアーに表示されます。

ここでは、pCRⅡ-TOPO を選択したので、そのプラスミドマップが表示されました。

Geneious_シークエンスファイルの見方

プラスミドマップを大画面で表示したい場合は、Expand the viewer(下図 矢印↓部分)をクリックします。

Geneious_シークエンス_プラスミドマップの拡大表示

元の画面(小さい状態)に戻す場合も、Expand the viewer(下図 矢印↓部分)クリックします。

Geneious_シークエンス_プラスミドマップの縮小表示

プラスミドマップを別画面で表示したい場合は、Open Current View(下図 矢印↓部分)をクリックして下さい。

Geneious_シークエンス_プラスミドマップの別画面表示

プラスミドマップが別ウィンドウで開きます。

Geneious_シークエンス_プラスミドマップの別画面表示2

2. アイコンによるファイルの区別

フォルダ内にあるファイルは、選択して詳細を表示しなくてもアイコンで区別できます。

サークル状のアイコンCircular sequence は環状DNA(プラスミド)を意味し、2本鎖のアイコンNucleotide sequenceは塩基配列を意味します。矢印のアイコンOligonucleotide はプライマーを意味し、ドキュメントのアイコンRestriction enzyme collection は制限酵素リストを意味します。

Geneious_ドキュメントテーブルのアイコン

3. データベースからの取り込み

シークエンスファイルの詳細は、ドキュメントビューアーの各タブをクリックすることで確認できます。

Geneious_シークエンスファイルの詳細

Annotations では、ORF の位置や耐性遺伝子の位置など配列上のフィーチャーリストを確認できます。Text View では、配列データのテキスト情報を確認できます。クローニング等を行った場合は、 Lineage でその履歴を確認できます。Info では、名前・保存場所・最終編集日などの情報がまとまっています。

マップとアノテーションを同時に表示する場合は、Split view(下図 矢印↓部分)をクリックします。

Geneious_シークエンス_アノテーション

画面が分割がされ、マップとアノテーションが同時に表示されます。

Geneious_シークエンス_アノテーションとマップの分割表示

4. コントロールパネルの表示と使い方

ドキュメントビューアーの右にコントロールパネルがあります。

Geneious_シークエンス_コントロールパネル

Geneious_シークエンス_コントロールパネル2 別ウィンドウで開いた場合

大きさを調節する場合は Zoom to level (Zoom to level機能)を利用します。

Geneious_シークエンス_ズーム機能1

任意のフィーチャーを選択して Zoom to selection (Zoom to selection機能)をクリックすると、その部分だけが拡大されます。

Geneious_シークエンス_ズーム機能2

colors では、塩基の色を変更できます。

Geneious_シークエンス_塩基のカラー変更

横にある Edit をクリックすると、色を自由に設定することもできます。

Geneious_シークエンス_カラー変更

必要に応じて、制限酵素サイトや相補鎖、翻訳後の配列なども表示することができます。この切り替えは、コントロールパネルの Generalタブ(下図、枠囲み部分)をクリックするだけです。

さらに詳細な設定を行うには、各項目の Options または右端のタブをクリックします。


また、1つのタブを開いている状態で、Shiftキー を押しながら別のタブを選択すると、同時に複数のタブを開くことができます。

Geneious_シークエンス_複数タブを開くGraphタブとLive Annotate & Predict タブが選択されています。