シークエンスファイルの見方

このチュートリアルでは、新規ファイルの取り込み、フォルダシステムの整理、ドキュメントの検索などの方法をご紹介します。

目次

1. シークエンスファイルの見方
2. アイコンによるファイルの区別
3. シークエンスファイルの詳細を確認
4. コントロールパネルの表示と使い方

1.シークエンスファイルの見方

ソースパネルから任意のフォルダを選択すると、そのフォルダ内にあるファイル一覧がドキュメントテーブルに表示されます。一覧からファイルを選択すると、そのファイルの詳細がドキュメントビューアーに表示されます。

ここでは、pCRⅡ-TOPO を選択したので、そのプラスミドマップが表示されました。

プラスミドマップを大画面で表示したい場合は、（下図 矢印↓部分）をクリックします。

元の画面（小さい状態）に戻す場合も、（下図 矢印↓部分）クリックします。

プラスミドマップを別画面で表示したい場合は、（下図 矢印↓部分）をクリックして下さい。

プラスミドマップが別ウィンドウで開きます。

2. アイコンによるファイルの区別

フォルダ内にあるファイルは、選択して詳細を表示しなくてもアイコンで区別できます。

サークル状のアイコン は環状DNA（プラスミド）を意味し、2本鎖のアイコンは塩基配列を意味します。矢印のアイコン はプライマーを意味し、ドキュメントのアイコン は制限酵素リストを意味します。

3. データベースからの取り込み

シークエンスファイルの詳細は、ドキュメントビューアーの各タブをクリックすることで確認できます。

Annotations では、ORF の位置や耐性遺伝子の位置など配列上のフィーチャーリストを確認できます。Text View では、配列データのテキスト情報を確認できます。クローニング等を行った場合は、 Lineage でその履歴を確認できます。Info では、名前・保存場所・最終編集日などの情報がまとまっています。

マップとアノテーションを同時に表示する場合は、（下図 矢印↓部分）をクリックします。

画面が分割がされ、マップとアノテーションが同時に表示されます。

4. コントロールパネルの表示と使い方

ドキュメントビューアーの右にコントロールパネルがあります。

別ウィンドウで開いた場合

大きさを調節する場合は (Zoom to level機能）を利用します。

任意のフィーチャーを選択して (Zoom to selection機能）をクリックすると、その部分だけが拡大されます。

では、塩基の色を変更できます。

横にある Edit をクリックすると、色を自由に設定することもできます。

必要に応じて、制限酵素サイトや相補鎖、翻訳後の配列なども表示することができます。この切り替えは、コントロールパネルの Generalタブ（下図、枠囲み部分）をクリックするだけです。

さらに詳細な設定を行うには、各項目の Options または右端のタブをクリックします。

また、１つのタブを開いている状態で、Shiftキー を押しながら別のタブを選択すると、同時に複数のタブを開くことができます。

GraphタブとLive Annotate & Predict タブが選択されています。